265 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1766 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1766  exodeoxyribonuclease VII small subunit  100 
 
 
76 aa  141  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000846618  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1936  exodeoxyribonuclease VII small subunit  84.21 
 
 
76 aa  124  5e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2177  exodeoxyribonuclease VII small subunit  81.58 
 
 
76 aa  123  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000361923  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2405  exodeoxyribonuclease VII small subunit  74.67 
 
 
75 aa  116  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000772835  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2184  exodeoxyribonuclease VII small subunit  72.37 
 
 
77 aa  111  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000051669  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3027  exodeoxyribonuclease VII small subunit  73.24 
 
 
75 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1256  exodeoxyribonuclease VII small subunit  73.24 
 
 
75 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000890426  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1416  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.25 
 
 
84 aa  73.6  0.0000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.335751  normal  0.272045 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1664  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.68 
 
 
81 aa  70.1  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.329844  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2436  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.67 
 
 
85 aa  68.2  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3427  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.57 
 
 
76 aa  67  0.00000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06500  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  53.12 
 
 
84 aa  65.1  0.0000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  2.83766e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1903  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  38.24 
 
 
78 aa  63.5  0.0000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.541864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1669  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  54.1 
 
 
74 aa  63.2  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000880334  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0089  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.32 
 
 
76 aa  63.2  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0300263  normal  0.239711 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0903  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45 
 
 
86 aa  63.2  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1147  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.62 
 
 
80 aa  61.6  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.164326  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1775  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  49.06 
 
 
79 aa  61.6  0.000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.319268  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0700  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.97 
 
 
81 aa  61.2  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0526  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0463  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0889  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3220  exodeoxyribonuclease VII small subunit  47.76 
 
 
112 aa  60.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0484  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0471  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0465  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44 
 
 
80 aa  60.8  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0606  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.97 
 
 
81 aa  60.5  0.000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.60315  normal  0.0881534 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1003  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40 
 
 
86 aa  60.5  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000898352  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0832  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.94 
 
 
80 aa  60.5  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000144459  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1154  Exonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
93 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.158629  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.15 
 
 
76 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1222  Exonuclease VII small subunit  44.44 
 
 
93 aa  59.7  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1169  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.27 
 
 
82 aa  60.1  0.00000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2587  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00858119  normal  0.452628 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5005  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.93 
 
 
80 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.03 
 
 
83 aa  59.3  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0946  exodeoxyribonuclease VII small subunit  51.79 
 
 
85 aa  59.3  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3840  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.03 
 
 
132 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0328  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2277  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0844  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
104 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0612  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
104 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1133  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.44 
 
 
90 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.44078  hitchhiker  0.0045107 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0935  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.29 
 
 
80 aa  58.5  0.00000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.25175  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2536  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4822  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.36 
 
 
93 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.237878  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0846  exodeoxyribonuclease VII small subunit  38.67 
 
 
84 aa  58.5  0.00000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.136632  normal  0.343056 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0581  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.94 
 
 
80 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2394  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0362  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1510  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1704  exodeoxyribonuclease VII small subunit  45.45 
 
 
97 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2892  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  47.27 
 
 
82 aa  58.2  0.00000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11570  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.42 
 
 
80 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1059  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.42 
 
 
80 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.378404  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1032  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
82 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3279  exodeoxyribonuclease VII small subunit  46.3 
 
 
82 aa  57.8  0.00000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2769  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
79 aa  57.4  0.00000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.365151 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2036  exonuclease VII, small subunit  43.86 
 
 
77 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1050  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
70 aa  57.4  0.00000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0529  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.85 
 
 
80 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0819  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  44.83 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0249  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.55 
 
 
76 aa  57  0.00000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0563  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.85 
 
 
80 aa  57  0.00000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.159377  normal  0.90532 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07890  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.85 
 
 
80 aa  57  0.00000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0166035  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0097  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.62 
 
 
101 aa  57  0.00000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00370  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3187  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.498051  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0574  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.42 
 
 
80 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3211  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000938667 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0493  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0505  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1277  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  48.21 
 
 
79 aa  56.6  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.11345  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2254  exodeoxyribonuclease VII small subunit  39.06 
 
 
83 aa  56.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0590284  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2569  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  46.55 
 
 
78 aa  56.6  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0788452  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00374  hypothetical protein  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3083  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.45 
 
 
82 aa  56.6  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1080  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.64 
 
 
87 aa  56.6  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000691643 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1024  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.62 
 
 
75 aa  56.2  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2788  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  45.76 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0306157  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1698  Exodeoxyribonuclease VII small subunit  49.09 
 
 
90 aa  56.2  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.120092 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0453  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0343  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0458  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.79 
 
 
80 aa  56.2  0.0000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2617  exodeoxyribonuclease VII small subunit  42.25 
 
 
122 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1094  exodeoxyribonuclease VII small subunit  43.33 
 
 
93 aa  56.2  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0363068  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1514  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.83 
 
 
89 aa  55.5  0.0000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000028975  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2729  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
79 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00285704  normal  0.425427 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2802  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
79 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.269499  normal  0.706037 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20610  exodeoxyribonuclease VII small subunit  40.85 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.375138  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3248  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.344342  normal  0.0166439 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2899  exodeoxyribonuclease VII small subunit  48.21 
 
 
79 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0152416  hitchhiker  0.000215653 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0414  exodeoxyribonuclease VII small subunit  44.07 
 
 
80 aa  55.8  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.04357  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3774  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00863673  normal  0.0479075 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2213  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.190434  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3650  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4488  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1236  exodeoxyribonuclease VII small subunit  50.98 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3877  exodeoxyribonuclease VII small subunit  41.82 
 
 
97 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.209796 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2238  exodeoxyribonuclease VII, small subunit  40.35 
 
 
78 aa  55.1  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.264356 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>