143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1384 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0927  CRISPR-associated helicase Cas3  47.46 
 
 		 888 aa  783    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.732097  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1384  hypothetical protein  100 
 
 		 883 aa  1822    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2901  hypothetical protein  47.57 
 
 		 888 aa  790    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0951  hypothetical protein  47.29 
 
 		 888 aa  783    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.324 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1586  hypothetical protein  34.21 
 
 		 823 aa  435  1e-120  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.271584  normal  0.677902 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2480  CRISPR-associated helicase Cas3  33.54 
 
 		 906 aa  363  1e-98  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1608  CRISPR-associated helicase Cas3  34.26 
 
 		 912 aa  355  2e-96  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.152444  normal  0.436385 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0956  putative helicase  33.33 
 
 		 904 aa  343  9e-93  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.38721  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2983  CRISPR-associated helicase Cas3  33.58 
 
 		 899 aa  342  2e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0593  CRISPR-associated helicase Cas3  32.87 
 
 		 921 aa  333  8e-90  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.834864  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0397  CRISPR-associated helicase Cas3  32.75 
 
 		 907 aa  317  4e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0215688  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3548  CRISPR-associated helicase Cas3  31.99 
 
 		 908 aa  313  6.999999999999999e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.18776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0224  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.63 
 
 		 897 aa  312  1e-83  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.249114  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0865  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  32.99 
 
 		 892 aa  307  7e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3314  CRISPR-associated helicase Cas3  33.17 
 
 		 892 aa  301  3e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.036255  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00865  CRISPR-associated helicase Cas3  30.26 
 
 		 915 aa  295  3e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.798987  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3072  crispr-associated helicase Cas3  32.77 
 
 		 887 aa  290  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0175  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  34.01 
 
 		 920 aa  289  2e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1814  CRISPR-associated helicase Cas3  37.08 
 
 		 701 aa  286  1.0000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3591  CRISPR-associated helicase Cas3  31.33 
 
 		 912 aa  286  1.0000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.355005  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3138  crispr-associated helicase Cas3  32.05 
 
 		 887 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2889  CRISPR-associated helicase Cas3  32.09 
 
 		 899 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0793506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3063  CRISPR-associated helicase Cas3  31.24 
 
 		 885 aa  278  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.949207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4014  CRISPR-associated helicase Cas3  31.89 
 
 		 899 aa  278  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.317175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0428  CRISPR-associated helicase Cas3  32.71 
 
 		 897 aa  271  5e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00752021  normal  0.154756 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5415  CRISPR-associated helicase Cas3  36.79 
 
 		 897 aa  268  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1895  CRISPR-associated helicase Cas3  33.62 
 
 		 944 aa  265  3e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000246489  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3020  CRISPR-associated helicase Cas3  30.02 
 
 		 899 aa  259  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00270264  normal  0.0711602 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0651  CRISPR-associated helicase Cas3  32.34 
 
 		 927 aa  258  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.522649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0826  CRISPR-associated helicase Cas3  30.15 
 
 		 854 aa  253  9.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.52 
 
 		 905 aa  247  6e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000382234  normal  0.960844 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  32.03 
 
 		 887 aa  242  2e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2824  CRISPR-associated helicase Cas3  30.27 
 
 		 854 aa  242  2.9999999999999997e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0936  CRISPR-associated helicase Cas3  31.09 
 
 		 881 aa  241  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2629  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.08 
 
 		 971 aa  241  5e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.174712  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0017  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  30.11 
 
 		 962 aa  240  8e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1971  CRISPR-associated helicase Cas3  30.45 
 
 		 929 aa  239  2e-61  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.685894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0922  CRISPR-associated helicase Cas3  30.91 
 
 		 860 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.226971  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3763  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.61 
 
 		 885 aa  235  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0421659 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0955  CRISPR-associated helicase Cas3  30.18 
 
 		 871 aa  234  5e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4095  CRISPR-associated helicase Cas3  32.31 
 
 		 887 aa  233  8.000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17170  CRISPR-associated helicase Cas3, core  31.9 
 
 		 901 aa  233  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.908442  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2343  CRISPR-associated helicase Cas3  32.43 
 
 		 879 aa  230  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0340  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  31.25 
 
 		 885 aa  224  4.9999999999999996e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0778  CRISPR-associated helicase Cas3  31.16 
 
 		 888 aa  223  8e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0480  CRISPR-associated helicase Cas3  33.05 
 
 		 868 aa  223  1.9999999999999999e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.227979  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0989  CRISPR-associated helicase Cas3  32 
 
 		 922 aa  221  5e-56  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2679  CRISPR-associated helicase Cas3  30.75 
 
 		 965 aa  221  6e-56  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000878559  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3214  cas3: CRISPR-associated helicase Cas3  30.36 
 
 		 857 aa  218  4e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1601  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  28.94 
 
 		 970 aa  216  9.999999999999999e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0436721  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2670  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  31.97 
 
 		 837 aa  216  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17130  CRISPR-associated helicase Cas3  29.93 
 
