141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3245 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3245  DNA polymerase II, putative  100 
 
 		 745 aa  1504    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3187  DNA polymerase B, exonuclease  73.34 
 
 		 744 aa  1096    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000163636 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0296  DNA polymerase B region  65.77 
 
 		 743 aa  1011    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0413746  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0006  cyclic nucleotide-binding protein  40.85 
 
 		 793 aa  568  1e-160  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_2007  DNA-directed DNA polymerase B  38.99 
 
 		 788 aa  549  1e-155  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0006  DNA polymerase B region  40.03 
 
 		 811 aa  545  1e-153  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0027  DNA polymerase B region  39.2 
 
 		 796 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0007  DNA polymerase B region  40.46 
 
 		 796 aa  527  1e-148  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0005  DNA-directed DNA polymerase B  39.81 
 
 		 792 aa  510  1e-143  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.775002  normal  0.276245 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0006  DNA polymerase B region  39.17 
 
 		 800 aa  505  1e-141  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.0104933 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1412  DNA polymerase B region  41.77 
 
 		 785 aa  484  1e-135  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0476  DNA polymerase B, exonuclease  36.83 
 
 		 707 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0121312  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2799  DNA polymerase B region  42.02 
 
 		 735 aa  421  1e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0105637 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1316  DNA-directed DNA polymerase  27.31 
 
 		 784 aa  162  2e-38  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.198282  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5509  DNA-directed DNA polymerase B  26.99 
 
 		 603 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.26262 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2154  DNA polymerase II  25.04 
 
 		 783 aa  128  4.0000000000000003e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00000768017  hitchhiker  0.000641936 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0393  DNA polymerase II  26.99 
 
 		 794 aa  127  9e-28  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1049  DNA polymerase II  24.96 
 
 		 783 aa  124  6e-27  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0144376 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1342  DNA polymerase Pol2  25.71 
 
 		 781 aa  124  8e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.0000000227387  normal  0.522725 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0530  DNA polymerase Pol2  22.39 
 
 		 781 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1884  DNA polymerase II  24.45 
 
 		 786 aa  116  2.0000000000000002e-24  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.115615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_44713  predicted protein  24.68 
 
 		 982 aa  115  4.0000000000000004e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1320  DNA polymerase II  23.4 
 
 		 784 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.4978 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1258  replicative DNA polymerase I  22.48 
 
 		 780 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0961  DNA polymerase II  23.03 
 
 		 785 aa  108  2e-22  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1378  DNA polymerase Pol2  21.83 
 
 		 780 aa  106  1e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00266736 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3234  DNA polymerase II  27.45 
 
 		 788 aa  98.6  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.642975 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0922  DNA-directed DNA polymerase  22.82 
 
 		 607 aa  98.2  4e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.434202  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1511  DNA polymerase II  25.26 
 
 		 794 aa  97.8  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196312 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2273  DNA polymerase II  23.57 
 
 		 818 aa  97.1  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01452  DNA polymerase II  24.55 
 
 		 790 aa  96.3  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1777  replicative DNA polymerase I  24.13 
 
 		 932 aa  95.9  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.227569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0929  DNA polymerase II  24.8 
 
 		 816 aa  95.1  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.193818  normal  0.499363 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0081  DNA polymerase I-like  30.56 
 
 		 311 aa  94.7  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3572  DNA polymerase II  28.01 
 
 		 786 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.252391 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1903  DNA polymerase II  25.76 
 
 		 786 aa  95.1  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.856945 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5084  DNA polymerase II  27.42 
 
 		 788 aa  94.7  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3630  DNA polymerase II  25.18 
 
 		 786 aa  93.2  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4655  DNA polymerase II  24.69 
 
 		 791 aa  92.8  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.230041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0831  DNA polymerase II  24.09 
 
 		 787 aa  92.4  2e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0134615  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1367  DNA polymerase Pol2  22.22 
 
 		 810 aa  93.2  2e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.815142  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5258  DNA polymerase II  27.52 
 
 		 791 aa  92.8  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.946105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3085  DNA polymerase II  26.06 
 
 		 807 aa  92.8  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000404512  hitchhiker  0.0000370941 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1397  DNA polymerase Pol2  26.38 
 
 		 941 aa  92.4  3e-17  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.61356  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2142  DNA polymerase II  24.03 
 
 		 789 aa  91.7  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.249301  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1630  DNA polymerase II  26.6 
 
 		 809 aa  91.3  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00018706  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1567  DNA polymerase II  27.37 
 
 		 793 aa  91.7  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000253112  hitchhiker  0.0000162261 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2724  DNA polymerase II  26.55 
 
 		 809 aa  90.9  7e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000453184  hitchhiker  0.0000581945 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1514  DNA polymerase II  25.4 
 
