More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0895 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 688 aa  1407    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  48.8 
 
 		 681 aa  641    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  68.31 
 
 		 686 aa  955    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.59 
 
 		 704 aa  530  1e-149  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.82 
 
 		 713 aa  523  1e-147  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 374 aa  207  7e-52  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.97 
 
 		 841 aa  191  5e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  30.39 
 
 		 836 aa  190  1e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.54 
 
 		 362 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  38 
 
 		 710 aa  187  8e-46  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.96 
 
 		 356 aa  184  4.0000000000000006e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  43.44 
 
 		 792 aa  184  5.0000000000000004e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.73 
 
 		 353 aa  179  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 510 aa  168  4e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 758 aa  167  5e-40  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  48.19 
 
 		 433 aa  163  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.48 
 
 		 558 aa  160  9e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  47.27 
 
 		 564 aa  160  9e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  47.27 
 
 		 563 aa  159  1e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  30.65 
 
 		 342 aa  159  2e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  30 
 
 		 764 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.69 
 
 		 415 aa  159  2e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.05 
 
 		 1125 aa  159  2e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 356 aa  158  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  30 
 
 		 764 aa  158  3e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  29.03 
 
 		 356 aa  158  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 424 aa  158  4e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 424 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 764 aa  157  7e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 499 aa  156  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 419 aa  156  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1339  diguanylate cyclase  45.78 
 
 		 436 aa  155  2e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.473224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.53 
 
 		 550 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 339 aa  154  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  47.98 
 
 		 563 aa  153  1e-35  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.24 
 
 		 565 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 733 aa  152  2e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.66 
 
 		 597 aa  151  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1078  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 432 aa  150  7e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.00831826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3979  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.83 
 
 		 567 aa  150  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000058301  hitchhiker  0.000000371669 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  32 
 
 		 1726 aa  150  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  41.54 
 
 		 462 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.53 
 
 		 355 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 418 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  40.09 
 
 		 391 aa  149  2.0000000000000003e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 462 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  28.82 
 
 		 353 aa  149  2.0000000000000003e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  31.94 
 
 		 369 aa  148  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 1099 aa  148  4.0000000000000006e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.99 
 
 		 668 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 608 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 307 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.89 
 
 		 668 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 462 aa  147  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 659 aa  147  9e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 439 aa  147  9e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 489 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  40.39 
 
 		 484 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 489 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 461 aa  146  1e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  28.77 
 
 		 785 aa  146  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 499 aa  146  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 499 aa  146  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  40.29 
 
 		 499 aa  146  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  31.76 
 
 		 1637 aa  145  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  35.27 
 
 		 1636 aa  144  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 580 aa  144  5e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  30.79 
 
 		 1643 aa  144  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 310 aa  144  5e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.64 
 
 		 756 aa  144  6e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  39.9 
 
 		 506 aa  144  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  43.98 
 
 		 323 aa  144  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  37.05 
 
 		 583 aa  144  7e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.44 
 
 		 563 aa  143  8e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 517 aa  143  8e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 459 aa  143  9e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  27.94 
 
 		 494 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 458 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1658  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.55 
 
 		 458 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.939598  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 314 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.18 
 
 		 675 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  31.47 
 
 		 1079 aa  142  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 172 aa  141  3.9999999999999997e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 753 aa  141  3.9999999999999997e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.31 
 
 		 557 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.96 
 
 		 772 aa  140  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.01 
 
 		 347 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 525 aa  140  7e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 611 aa  140  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.05 
 
 		 663 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.47 
 
 		 557 aa  140  8.999999999999999e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  27.72 
 
 		 494 aa  140  8.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  44.57 
 
 		 512 aa  139  1e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  43.53 
 
 		 1034 aa  139  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  30.14 
 
 		 1629 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  36.84 
 
 		 709 aa  139  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1148  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 634 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0203006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 499 aa  139  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>