More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2857 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
210 aa  426  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  80 
 
 
210 aa  356  9.999999999999999e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  72.38 
 
 
211 aa  324  5e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  71.43 
 
 
211 aa  316  2e-85  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  71.43 
 
 
211 aa  315  3e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  68.27 
 
 
211 aa  293  1e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  68.53 
 
 
209 aa  291  6e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  60.29 
 
 
210 aa  261  6e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  57.21 
 
 
209 aa  245  3e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  56.73 
 
 
209 aa  245  4e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  55.77 
 
 
209 aa  239  2e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  55.02 
 
 
212 aa  239  2.9999999999999997e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 
213 aa  238  5e-62  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  57.21 
 
 
211 aa  236  1e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  53.81 
 
 
210 aa  236  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  54.76 
 
 
210 aa  235  3e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  54.55 
 
 
212 aa  233  1.0000000000000001e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  51.46 
 
 
210 aa  233  2.0000000000000002e-60  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  54.29 
 
 
209 aa  232  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
209 aa  231  8.000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  49.51 
 
 
208 aa  227  1e-58  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
207 aa  226  2e-58  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  52.45 
 
 
205 aa  226  2e-58  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  50.96 
 
 
207 aa  226  2e-58  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 
210 aa  226  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  51.18 
 
 
212 aa  223  2e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 
212 aa  221  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0079  50S ribosomal protein L3  50.73 
 
 
209 aa  221  7e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.145283 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
209 aa  221  9e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
209 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  49.28 
 
 
214 aa  218  3.9999999999999997e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  51.85 
 
 
220 aa  218  5e-56  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  48.8 
 
 
210 aa  218  5e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 
211 aa  218  7e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  50 
 
 
213 aa  218  7.999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  51.94 
 
 
210 aa  217  7.999999999999999e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
209 aa  217  8.999999999999998e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  50.95 
 
 
211 aa  217  1e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1185  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
210 aa  216  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  48.54 
 
 
207 aa  216  2.9999999999999998e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  50.75 
 
 
209 aa  216  2.9999999999999998e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0110  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000986131  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0106  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  2.6707699999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0104  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000168091  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0110  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000246604  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0131  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000141135  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0122  50S ribosomal protein L3  52.88 
 
 
210 aa  215  4e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.0599700000000001e-61 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  52.97 
 
 
213 aa  215  4e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  52.63 
 
 
207 aa  214  5e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3435  50S ribosomal protein L3  53.14 
 
 
218 aa  214  5.9999999999999996e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
210 aa  214  7e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
211 aa  213  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  52.4 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  51.85 
 
 
220 aa  213  9.999999999999999e-55  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4026  50S ribosomal protein L3  48.33 
 
 
210 aa  213  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000729954 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  52.17 
 
 
219 aa  212  2.9999999999999995e-54  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1161  ribosomal protein L3  50.98 
 
 
206 aa  212  2.9999999999999995e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000266904  hitchhiker  0.000000567921 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  212  2.9999999999999995e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1147  50S ribosomal protein L3  51.98 
 
 
205 aa  209  2e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0000530687  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 
205 aa  209  2e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
205 aa  209  2e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  51.2 
 
 
205 aa  209  3e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000036263  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  51.44 
 
 
216 aa  209  3e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2232  50S ribosomal protein L3  50.5 
 
 
213 aa  209  3e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.422626 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2277  50S ribosomal protein L3  50.93 
 
 
220 aa  209  3e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  48.04 
 
 
206 aa  209  3e-53  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  51.2 
 
 
205 aa  208  4e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  53.88 
 
 
209 aa  208  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 
211 aa  208  6e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  53.4 
 
 
209 aa  207  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  48.29 
 
 
209 aa  207  7e-53  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 
211 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  207  9e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 
211 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  53.08 
 
 
211 aa  207  9e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1305  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
218 aa  207  9e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207115  normal  0.106977 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  52.82 
 
 
211 aa  207  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  51.21 
 
 
213 aa  207  1e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0837  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 
211 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0361687  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
209 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08850  50S ribosomal protein L3  52.13 
 
 
211 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000230335  normal  0.0234155 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10715  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.249834 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
218 aa  206  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1040  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1013  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  53.4 
 
 
209 aa  206  2e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  51.67 
 
 
209 aa  206  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1030  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
217 aa  206  2e-52  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.676061 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0058  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
208 aa  205  3e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00491271  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  51.69 
 
 
216 aa  205  4e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0421  50S ribosomal protein L3P  51.42 
 
 
212 aa  205  4e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00399818  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1907  50S ribosomal protein L3  51.44 
 
 
208 aa  205  4e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.00000032853  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  48.77 
 
 
212 aa  205  5e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5124  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
216 aa  204  6e-52  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2907  50S ribosomal protein L3  48.31 
 
 
212 aa  204  7e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  52.91 
 
 
209 aa  204  8e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>