155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3004 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3004  cobalt transport protein CbiM  100 
 
 
321 aa  629  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4182  cobalt transport protein CbiM  79.55 
 
 
251 aa  357  2e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0472  cobalt transport protein CbiM  82.73 
 
 
225 aa  342  7e-93  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3808  cobalt transport protein CbiM  74.89 
 
 
245 aa  331  1e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3892  cobalt transport protein CbiM  74.89 
 
 
256 aa  326  4e-88  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.885543 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1702  cobalamin biosynthesis protein CbiM  41.36 
 
 
231 aa  177  2e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.254913  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1085  hypothetical protein  40.45 
 
 
231 aa  173  4e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2145  cobalt transport protein CbiM  39.01 
 
 
235 aa  172  9e-42  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0808457  normal  0.37009 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3205  cobalt transport protein CbiM  40.37 
 
 
229 aa  171  1e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0146  cobalt transport protein CbiM  41.23 
 
 
221 aa  167  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0185688  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1293  cobalamin biosynthesis protein CbiM  35.74 
 
 
232 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  decreased coverage  0.0034572  normal  0.0275766 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0580  cobalt transport protein CbiM  44.55 
 
 
229 aa  167  3e-40  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0647937  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1216  cobalt transport protein CbiM  37.78 
 
 
231 aa  162  6e-39  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2333  cobalt transport protein CbiM  38.91 
 
 
235 aa  159  5e-38  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0927  cobalamin biosynthesis protein CbiM  41.63 
 
 
250 aa  155  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.326506  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0790  cobalt transport protein CbiM  37.44 
 
 
225 aa  155  8e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0097  cobalt transport protein CbiM  39.38 
 
 
225 aa  155  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0323  cobalt transport protein CbiM  38.05 
 
 
249 aa  154  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00019504  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0531  cobalt transport protein CbiM  37.9 
 
 
230 aa  154  2e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1700  cobalt transport protein CbiM  38.57 
 
 
231 aa  154  2e-36  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  1.12913e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0725  cobalt transport protein CbiM  38.94 
 
 
225 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.145999 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2731  cobalamin biosynthesis protein CbiM  39.73 
 
 
250 aa  152  7e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.480074  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1222  cobalt transport protein CbiM  38.59 
 
 
234 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.955789  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1193  cobalt transport protein CbiM  38.5 
 
 
225 aa  152  1e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3736  cobalamin biosynthesis protein CbiM  40.09 
 
 
251 aa  149  6e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.203857  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0712  cobalamin biosynthesis protein CbiM  36.24 
 
 
235 aa  148  1e-34  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0560  cobalamin biosynthesis protein CbiM  40.81 
 
 
249 aa  145  9e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1003  cobalamin biosynthesis protein CbiM  37.56 
 
 
236 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1697  cobalt transport protein CbiM  41.26 
 
 
225 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.30926 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1276  cobalamin biosynthesis protein CbiM  41.31 
 
 
246 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2620  cobalt transport protein CbiM  42.16 
 
 
247 aa  140  3e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0380  hypothetical protein  38.18 
 
 
259 aa  138  1e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1545  cobalt transport protein CbiM  38.89 
 
 
246 aa  135  8e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.21341e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1709  cobalamin biosynthesis protein CbiM  37.07 
 
 
248 aa  135  9e-31  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1241  cobalt transport protein CbiM  40.93 
 
 
226 aa  133  4e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.335474  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1759  cobalt transport protein CbiM  39.91 
 
 
228 aa  132  6e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3660  cobalt transport protein CbiM  37.73 
 
 
225 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2358  cobalt transport protein CbiM  39.07 
 
 
245 aa  132  7e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.372857 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2145  cobalt transport protein CbiM  39.07 
 
 
245 aa  132  7e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2192  cobalt transport protein CbiM  39.07 
 
 
245 aa  132  7e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2199  cobalt transport protein CbiM  39.07 
 
 
245 aa  132  7e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2245  cobalt transport protein CbiM  39.07 
 
 
245 aa  132  7e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.112187 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1226  cobalt transport protein CbiM  40.93 
 
 
226 aa  132  8e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  4.415e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2601  cobalt transport protein CbiM  40.8 
 
 
246 aa  132  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.184682  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3820  cobalt transport protein CbiM  40.4 
 
