More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1433 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2049  extracellular solute-binding protein  79.89 
 
 
540 aa  884    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  100 
 
 
538 aa  1107    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  67.75 
 
 
546 aa  760    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1870  dipeptide transport protein  62.38 
 
 
540 aa  701    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1234  extracellular solute-binding protein  84.57 
 
 
538 aa  951    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.871598  normal  0.318753 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2644  extracellular solute-binding protein family 5  73.44 
 
 
533 aa  789    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0361873  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1590  extracellular solute-binding protein family 5  73.29 
 
 
534 aa  781    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2655  extracellular solute-binding protein  68.16 
 
 
539 aa  781    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000125789  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  55.25 
 
 
576 aa  596  1e-169  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  52.36 
 
 
565 aa  592  1e-168  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1538  extracellular solute-binding protein family 5  53.75 
 
 
563 aa  569  1e-161  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000498479  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1483  extracellular solute-binding protein  48.96 
 
 
551 aa  497  1e-139  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.228319  normal  0.152124 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  40.15 
 
 
559 aa  378  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 
498 aa  370  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1902  extracellular solute-binding protein family 5  35.25 
 
 
501 aa  337  3.9999999999999995e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000145643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1565  oligopeptide-binding protein, putative  50.64 
 
 
381 aa  310  5e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.306093  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0310  extracellular solute-binding protein family 5  35.09 
 
 
509 aa  294  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  33.21 
 
 
526 aa  281  2e-74  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  33.12 
 
 
508 aa  275  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4611  extracellular solute-binding protein family 5  34.95 
 
 
553 aa  265  2e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.596915 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2798  extracellular solute-binding protein family 5  32.95 
 
 
557 aa  259  1e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1450  peptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  31.9 
 
 
511 aa  258  2e-67  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000430411  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0910  extracellular solute-binding protein  30.42 
 
 
555 aa  256  8e-67  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.463169  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  31.63 
 
 
511 aa  253  5.000000000000001e-66  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  31.05 
 
 
622 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  32.72 
 
 
532 aa  251  3e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0599  extracellular solute-binding protein family 5  31.14 
 
 
619 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.300607 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3039  4-phytase  33.33 
 
 
518 aa  247  4e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.89 
 
 
511 aa  246  6e-64  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.78 
 
 
505 aa  246  6e-64  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  36.18 
 
 
544 aa  245  9.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2770  extracellular solute-binding protein  30.84 
 
 
618 aa  243  5e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000172881  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30.35 
 
 
511 aa  243  6e-63  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.69 
 
 
511 aa  243  7.999999999999999e-63  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  30.37 
 
 
510 aa  242  2e-62  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  31.01 
 
 
534 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  34.22 
 
 
554 aa  238  2e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1982  putative ABC transporter, periplasmic binding protein  33.87 
 
 
524 aa  238  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0990283  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  31.87 
 
 
502 aa  236  8e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2152  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
527 aa  231  3e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000101547  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.21 
 
 
528 aa  230  4e-59  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0691  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 
600 aa  230  5e-59  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  33.2 
 
 
524 aa  229  7e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.25 
 
 
529 aa  229  9e-59  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.21 
 
 
528 aa  229  1e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.21 
 
 
528 aa  229  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1403  extracellular solute-binding protein family 5  31.26 
 
 
866 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.254941  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2555  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, oligopeptide/dipeptide-binding protein  29.6 
 
 
580 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2258  solute-binding family 5 protein  29.6 
 
 
579 aa  228  2e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  29.25 
 
 
529 aa  228  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  33.73 
 
 
544 aa  228  3e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  33.05 
 
 
528 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  31.45 
 
 
541 aa  226  6e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1621  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  30 
 
 
594 aa  226  8e-58  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.82 
 
 
528 aa  226  1e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0614  extracellular solute-binding protein family 5  29.64 
 
 
593 aa  225  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.459899  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  32.77 
 
 
536 aa  225  1e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.24 
 
 
510 aa  224  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0008  extracellular solute-binding protein family 5  31.93 
 
 
544 aa  224  4e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00260142  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  31.1 
 
 
529 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  223  6e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  28.63 
 
 
528 aa  223  6e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  30.69 
 
 
529 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  32.06 
 
 
544 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0567  extracellular solute-binding protein  27.93 
 
 
608 aa  222  9.999999999999999e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  29.24 
 
 
529 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  32.63 
 
 
515 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1807  extracellular solute-binding protein family 5  32.81 
 
 
528 aa  221  3e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  31.1 
 
 
529 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.81 
 
 
520 aa  220  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0169  hypothetical protein  29.81 
 
 
518 aa  220  6e-56  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  32.56 
 
 
510 aa  219  7e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5138  putative periplasmic peptide-binding protein ABC transporter  32.14 
 
 
495 aa  219  8.999999999999998e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0462348 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1135  4-phytase  31.46 
 
 
520 aa  219  1e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00134056  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1765  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  29.88 
 
 
596 aa  219  1e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.220703  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  30.9 
 
 
535 aa  218  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0585  extracellular solute-binding protein family 5  29.53 
 
 
628 aa  218  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.952367  normal  0.0792841 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0161  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.11 
 
 
529 aa  218  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.485134  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  32.06 
 
 
495 aa  217  5e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7181  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  33.68 
 
 
542 aa  217  5e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.219647  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
512 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 
544 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
512 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  33.54 
 
 
512 aa  216  5.9999999999999996e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  30.9 
 
 
528 aa  216  7e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0520  extracellular solute-binding protein family 5  29.61 
 
 
545 aa  214  2.9999999999999995e-54  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4831  putative ABC transporter (substrate-binding protein)  29.94 
 
 
527 aa  214  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.153883  normal  0.947205 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5299  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.26 
 
 
556 aa  213  4.9999999999999996e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.36 
 
 
509 aa  213  4.9999999999999996e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  31.55 
 
 
515 aa  213  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4859  putative ABC transporter, substrate-binding protein  31.96 
 
 
532 aa  211  3e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.176928  normal  0.590645 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1565  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.35 
 
 
534 aa  211  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  31.03 
 
 
505 aa  211  3e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2906  extracellular solute-binding protein family 5  29.48 
 
 
574 aa  211  3e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  28.52 
 
 
524 aa  211  4e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2585  putative ABC transporter, substrate binding subunit  32.14 
 
 
520 aa  211  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0598963 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1532  extracellular solute-binding protein family 5  30.21 
 
 
559 aa  209  8e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0243395 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0146  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.57 
 
 
539 aa  209  9e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.29775 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0477  extracellular solute-binding protein family 5  28.76 
 
 
573 aa  209  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  29.73 
 
 
575 aa  208  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>