 		 919 aa  212  3e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.390014 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0604  hypothetical protein  40.22 
 
 		 456 aa  211  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1419  CRISPR-associated helicase Cas3  30.16 
 
 		 860 aa  209  2e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.144597 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2228  CRISPR-associated helicase Cas3  30.4 
 
 		 876 aa  209  2e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.229037  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13860  CRISPR-associated helicase Cas3  30.9 
 
 		 832 aa  205  3e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.234704  normal  0.222328 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0912  CRISPR-associated helicase Cas3  32.42 
 
 		 871 aa  204  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1536  CRISPR-associated helicase Cas3  30.68 
 
 		 968 aa  204  7e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0759  CRISPR-associated helicase Cas3  33.25 
 
 		 948 aa  202  3e-50  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0254151 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1593  CRISPR-associated helicase Cas3 family protein protein  27.86 
 
 		 944 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0156673  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2158  CRISPR-associated helicase Cas3  31.9 
 
 		 594 aa  197  7e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  30.29 
 
 		 1540 aa  194  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3055  CRISPR-associated helicase Cas3  30.3 
 
 		 918 aa  192  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.107976  hitchhiker  0.000610459 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2438  CRISPR-associated helicase Cas3  27.94 
 
 		 908 aa  188  5e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0941  CRISPR-associated helicase Cas3  28.7 
 
 		 933 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.156849  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17360  CRISPR-associated helicase Cas3  29.7 
 
 		 943 aa  181  4.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2572  CRISPR-associated helicase Cas3  30.65 
 
 		 986 aa  176  1.9999999999999998e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1813  metal dependent phosphohydrolase  31.34 
 
 		 729 aa  159  2e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.496732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0309  hypothetical protein  26.44 
 
 		 741 aa  127  6e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0192284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0444  CRISPR-associated helicase Cas3  27.55 
 
 		 750 aa  125  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1228  CRISPR-associated helicase Cas3  22.92 
 
 		 764 aa  124  6e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0901  CRISPR-associated helicase Cas3  27.75 
 
 		 737 aa  124  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.656814  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2299  CRISPR-associated helicase Cas3  27.96 
 
 		 750 aa  118  3.9999999999999997e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6018  CRISPR-associated helicase Cas3  27.66 
 
 		 762 aa  114  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0478884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1084  CRISPR-associated helicase Cas3  28.29 
 
 		 763 aa  113  2.0000000000000002e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1290  CRISPR-associated helicase Cas3  27.04 
 
 		 795 aa  112  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1729  CRISPR-associated helicase Cas3  29.27 
 
 		 917 aa  108  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1001  CRISPR-associated helicase Cas3  27.64 
 
 		 801 aa  104  8e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2005  CRISPR-associated helicase Cas3  28.3 
 
 		 726 aa  103  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5079  CRISPR-associated helicase Cas3  25.84 
 
 		 804 aa  102  3e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0922  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.94 
 
 		 736 aa  101  6e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013511  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1868  CRISPR-associated helicase Cas3  25.61 
 
 		 783 aa  101  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0569  metal dependent phosphohydrolase  25.15 
 
 		 781 aa  100  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.495857 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3301  CRISPR-associated helicase Cas3  27.55 
 
 		 779 aa  99.8  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.733843 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0125  CRISPR-associated helicase Cas3  25.65 
 
 		 775 aa  94  1e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0917  CRISPR-associated helicase Cas3  25.62 
 
 		 744 aa  93.2  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000123408 
 
 
-
 
NC_002950  PG2016  CRISPR-associated helicase Cas3  24.21 
 
 		 778 aa  91.3  8e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.580429 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0935  metal dependent phosphohydrolase  29.24 
 
 		 1027 aa  91.3  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2024  CRISPR-associated helicase Cas3  27.98 
 
 		 741 aa  90.1  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0671  CRISPR-associated helicase Cas3  23.47 
 
 		 729 aa  85.5  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1354  CRISPR-associated helicase Cas3  29.7 
 
 		 566 aa  84.3  0.000000000000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.245938  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5524  CRISPR-associated helicase Cas3  25.95 
 
 		 827 aa  83.2  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.262681 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2661  CRISPR-associated helicase Cas3  23.25 
 
 		 807 aa  79  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1390  CRISPR-associated helicase Cas3  25.18 
 
 		 811 aa  78.6  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1422  CRISPR-associated helicase Cas3 domain-containing protein  24.06 
 
 		 733 aa  76.3  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0408027  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1639  CRISPR-associated helicase Cas3  26.57 
 
 		 791 aa  75.5  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2442  hypothetical protein  27.4 
 
 		 828 aa  73.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1186  CRISPR-associated helicase Cas3  25.57 
 
 		 799 aa  69.3  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00457345 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0940  CRISPR-associated helicase Cas3  23.09 
 
 		 800 aa  68.9  0.0000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3123  hypothetical protein  32.79 
 
 		 843 aa  68.6  0.0000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.44073  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>