More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1198 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1198  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
542 aa  1107    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0190635  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2087  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  80 
 
 
535 aa  896    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0521319  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1737  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  81.82 
 
 
541 aa  934    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0417  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.04 
 
 
534 aa  675    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.458098  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  63.48 
 
 
535 aa  710    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  84.63 
 
 
541 aa  957    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3860  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  78.36 
 
 
539 aa  886    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000678395  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1961  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  77.3 
 
 
532 aa  864    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.829673  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2256  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  77.67 
 
 
532 aa  869    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1699  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  78.29 
 
 
539 aa  900    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000359421  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.57 
 
 
526 aa  457  1e-127  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.16 
 
 
523 aa  436  1e-121  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.96 
 
 
534 aa  432  1e-120  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.42 
 
 
526 aa  434  1e-120  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.29 
 
 
527 aa  434  1e-120  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  44.02 
 
 
526 aa  432  1e-120  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.25 
 
 
528 aa  430  1e-119  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.02 
 
 
526 aa  427  1e-118  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.83 
 
 
526 aa  428  1e-118  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  40.45 
 
 
526 aa  424  1e-117  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.44 
 
 
524 aa  419  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.3 
 
 
525 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.97 
 
 
523 aa  417  9.999999999999999e-116  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.66 
 
 
531 aa  414  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.64 
 
 
525 aa  411  1e-113  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.38 
 
 
526 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  43.65 
 
 
531 aa  412  1e-113  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.39 
 
 
527 aa  409  1e-113  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.4 
 
 
529 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.47 
 
 
546 aa  408  1.0000000000000001e-112  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.85 
 
 
532 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.93 
 
 
525 aa  404  1e-111  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.61 
 
 
525 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.61 
 
 
525 aa  402  1e-111  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.87 
 
 
527 aa  405  1e-111  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.22 
 
 
652 aa  400  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.23 
 
 
524 aa  400  9.999999999999999e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1779  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.42 
 
 
534 aa  396  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.742834  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.96 
 
 
528 aa  397  1e-109  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.42 
 
 
534 aa  396  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.375906  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.23 
 
 
528 aa  398  1e-109  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0077  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.92 
 
 
528 aa  396  1e-109  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.47 
 
 
529 aa  394  1e-108  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.75 
 
 
525 aa  394  1e-108  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.173691  hitchhiker  0.000002432 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.08 
 
 
526 aa  395  1e-108  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.32 
 
 
529 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.27 
 
 
524 aa  395  1e-108  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0793  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  42.33 
 
 
529 aa  395  1e-108  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.98 
 
 
531 aa  390  1e-107  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.94 
 
 
529 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.88 
 
 
529 aa  390  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.86 
 
 
526 aa  392  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39 
 
 
528 aa  390  1e-107  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.65 
 
 
531 aa  392  1e-107  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.31 
 
 
527 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.19 
 
 
523 aa  390  1e-107  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.27 
 
 
527 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39 
 
 
526 aa  388  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2601  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.51 
 
 
528 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159181  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38 
 
 
529 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.92 
 
 
529 aa  388  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.19 
 
 
529 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11540  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.13 
 
 
527 aa  388  1e-106  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00507142  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.86 
 
 
527 aa  387  1e-106  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
527 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.51 
 
 
528 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.54 
 
 
528 aa  385  1e-106  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
528 aa  386  1e-106  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.35 
 
 
528 aa  385  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1887  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.39 
 
 
528 aa  385  1e-105  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.81 
 
 
531 aa  385  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.68 
 
 
529 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.54 
 
 
527 aa  382  1e-105  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.46 
 
 
532 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.92 
 
 
524 aa  384  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0786  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.77 
 
 
527 aa  384  1e-105  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.47 
 
 
528 aa  384  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.13 
 
 
523 aa  379  1e-104  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.04 
 
 
528 aa  379  1e-104  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1262  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.94 
 
 
528 aa  380  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.19 
 
 
529 aa  379  1e-104  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.57 
 
 
524 aa  381  1e-104  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.97 
 
 
529 aa  379  1e-104  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.56 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.14 
 
 
535 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
533 aa  378  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.26 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.64 
 
 
540 aa  377  1e-103  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.24 
 
 
531 aa  377  1e-103  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.26 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.38 
 
 
535 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.33 
 
 
535 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.02 
 
 
529 aa  376  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.3 
 
 
531 aa  376  1e-103  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.85 
 
 
528 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
533 aa  378  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.92 
 
 
531 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.03 
 
 
528 aa  375  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.87 
 
 
533 aa  374  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14091  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.43 
 
 
528 aa  372  1e-102  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.187324  normal  0.0498894 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>