152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3059 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  599  1e-170  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  83.96 
 
 		 293 aa  507  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  76.45 
 
 		 293 aa  459  9.999999999999999e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  74.74 
 
 		 293 aa  441  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  71.33 
 
 		 293 aa  433  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  67.01 
 
 		 295 aa  379  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  66.32 
 
 		 295 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  44.24 
 
 		 292 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  46.76 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  43.8 
 
 		 291 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  43.22 
 
 		 292 aa  219  3e-56  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  44.52 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  44.17 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  38.32 
 
 		 291 aa  211  9e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  41.33 
 
 		 296 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  42.66 
 
 		 294 aa  208  9e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 293 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  38.75 
 
 		 338 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  41.96 
 
 		 292 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  41.22 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 295 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  41.94 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  38.21 
 
 		 293 aa  203  2e-51  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  42.6 
 
 		 295 aa  202  4e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  43.64 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  43.32 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  40 
 
 		 291 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  40.59 
 
 		 289 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  42.96 
 
 		 295 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  44.73 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  44.73 
 
 		 298 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  40.62 
 
 		 300 aa  196  3e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  41.67 
 
 		 296 aa  196  3e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  40.07 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  34.69 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  37.05 
 
 		 293 aa  178  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.49 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  34.91 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  36.84 
 
 		 292 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  39.08 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  29.36 
 
 		 399 aa  147  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  29.2 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  31.85 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  31.48 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  31.89 
 
 		 377 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  32.23 
 
 		 373 aa  139  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 		 380 aa  126  5e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  35.29 
 
 		 293 aa  125  6e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  29.74 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  32.24 
 
 		 386 aa  125  8.000000000000001e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  34.8 
 
 		 293 aa  125  9e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  31.58 
 
 		 388 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  29.79 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  28.67 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  27.57 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  28.75 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  31.79 
 
 		 300 aa  95.5  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.27 
 
 		 296 aa  85.5  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  26.98 
 
 		 390 aa  79  0.00000000000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  27.08 
 
 		 332 aa  77.8  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  27.32 
 
 		 402 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  29.35 
 
 		 409 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  36.36 
 
 		 156 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  67.65 
 
 		 38 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1224  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  20.88 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.948437  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 473 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  26.29 
 
 		 473 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 503 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 481 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  26.29 
 
 		 473 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.86 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  26.86 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.29 
 
 		 473 aa  57  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  26.86 
 
 		 480 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.29 
 
 		 474 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.86 
 
 		 473 aa  56.6  0.0000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  26.29 
 
 		 473 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  26.29 
 
 		 473 aa  56.2  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.29 
 
 		 473 aa  55.8  0.0000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  26.74 
 
 		 474 aa  55.5  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 		 474 aa  55.1  0.000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.47 
 
 		 375 aa  53.9  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  25.71 
 
 		 473 aa  53.5  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20660  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  26.86 
 
 		 470 aa  53.5  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  25.45 
 
 		 446 aa  52  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1292  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.55 
 
 		 474 aa  51.2  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.118878  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  29.17 
 
 		 705 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 455 aa  49.7  0.00006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0558  radical SAM domain-containing protein  30.25 
 
 		 430 aa  48.5  0.0001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.236601  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  25.15 
 
 		 620 aa  48.9  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0983  Radical SAM domain protein  32.97 
 
 		 442 aa  48.5  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1156  putative radical SAM protein  24.42 
 
 		 307 aa  48.9  0.0001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0308267  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  24.21 
 
 		 476 aa  48.1  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3163  hypothetical protein  28.26 
 
 		 310 aa  47.4  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.096251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 		 520 aa  47  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>