 		 797 aa  90.1  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000185404  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1999  DNA polymerase II  27.33 
 
 		 786 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.449398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2361  DNA polymerase II  25.79 
 
 		 787 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.168731  normal  0.46504 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3628  DNA polymerase II  24.34 
 
 		 788 aa  89.7  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3002  DNA polymerase II  26.82 
 
 		 793 aa  89.4  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.789945  normal  0.339701 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5012  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 794 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0609  DNA polymerase II  24.49 
 
 		 790 aa  89.4  2e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.231029  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5848  DNA polymerase II  26.4 
 
 		 794 aa  89.4  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.595461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3302  DNA polymerase II  26.89 
 
 		 786 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0835238 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1619  DNA polymerase II  26.6 
 
 		 809 aa  89  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000233393  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2393  DNA polymerase II  25.32 
 
 		 786 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_54677  DNA polymerase delta  23.04 
 
 		 1087 aa  87.8  6e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK00560  delta DNA polymerase, putative  24.32 
 
 		 1058 aa  87.8  7e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3658  DNA polymerase II  24.79 
 
 		 792 aa  87.8  7e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0583295  normal  0.426144 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1653  DNA polymerase II  26.11 
 
 		 809 aa  87.8  7e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.112928  normal  0.0896662 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3546  DNA polymerase II  23.69 
 
 		 789 aa  87.4  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2621  DNA polymerase II  26.48 
 
 		 787 aa  87.4  9e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00407821  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1857  DNA polymerase II  23.72 
 
 		 809 aa  87.4  9e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.885669  normal  0.10624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2655  DNA polymerase II  25.67 
 
 		 799 aa  87.4  9e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.697172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3819  DNA polymerase II  25 
 
 		 788 aa  87  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4331  DNA polymerase II  27.1 
 
 		 794 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.333031 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3418  DNA polymerase II  23.51 
 
 		 789 aa  86.3  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02749  DNA polymerase II  23.35 
 
 		 816 aa  85.9  0.000000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2947  DNA polymerase II  23.51 
 
 		 789 aa  86.3  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.670904 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1645  DNA polymerase II  26.63 
 
 		 789 aa  85.5  0.000000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0528782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3400  DNA polymerase II  27.37 
 
 		 788 aa  85.5  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4584  DNA polymerase II  26.94 
 
 		 788 aa  84.7  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.657494  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003097  DNA polymerase II  22.64 
 
 		 787 aa  84.7  0.000000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000122511  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0653  DNA polymerase Pol2  19.18 
 
 		 811 aa  84.3  0.000000000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.340246  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2469  DNA polymerase II  25.88 
 
 		 810 aa  84  0.000000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00196726  hitchhiker  0.000569309 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1820  DNA polymerase II  28.14 
 
 		 808 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2537  DNA polymerase II  25.88 
 
 		 810 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.132688  unclonable  0.0000408112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2629  DNA polymerase II  25.88 
 
 		 810 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0639534  hitchhiker  0.0000529366 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_63206  DNA polymerase delta catalytic subunit (DNA polymerase III)  22.49 
 
 		 1070 aa  83.2  0.00000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.442314 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0731  DNA polymerase II  24.58 
 
 		 787 aa  84  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.13833  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1620  DNA-directed DNA polymerase  22.18 
 
 		 882 aa  82.8  0.00000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0874595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40120  DNA polymerase II  27.65 
 
 		 787 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0570  DNA polymerase II  23.7 
 
 		 790 aa  83.2  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6015  DNA polymerase II  26.25 
 
 		 795 aa  82.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2210  DNA polymerase II  22.76 
 
 		 782 aa  83.2  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.40989 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0062  DNA polymerase II  24.89 
 
 		 783 aa  82.8  0.00000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0283986  normal  0.967142 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0102  DNA polymerase II  24.56 
 
 		 783 aa  82.4  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0109  DNA polymerase II  25.47 
 
 		 783 aa  82  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.455197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1688  replicative DNA polymerase I  22.9 
 
 		 910 aa  82  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00062  DNA polymerase II  24.66 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0103  DNA polymerase II  25.47 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.249231 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1250  DNA polymerase II  25.68 
 
 		 801 aa  81.6  0.00000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0167112  hitchhiker  0.000178487 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00061  hypothetical protein  24.66 
 
 		 783 aa  81.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2428  DNA polymerase II  25.53 
 
 		 821 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.124227  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0798  DNA polymerase B region  24.23 
 
 		 812 aa  80.9  0.00000000000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.189737  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0052  DNA polymerase II  25.19 
 
 		 783 aa  80.5  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0948  DNA polymerase I  22.69 
 
 		 852 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.158363 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>