63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1771 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1771  hypothetical protein  100 
 
 		 215 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1852  SARP family transcriptional regulator  72 
 
 		 212 aa  307  6.999999999999999e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.31253e-17  normal  0.969216 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1936  SARP family transcriptional regulator  64.95 
 
 		 210 aa  275  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  30.21 
 
 		 1097 aa  93.6  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  32.54 
 
 		 1163 aa  79  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  28.74 
 
 		 1083 aa  71.2  0.00000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0404  TPR repeat-containing protein  28.22 
 
 		 1055 aa  63.5  0.000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  28.71 
 
 		 1193 aa  62  0.000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  27.72 
 
 		 990 aa  61.6  0.000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  26.43 
 
 		 1204 aa  61.2  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  22.91 
 
 		 561 aa  60.5  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2653  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  24.06 
 
 		 572 aa  60.8  0.00000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  23.43 
 
 		 1111 aa  58.5  0.00000007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 775 aa  57.8  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  26.44 
 
 		 1095 aa  56.6  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4892  transcriptional activator domain-containing protein  22.09 
 
 		 597 aa  57.4  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.123982 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2003  transcriptional regulator, SARP family  30 
 
 		 867 aa  57.4  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.228987  hitchhiker  0.0000000440234 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  25.71 
 
 		 1145 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0699  transcriptional activator domain-containing protein  27.01 
 
 		 1094 aa  57.4  0.0000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00060152 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1624  SARP family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 349 aa  55.8  0.0000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  28.21 
 
 		 1108 aa  55.5  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  22.8 
 
 		 999 aa  55.5  0.0000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1697  SARP family transcriptional regulator  25.13 
 
 		 349 aa  54.3  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000546308  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1835  SARP family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 343 aa  53.5  0.000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.338537  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2832  transcriptional regulator, SARP family  24.7 
 
 		 1145 aa  52.4  0.000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  24.63 
 
 		 661 aa  50.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3806  SARP family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 423 aa  50.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0119583  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3421  response regulator receiver and SARP domain protein  25.41 
 
 		 300 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13144  transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  49.3  0.00004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.149221 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05450  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  27.88 
 
 		 907 aa  48.9  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2272  transcriptional regulator domain protein  24.1 
 
 		 925 aa  48.5  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0573653  hitchhiker  0.00120633 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0495  response regulator receiver and SARP domain protein  24.77 
 
 		 365 aa  48.5  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108458  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3099  SARP family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 654 aa  47.8  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5818  SARP family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 202 aa  48.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4424  transcriptional activator domain-containing protein  26.18 
 
 		 1055 aa  48.1  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.518741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2694  response regulator receiver and SARP domain protein  28.14 
 
 		 435 aa  47.8  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  26.32 
 
 		 954 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2199  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  32.8 
 
 		 344 aa  46.6  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.425276 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2213  SARP family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 612 aa  46.6  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.226859  normal  0.3766 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3460  transcriptional activator domain-containing protein  23.78 
 
 		 1061 aa  46.2  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4304  response regulator receiver and SARP domain protein  31.33 
 
 		 349 aa  46.2  0.0004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1398  SARP family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 1319 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229363  decreased coverage  0.000262464 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0063  transcriptional regulator  25.79 
 
 		 1190 aa  45.8  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82825  normal  0.766346 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3289  SARP family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 1116 aa  45.8  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16943  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0345  SARP family transcriptional regulator  23 
 
 		 837 aa  45.4  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5260  transcriptional regulator, winged helix family  22.01 
 
 		 1093 aa  44.3  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2956  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  25.88 
 
 		 1339 aa  44.7  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00898983  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0709  transcriptional regulator, SARP family  26.36 
 
 		 379 aa  44.7  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.122417  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0410  response regulator receiver and SARP domain protein  22.55 
 
 		 376 aa  45.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000633698  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6600  transcriptional activator domain-containing protein  23.26 
 
 		 1733 aa  44.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0084  transcriptional activator domain  24.1 
 
 		 1071 aa  43.5  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4552  transcriptional regulator  23.78 
 
 		 1043 aa  43.1  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.01867 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0386  SARP family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 268 aa  43.1  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.472284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1385  transcriptional regulator, winged helix family  26.81 
 
 		 1186 aa  43.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3408  transcriptional activator domain protein  26.92 
 
 		 1118 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3287  transcriptional activator domain protein  24.24 
 
 		 1044 aa  43.1  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0920226  hitchhiker  0.00000903469 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 1064 aa  43.1  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3364  transcriptional activator domain  26.92 
 
 		 1118 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5118  SARP family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 1346 aa  42.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0180644  normal  0.388014 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11293  transcriptional regulatory protein embR  24.18 
 
 		 388 aa  42  0.007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00670672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1211  transcriptional regulator, SARP family  25.17 
 
 		 378 aa  41.6  0.008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.705954  normal  0.54501 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5616  transcriptional regulator, winged helix family  28.21 
 
 		 1097 aa  41.6  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00878101  normal  0.0410106 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3859  transcriptional regulator, SARP family  27.27 
 
 		 261 aa  41.6  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0112179  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>