More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2888 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  79.37 
 
 
506 aa  838    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  100 
 
 
503 aa  1046    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  81.84 
 
 
501 aa  875    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  79.76 
 
 
506 aa  845    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  86.63 
 
 
501 aa  920    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  79.56 
 
 
506 aa  841    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  42.73 
 
 
474 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  39.58 
 
 
488 aa  383  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.4 
 
 
546 aa  322  9.999999999999999e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.76 
 
 
546 aa  320  5e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.89 
 
 
558 aa  319  7.999999999999999e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  36.42 
 
 
547 aa  315  9e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.07 
 
 
546 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.07 
 
 
546 aa  315  9.999999999999999e-85  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.88 
 
 
548 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.3 
 
 
547 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.61 
 
 
546 aa  312  6.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.31 
 
 
520 aa  312  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.61 
 
 
546 aa  311  2e-83  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.15 
 
 
527 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.93 
 
 
528 aa  310  4e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.11 
 
 
567 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.61 
 
 
600 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  37.01 
 
 
534 aa  302  7.000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.88 
 
 
535 aa  303  7.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  36.4 
 
 
612 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.4 
 
 
612 aa  302  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.26 
 
 
580 aa  298  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.25 
 
 
569 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.42 
 
 
567 aa  296  6e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  35.62 
 
 
565 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  36.2 
 
 
675 aa  286  7e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  29.09 
 
 
459 aa  210  6e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.84 
 
 
451 aa  189  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.82 
 
 
508 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.73 
 
 
489 aa  187  5e-46  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  34.77 
 
 
508 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.05 
 
 
516 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 
470 aa  176  9e-43  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.66 
 
 
533 aa  173  6.999999999999999e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  26.59 
 
 
461 aa  171  3e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.81 
 
 
487 aa  167  5e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  26.75 
 
 
609 aa  164  4.0000000000000004e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  31 
 
 
564 aa  161  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  27.48 
 
 
545 aa  160  4e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.23 
 
 
502 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  27.87 
 
 
524 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
520 aa  160  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 
494 aa  158  2e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.78 
 
 
494 aa  157  4e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.78 
 
 
494 aa  157  4e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  28.77 
 
 
441 aa  157  6e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  28.54 
 
 
441 aa  156  7e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  30.17 
 
 
608 aa  156  7e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.35 
 
 
612 aa  155  2e-36  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.05 
 
 
494 aa  155  2e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.99 
 
 
529 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  26.09 
 
 
521 aa  154  2.9999999999999998e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  27.95 
 
 
472 aa  154  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.8 
 
 
512 aa  151  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.51 
 
 
608 aa  151  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  29.23 
 
 
556 aa  150  4e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  26.07 
 
 
459 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.78 
 
 
472 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  27.96 
 
 
609 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.46 
 
 
518 aa  148  3e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  26.53 
 
 
472 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  28.43 
 
 
485 aa  146  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  27.69 
 
 
487 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.11 
 
 
471 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  26.87 
 
 
563 aa  143  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  30.63 
 
 
564 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.01 
 
 
554 aa  141  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  29.87 
 
 
677 aa  139  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.74 
 
 
484 aa  139  1e-31  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.22 
 
 
485 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  28.04 
 
 
456 aa  137  5e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  24.8 
 
 
603 aa  136  7.000000000000001e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  28.08 
 
 
517 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  27.29 
 
 
488 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  26.02 
 
 
476 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  25.49 
 
 
513 aa  132  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3231  Radical SAM domain protein  25.71 
 
 
472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  26.02 
 
 
476 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  28.25 
 
 
489 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  28.34 
 
 
484 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  27.54 
 
 
681 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.11 
 
 
473 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3038  radical SAM family Fe-S protein  26.36 
 
 
523 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.345739  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25 
 
 
515 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1029  Radical SAM domain protein  25.27 
 
 
472 aa  129  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.585202  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.11 
 
 
513 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0512  Radical SAM domain protein  26.12 
 
 
486 aa  129  2.0000000000000002e-28  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  25.95 
 
 
566 aa  127  3e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  27.8 
 
 
468 aa  128  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  24.57 
 
 
520 aa  127  5e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1738  cobalamin B12-binding/radical SAM domain-containing Fe-S oxidoreductase  24.78 
 
 
521 aa  127  6e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  25.88 
 
 
452 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3102  radical SAM domain-containing protein  27.06 
 
 
487 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  27.46 
 
 
1250 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>