More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2006 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU2006  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 288 aa  556  1e-157  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.766894  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2425  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  76.31 
 
 		 288 aa  422  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.674149  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1533  inner-membrane translocator  75.61 
 
 		 288 aa  418  1e-116  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575934  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1438  inner-membrane translocator  75.61 
 
 		 288 aa  419  1e-116  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1454  inner-membrane translocator  76.66 
 
 		 288 aa  404  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.566264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1829  inner-membrane translocator  64.56 
 
 		 289 aa  320  9.999999999999999e-87  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000486818  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1581  inner-membrane translocator  49.83 
 
 		 308 aa  295  7e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0852  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.6 
 
 		 289 aa  291  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.416371  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0313  inner-membrane translocator  50.17 
 
 		 291 aa  279  3e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.477934 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1905  inner-membrane translocator  41.05 
 
 		 290 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.419507 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0793  inner-membrane translocator  39.86 
 
 		 290 aa  231  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.806317  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1619  inner-membrane translocator  41.46 
 
 		 290 aa  221  9e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.755467  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5994  branched chain amino acid ABC transporter permease  37.32 
 
 		 290 aa  210  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0717664 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1194  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 287 aa  209  6e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.633758  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1096  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 287 aa  209  6e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1928  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 290 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3749  inner-membrane translocator  39.37 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1707  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.666506  normal  0.0117709 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.11 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.844252  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0336  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.11 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0862  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.74 
 
 		 288 aa  199  3e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0185519  normal  0.209309 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3646  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 287 aa  199  3.9999999999999996e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.362219  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1563  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 283 aa  198  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0327  inner-membrane translocator  41.32 
 
 		 293 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0975712  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0896  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2127  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 292 aa  189  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.172623  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1099  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 292 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110891  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5834  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00317168 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0005  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.901395  hitchhiker  0.00000431174 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1501  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 291 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2141  inner-membrane translocator  40.21 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.694846 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2751  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1676  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 285 aa  182  6e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0527356 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1091  inner-membrane translocator  41.44 
 
 		 325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0362  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3535  inner-membrane translocator  38.54 
 
 		 291 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.152281  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4925  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0402653  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1848  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 292 aa  179  7e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.623579  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3207  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1949  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 292 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.926324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2500  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 287 aa  177  2e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3660  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 287 aa  176  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.741665  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0802  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 286 aa  176  3e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0481  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.99 
 
 		 292 aa  176  3e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3619  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 305 aa  176  4e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.551009 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2429  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 300 aa  176  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.614779  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2253  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 301 aa  176  5e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0260  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 287 aa  175  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5695  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 290 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00418313 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0644  inner-membrane translocator  38.68 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2331  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.729625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3837  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.622329  normal  0.114435 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2885  putative ABC transporter permiase component  36.23 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0257829 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3980  ABC transporter permease  34.95 
 
 		 287 aa  169  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0118656 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1423  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 290 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.36442  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0259  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.67 
 
 		 301 aa  169  6e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1664  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0220  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.17 
 
 		 290 aa  168  8e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.168677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0142  inner-membrane translocator  36.52 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1161  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1036  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.203386  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0771  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.24 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.171374  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2588  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 290 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5641  inner-membrane translocator  40.57 
 
 		 289 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1892  branched-chain amino acid AbC-type transport system permease  35.57 
 
 		 308 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.339228  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1601  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549265  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5536  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 287 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0898761  hitchhiker  0.00000762258 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1136  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 286 aa  162  5.0000000000000005e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0602243  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0835  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1581  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.28 
 
 		 289 aa  162  6e-39  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000593948  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2555  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.08 
 
 		 293 aa  162  6e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.1036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1865  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2366  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.46 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00045769  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1391  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 294 aa  159  5e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1651  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 291 aa  159  7e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0513  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0503611  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0892  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0473  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 301 aa  157  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6490  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0479005  normal  0.485877 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1862  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.513545  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6015  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 291 aa  156  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00174131 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2239  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2112  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 		 291 aa  157  3e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1139  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 287 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.124287 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1258  inner-membrane translocator  34.39 
 
 		 291 aa  155  5.0000000000000005e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.241594  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1696  inner-membrane translocator  36.11 
 
 		 291 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.699777 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0359  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2166  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 286 aa  154  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6586  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.788549  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3292  hypothetical protein  34.71 
 
 		 301 aa  153  2.9999999999999998e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00518243 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3687  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0487  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7434  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  31.58 
 
 		 287 aa  152  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0399  branched chain amino acid ABC transporter permease  31.56 
 
 		 294 aa  152  5.9999999999999996e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.615306  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1387  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 294 aa  151  8.999999999999999e-36  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0461  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1751  inner-membrane translocator  34.77 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.48853  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0271  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.297409  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3072  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.117603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0534  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 290 aa  149  4e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000179103 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>