More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1076 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1076  Holliday junction DNA helicase RuvA  100 
 
 
199 aa  397  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.131842  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0745  Holliday junction DNA helicase RuvA  90.45 
 
 
199 aa  360  7.0000000000000005e-99  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000883401  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1414  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.33 
 
 
199 aa  270  8.000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000662939  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0931  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.33 
 
 
199 aa  270  9e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.97537e-17 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3315  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.33 
 
 
199 aa  270  1e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1248  Holliday junction DNA helicase RuvA  68.16 
 
 
200 aa  268  5e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2671  Holliday junction DNA helicase RuvA  66.83 
 
 
198 aa  262  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.103257  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2337  Holliday junction DNA helicase RuvA  53.77 
 
 
197 aa  207  9e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.194735  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0994  Holliday junction DNA helicase RuvA  48.74 
 
 
197 aa  190  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.199668  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2212  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
204 aa  154  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0477  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  44.28 
 
 
204 aa  154  9e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00171  normal  0.61451 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4725  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.5 
 
 
202 aa  150  8.999999999999999e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1216  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
205 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.210399  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1409  Holliday junction DNA helicase RuvA  40 
 
 
202 aa  149  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.103613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1245  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.1 
 
 
205 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.738267  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4062  Holliday junction DNA helicase RuvA  44.78 
 
 
192 aa  148  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3999  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
205 aa  148  5e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3126  Holliday junction DNA helicase RuvA  46.11 
 
 
197 aa  147  8e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.735644  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4408  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
202 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0615399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4202  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
205 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.173502  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4542  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51790  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000465402 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1226  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.71 
 
 
190 aa  146  2.0000000000000003e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3978  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
202 aa  146  3e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0282687  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2235  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.6 
 
 
201 aa  145  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003923  holliday junction DNA helicase RuvA  37.02 
 
 
203 aa  144  9e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00197305  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1010  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
197 aa  144  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.806868  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0061  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
193 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0062  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.19 
 
 
193 aa  144  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.23532  normal  0.677868 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3831  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.57 
 
 
200 aa  143  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2189  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.87 
 
 
200 aa  143  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000251944  normal  0.355786 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0952  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
197 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2534  Holliday junction DNA helicase subunit RuvA  37.86 
 
 
207 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.416621  normal  0.292409 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1013  Holliday junction DNA helicase RuvA  43.28 
 
 
197 aa  143  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2720  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
197 aa  142  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4502  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
198 aa  142  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0420  Holliday junction DNA helicase RuvA  39 
 
 
200 aa  142  4e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01600  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
223 aa  141  5e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0993  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.71 
 
 
197 aa  141  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.257053  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1705  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.78 
 
 
209 aa  141  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.275173  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2213  DNA recombination protein, RuvA  42.36 
 
 
191 aa  141  8e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0140161 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0422  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.33 
 
 
200 aa  140  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.488567  normal  0.0220774 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
199 aa  140  9e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1251  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.31 
 
 
199 aa  140  9e-33  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0893  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
200 aa  140  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000557116  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6947  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.57 
 
 
195 aa  140  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1754  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.5 
 
 
200 aa  140  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000623811  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2181  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.38 
 
 
205 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.613402  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1888  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.27 
 
 
206 aa  139  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.949715  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1884  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.24 
 
 
203 aa  139  3e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.425804  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2494  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
208 aa  139  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1771  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0290161  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1271  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.68 
 
 
202 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0682991  normal  0.630495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1954  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.165373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1779  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00140889  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0957  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  138  4.999999999999999e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00202612  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2597  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.110942  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1325  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.24557  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2091  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.82 
 
 
203 aa  138  4.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000143296  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3236  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.93 
 
 
192 aa  138  6e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1416  Holliday junction DNA helicase RuvA  41.41 
 
 
220 aa  138  6e-32  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.685038 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2945  Holliday junction DNA helicase RuvA  34.62 
 
 
209 aa  138  6e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.016551  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1652  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.71 
 
 
193 aa  138  6e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2430  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01832  Holliday junction DNA helicase motor protein  36.82 
 
 
203 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.263475  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01820  hypothetical protein  36.82 
 
 
203 aa  137  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.22815  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01557  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.8 
 
 
194 aa  137  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.214116  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1879  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.7 
 
 
193 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000619466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0718  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.54 
 
 
207 aa  137  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157437  normal  0.726711 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0181  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
202 aa  136  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.595877  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01215  Holliday junction DNA helicase motor protein  40.1 
 
 
193 aa  136  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1583  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.2 
 
 
193 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.281985  normal  0.49857 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0530  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.5 
 
 
206 aa  135  3.0000000000000003e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0321  Holliday junction DNA helicase RuvA  37.56 
 
 
203 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4665  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.79 
 
 
190 aa  135  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_384  Holliday junction DNA helicase  42.7 
 
 
194 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2077  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000433363  hitchhiker  0.00159664 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1956  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00381182  normal  0.897117 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0390  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.9 
 
 
200 aa  135  3.0000000000000003e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.303654  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02691  Holliday junction DNA helicase motor protein  39.71 
 
 
206 aa  135  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000921844  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2420  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000176513  normal  0.0290514 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2043  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000236908  hitchhiker  0.0000000623922 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2144  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
204 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0379489  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2031  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
204 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000338953  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2421  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.1 
 
 
204 aa  135  5e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0480934  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2016  Holliday junction DNA helicase RuvA  40.3 
 
 
201 aa  135  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.273142  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2304  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00141893  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1901  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  135  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000334634  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2041  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.89 
 
 
205 aa  135  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000869116  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0442  Holliday junction DNA helicase RuvA  42.13 
 
 
194 aa  134  8e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2109  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
203 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.434147  normal  0.12473 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1229  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
203 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0100145  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2054  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
203 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  0.142265 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1353  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.29 
 
 
203 aa  134  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  hitchhiker  0.00521266 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0028  Holliday junction DNA helicase  37.62 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.591728 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0269  Holliday junction DNA helicase RuvA  39.32 
 
 
204 aa  134  9.999999999999999e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0419  Holliday junction DNA helicase RuvA  38.97 
 
 
194 aa  134  9.999999999999999e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2049  Holliday junction DNA helicase RuvA  35.82 
 
 
203 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774525  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1446  hypothetical protein  37.31 
 
 
194 aa  133  1.9999999999999998e-30  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3674  Holliday junction DNA helicase RuvA  36.63 
 
 
205 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000325951  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>