More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2365 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2365  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  100 
 
 
280 aa  572  1.0000000000000001e-162  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.304818  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2472  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  84.48 
 
 
280 aa  488  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3272  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  71.38 
 
 
276 aa  410  1e-113  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2097  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  66.06 
 
 
280 aa  374  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1659  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.62 
 
 
277 aa  360  2e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3345  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64 
 
 
278 aa  351  7e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0900  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  64.73 
 
 
278 aa  348  5e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34862e-32 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0060  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.32 
 
 
281 aa  251  1e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3355  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  44.52 
 
 
296 aa  248  1e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.909711  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0481  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
294 aa  245  6e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.14 
 
 
294 aa  245  6e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0187  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.74 
 
 
270 aa  244  8e-64  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2262  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  47.2 
 
 
294 aa  244  9e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0232  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0488037  normal  0.41258 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0492  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.52 
 
 
296 aa  236  3e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.37943 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1376  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  236  4e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.580619  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1125  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.97 
 
 
284 aa  235  5.0000000000000005e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.110653  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4140  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.36 
 
 
287 aa  235  6e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000198546 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.74 
 
 
292 aa  235  6e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1338  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.326275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1299  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
284 aa  233  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000423325 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4296  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.44 
 
 
298 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.73519  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2594  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
314 aa  233  3e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0515  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.52 
 
 
291 aa  233  3e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1138  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.131341  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
284 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0478  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.76 
 
 
296 aa  232  4.0000000000000004e-60  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1112  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.61 
 
 
284 aa  231  1e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0345479  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2231  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.8 
 
 
261 aa  230  2e-59  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1118  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
284 aa  229  3e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000464599  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1779  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.77 
 
 
297 aa  224  2e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00243798  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1487  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.4 
 
 
294 aa  223  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000030027 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.86 
 
 
293 aa  223  3e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0280705 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1580  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.85 
 
 
278 aa  223  3e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0881  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.25 
 
 
298 aa  222  7e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1686  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.91 
 
 
285 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2525  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.84 
 
 
298 aa  219  3e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4467  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44 
 
 
287 aa  219  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1270  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.08 
 
 
246 aa  218  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.120317  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2048  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.3 
 
 
300 aa  217  1e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1006  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
299 aa  214  9e-55  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.530196  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.22 
 
 
461 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.671731  hitchhiker  0.00000000841547 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2129  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
286 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4071  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.86 
 
 
237 aa  214  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.142911  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3993  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.66 
 
 
292 aa  213  1.9999999999999998e-54  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.268063  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  48.34 
 
 
293 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128844  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1996  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.06 
 
 
290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0138572  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3679  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.24 
 
 
285 aa  212  4.9999999999999996e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000149825  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0953  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.73 
 
 
281 aa  212  4.9999999999999996e-54  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.719428  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0940  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.3 
 
 
283 aa  212  5.999999999999999e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1209  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.89 
 
 
284 aa  211  1e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.867672 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2316  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.49 
 
 
297 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0781595 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0418  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.5 
 
 
288 aa  210  2e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3018  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.39 
 
 
281 aa  209  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3106  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.29 
 
 
278 aa  209  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1724  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.48 
 
 
296 aa  208  8e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00037704  normal  0.832838 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4945  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.99 
 
 
286 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000489214 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1777  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.1 
 
 
297 aa  204  1e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.309718  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5788  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.61 
 
 
290 aa  204  1e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.186133 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3073  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.86 
 
 
282 aa  204  1e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.419885  normal  0.223963 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1054  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.37 
 
 
281 aa  204  1e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4292  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.7 
 
 
287 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.405671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2763  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.71 
 
 
295 aa  202  6e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1420  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.67 
 
 
279 aa  202  7e-51  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0715  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.49 
 
 
298 aa  201  9e-51  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.466634 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3036  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.93 
 
 
283 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2099  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.91 
 
 
289 aa  201  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.626697 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1207  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.43 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0845  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.26 
 
 
294 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0431465 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0633  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  43.38 
 
 
285 aa  200  1.9999999999999998e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0045  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.07 
 
 
288 aa  200  3e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.478799 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1493  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.32 
 
 
301 aa  199  3e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3802  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.61 
 
 
305 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.813564  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0392  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
299 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0874  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.71 
 
 
299 aa  199  3e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8192  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.45 
 
 
301 aa  199  3.9999999999999996e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0122  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.32 
 
 
297 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1891  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  41.7 
 
 
286 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.657644  hitchhiker  0.00910437 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1509  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.07 
 
 
287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.7 
 
 
306 aa  196  3e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.73104  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3917  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.46 
 
 
284 aa  195  5.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0252378 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2405  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.44 
 
 
284 aa  195  6e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1984  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.97 
 
 
301 aa  195  7e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3011  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.36 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289187  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2017  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.31 
 
 
297 aa  194  1e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2828  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.58 
 
 
291 aa  194  1e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.39163  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13108  putative dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.63 
 
 
288 aa  193  2e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1416  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.18 
 
 
281 aa  194  2e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.547009  hitchhiker  0.00418742 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2661  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  39.01 
 
 
291 aa  192  5e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2856  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.78 
 
 
285 aa  192  5e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0978379  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2599  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40 
 
 
300 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6346  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  44.37 
 
 
296 aa  192  7e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.191715  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1403  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.08 
 
 
288 aa  191  8e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00211248 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2344  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.29 
 
 
298 aa  191  1e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1182  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  42.03 
 
 
295 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.311336  normal  0.286753 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0637  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  38.52 
 
 
306 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.618272 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1684  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  36.75 
 
 
307 aa  191  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.298373  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2402  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  33.69 
 
 
286 aa  190  2e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1488  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  40.42 
 
 
306 aa  190  2e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5899  dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  45.23 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.824829 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>