 
249 aa  131  1e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0543  cobalamin biosynthesis protein CbiM  40.95 
 
 
226 aa  130  3e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1060  cobalt transport protein CbiM  35.37 
 
 
254 aa  130  4e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.127032  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2595  cobalt transport protein CbiM  40.89 
 
 
226 aa  129  5e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0918235  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2793  cobalt transport protein CbiM  40.89 
 
 
226 aa  129  9e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.132935  decreased coverage  0.000152397 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1073  hypothetical protein  36.89 
 
 
599 aa  128  1e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.842265 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1385  cobalamin biosynthesis protein CbiM  33.92 
 
 
250 aa  127  2e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1266  cobalamin biosynthesis protein CbiM  38.81 
 
 
248 aa  126  6e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0182  cobalt transport protein CbiM  32.89 
 
 
247 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0185  cobalt transport protein CbiM  33.33 
 
 
247 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.878644  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4719  cobalamin biosynthesis protein CbiM  41.54 
 
 
225 aa  122  7e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3589  cobalamin biosynthesis protein CbiM  41.54 
 
 
232 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1861  cobalamin biosynthesis protein CbiM  40.18 
 
 
224 aa  113  5e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  34.58 
 
 
213 aa  103  4e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  33.18 
 
 
214 aa  102  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4181  hypothetical protein  63.95 
 
 
114 aa  98.6  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1766  cobalt transport protein CbiM  31.78 
 
 
212 aa  94.7  2e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.386006  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0137  cobalt transport protein CbiM  30.84 
 
 
212 aa  94.4  2e-18  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0440058 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0090  cobalt transport protein CbiM  31.82 
 
 
210 aa  92.4  8e-18  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0031  cobalt transport protein CbiM  29.44 
 
 
212 aa  90.1  5e-17  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  32.72 
 
 
212 aa  89.4  8e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.18 
 
 
421 aa  89  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0473  cobalamin biosynthesis protein CbiM  63.41 
 
 
93 aa  86.7  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3807  hypothetical protein  52.22 
 
 
94 aa  85.5  1e-15  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.35 
 
 
213 aa  83.2  6e-15  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.64 
 
 
241 aa  82.8  7e-15  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1793  cobalt transport protein CbiM  29.41 
 
 
218 aa  82.4  1e-14  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  1.28429e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  24.39 
 
 
333 aa  81.6  2e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.22 
 
 
219 aa  80.5  3e-14  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.57 
 
 
204 aa  79.7  5e-14  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.09 
 
 
232 aa  79.3  8e-14  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  27.52 
 
 
230 aa  78.2  2e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.43 
 
 
235 aa  77.8  2e-13  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.99 
 
 
241 aa  77.4  3e-13  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  26.22 
 
 
241 aa  77.4  3e-13  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2063  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.71 
 
 
232 aa  77.4  3e-13  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0721765  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2046  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.71 
 
 
232 aa  77.4  3e-13  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2109  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.71 
 
 
232 aa  77.4  3e-13  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.494306  normal  0.0409829 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1006  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.94 
 
 
238 aa  77  4e-13  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.154415  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.11 
 
 
246 aa  77  4e-13  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  28.64 
 
 
226 aa  76.3  7e-13  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  26.55 
 
 
239 aa  75.9  9e-13  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1200  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.52 
 
 
347 aa  75.5  1e-12  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.028093  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1116  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.94 
 
 
238 aa  74.7  2e-12  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.9 
 
 
352 aa  74.7  2e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.54 
 
 
242 aa  73.9  3e-12  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11090  cobalt transport protein CbiM  28.32 
 
 
339 aa  74.3  3e-12  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  3.40042e-06  normal  0.0123253 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0391  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.71 
 
 
202 aa  73.6  4e-12  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.026574  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4058  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.97 
 
 
235 aa  73.6  4e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.815174  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2305  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.25 
 
 
210 aa  72.8  8e-12  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.32 
 
 
354 aa  72.4  1e-11  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0330  cobalt transport protein CbiM  30.91 
 
 
325 aa  72.4  1e-11  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.36 
 
 
310 aa  71.6  2e-11  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.03 
 
 
229 aa  71.2  2e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  29.69 
 
 
242 aa  71.2  2e-11  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  32.44 
 
 
352 aa  71.2  2e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>