122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2804 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2804  ferredoxin family protein  100 
 
 
87 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0672  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  92.94 
 
 
87 aa  169  9e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.534446 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1203  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  87.36 
 
 
87 aa  165  2e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168328  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2079  ferredoxin III, nif-specific  84.71 
 
 
87 aa  157  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2139  ferredoxin III, nif-specific  84.71 
 
 
87 aa  157  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480151 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3489  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  74.42 
 
 
87 aa  142  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0632  ferredoxin III, nif-specific  67.82 
 
 
87 aa  128  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.531149  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3025  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  64.71 
 
 
87 aa  122  1e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3208  ferredoxin III, nif-specific  62.35 
 
 
87 aa  120  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.478664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2102  ferredoxin family protein  58.62 
 
 
87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0633  ferredoxin III, nif-specific  52.81 
 
 
89 aa  93.6  8e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1510  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  47.13 
 
 
89 aa  88.6  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1230  ferredoxin III, nif-specific  38.54 
 
 
102 aa  87.4  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000308557 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0534  putative dimeric ferredoxin (FdIII)  43.88 
 
 
100 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.165776  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2186  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.88 
 
 
100 aa  86.7  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0900342 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1253  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.43 
 
 
101 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.908705  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1512  ferredoxin  37.5 
 
 
102 aa  85.5  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.560047  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4259  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.5 
 
 
98 aa  84.3  5e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2104  ferredoxin III, nif-specific  40 
 
 
97 aa  83.2  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000996016 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1191  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40.78 
 
 
105 aa  82.4  0.000000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000682014 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4805  ferredoxin III, nif-specific  39.18 
 
 
98 aa  82  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.866548 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0445  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  41.67 
 
 
97 aa  81.3  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.16262 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1885  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.18 
 
 
99 aa  80.9  0.000000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.464709  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1830  ferredoxin III, nif-specific  41.05 
 
 
97 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1802  ferredoxin III, nif-specific  41.05 
 
 
97 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2282  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  39.18 
 
 
101 aa  77  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7733  ferredoxin III, nif-specific  41.86 
 
 
100 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0238  ferredoxin, 4Fe-4S  37.93 
 
 
102 aa  74.7  0.0000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.194696  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2643  ferredoxin III  38.46 
 
 
97 aa  73.6  0.0000000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.405945  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3989  ferredoxin III, nif-specific  36.89 
 
 
179 aa  69.7  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0809121  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1475  hypothetical protein  39.76 
 
 
101 aa  68.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000320737 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2320  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  40 
 
 
102 aa  69.3  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00672555  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1055  ferredoxin III, nif-specific  38.89 
 
 
86 aa  68.6  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0481  ferredoxin III, nif-specific  39.76 
 
 
103 aa  67.8  0.00000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.92658  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0977  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  37.21 
 
 
103 aa  65.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.316671 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3542  ferredoxin III, nif-specific  33.98 
 
 
104 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.923414  hitchhiker  0.00998746 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3624  ferredoxin III, nif-specific  35.23 
 
 
105 aa  64.7  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.182851 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1354  ferredoxin III, nif-specific  33.67 
 
 
102 aa  63.9  0.0000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5917  ferredoxin-3 (ferredoxin III) (FdIII)  32.58 
 
 
95 aa  63.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.228089  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1081  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.63 
 
 
104 aa  62.8  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6219  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  35.63 
 
 
105 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4902  ferredoxin III, nif-specific  35.56 
 
 
97 aa  61.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.147996  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0096  ferredoxin III 4(4Fe-4S) nif-specific  34.94 
 
 
98 aa  60.8  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.418618  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5093  ferredoxin III, nif-specific  34.88 
 
 
103 aa  60.5  0.000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  34.48 
 
 
104 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1562  ferredoxin III, nif-specific  32.53 
 
 
94 aa  55.8  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2418  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.08 
 
 
652 aa  50.1  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2823  electron transport complex, B subunit  34.57 
 
 
182 aa  49.3  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.915701  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2754  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  25.35 
 
 
426 aa  48.9  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.964993  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0334  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.96 
 
 
377 aa  48.1  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1226  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.85 
 
 
432 aa  47.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3443  dihydropyrimidine dehydrogenase  32.43 
 
 
424 aa  47  0.00008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.462217 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  32.05 
 
 
318 aa  47  0.00009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0468  signal-transduction protein  32.79 
 
 
326 aa  47  0.00009  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.125396  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3050  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.85 
 
 
432 aa  46.2  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1300  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.15 
 
 
102 aa  46.2  0.0001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3534  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.71 
 
 
950 aa  45.8  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.93778  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0720  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.82 
 
 
681 aa  46.2  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.340491  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1474  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  34.29 
 
 
77 aa  46.2  0.0002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01510  nitrogen fixation (4Fe-4S) ferredoxin-like protein  40 
 
 
51 aa  45.8  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.41732  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1181  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.23 
 
 
94 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0685  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.23 
 
 
133 aa  45.4  0.0003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  35.71 
 
 
188 aa  45.4  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0879  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.77 
 
 
381 aa  44.7  0.0004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  29.87 
 
 
184 aa  44.7  0.0004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2557  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.09 
 
 
369 aa  45.1  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.75783  normal  0.24962 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  31.65 
 
 
186 aa  44.3  0.0005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50970  Electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  26.74 
 
 
174 aa  44.3  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0817561  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1817  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0338518  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  33.75 
 
 
192 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2709  Glutamate synthase (NADPH)  30.3 
 
 
502 aa  43.9  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0551  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.51 
 
 
425 aa  43.9  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16300  Glutamate synthase (NADPH)  33.33 
 
 
500 aa  43.9  0.0008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0221938  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1309  dihydropyrimidine dehydrogenase  34.78 
 
 
432 aa  42.7  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0559  glutamate synthase (NADPH)  29.85 
 
 
501 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0032  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  35.29 
 
 
61 aa  42.4  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1608  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.89 
 
 
61 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.55229  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1292  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  36.67 
 
 
502 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00363747 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  32.86 
 
 
279 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3483  pyruvate flavodoxin/ferredoxin oxidoreductase domain-containing protein  31.08 
 
 
1186 aa  42  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0523  glutamate synthase (NADPH)  28.17 
 
 
507 aa  42.7  0.002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.55997  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0537  glutamate synthase (NADPH)  28.17 
 
 
507 aa  42.7  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0864  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.25 
 
 
665 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3563  aldo/keto reductase  35.19 
 
 
315 aa  42.4  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000709753  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1813  ferredoxin, 4Fe-4S  27.94 
 
 
75 aa  42  0.003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2170  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  37.5 
 
 
221 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.211409 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0919  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.65 
 
 
281 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  31.43 
 
 
192 aa  42  0.003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2360  Glutamate synthase (NADPH)  30.14 
 
 
502 aa  41.6  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.235602  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1334  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.2 
 
 
368 aa  41.6  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0262596 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1546  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.77 
 
 
377 aa  41.6  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1080  ferredoxin (flavodoxin) oxidoreductase  26.97 
 
 
1190 aa  41.2  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1756  glutamate synthase (NADPH) GltB2 subunit  30.43 
 
 
509 aa  41.2  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.314576  normal  0.0683666 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>