More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0785 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  79.71 
 
 
559 aa  961    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.79 
 
 
564 aa  646    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  100 
 
 
560 aa  1167    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  669    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  55.73 
 
 
567 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  58.2 
 
 
570 aa  705    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  55.85 
 
 
569 aa  642    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.39 
 
 
566 aa  652    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  55.73 
 
 
567 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.54 
 
 
577 aa  672    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.71 
 
 
577 aa  676    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  56.34 
 
 
568 aa  668    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  55.81 
 
 
568 aa  665    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  57.6 
 
 
563 aa  697    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  78.99 
 
 
559 aa  944    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  55.73 
 
 
567 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  55.99 
 
 
568 aa  663    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  54.9 
 
 
566 aa  646    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  81.25 
 
 
560 aa  976    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  58.61 
 
 
567 aa  709    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  59.26 
 
 
567 aa  708    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  80.07 
 
 
559 aa  964    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  55.56 
 
 
567 aa  668    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  59.34 
 
 
578 aa  696    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  57.71 
 
 
577 aa  674    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  55.73 
 
 
567 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  55.73 
 
 
567 aa  670    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  55.17 
 
 
566 aa  634  1e-180  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.77 
 
 
572 aa  610  1e-173  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  51.66 
 
 
570 aa  611  1e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  51.83 
 
 
570 aa  605  9.999999999999999e-173  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  52.08 
 
 
572 aa  607  9.999999999999999e-173  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  52.42 
 
 
572 aa  598  1e-170  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.42 
 
 
572 aa  601  1e-170  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  52.5 
 
 
572 aa  596  1e-169  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.95 
 
 
572 aa  593  1e-168  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.88 
 
 
573 aa  586  1e-166  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  50.27 
 
 
546 aa  583  1.0000000000000001e-165  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.7 
 
 
578 aa  575  1.0000000000000001e-163  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.48 
 
 
570 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.92 
 
 
585 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  49.92 
 
 
585 aa  565  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  49.66 
 
 
596 aa  560  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  49.91 
 
 
583 aa  559  1e-158  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  50.45 
 
 
568 aa  555  1e-157  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  49.83 
 
 
570 aa  557  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  48.63 
 
 
597 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.73 
 
 
567 aa  555  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.95 
 
 
597 aa  551  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.13 
 
 
571 aa  549  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1642  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  47.71 
 
 
600 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.251142  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1650  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  47.71 
 
 
600 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1709  [Ni/Fe] hydrogenase large subunit  47.71 
 
 
600 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1633  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  47.54 
 
 
600 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  49.82 
 
 
566 aa  550  1e-155  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1798  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  47.71 
 
 
600 aa  550  1e-155  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.570579  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.02 
 
 
566 aa  548  1e-155  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0165  nickel-iron hydrogenase, large subunit  47.44 
 
 
597 aa  542  1e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0497936  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  47.83 
 
 
596 aa  542  1e-153  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.93 
 
 
597 aa  543  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  47.78 
 
 
595 aa  542  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  49.38 
 
 
569 aa  545  1e-153  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.77 
 
 
598 aa  541  9.999999999999999e-153  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1162  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.42 
 
 
596 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.122791  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2915  nickel-dependent hydrogenase large subunit  48.27 
 
 
571 aa  536  1e-151  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.289083 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7264  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.14 
 
 
596 aa  535  1e-151  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0337  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.43 
 
 
598 aa  518  1.0000000000000001e-145  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0168031  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50580  Membrane bound nickel-dependent hydrogenase, large subunit, HoxG  45.88 
 
 
602 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.980558  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0836  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.8 
 
 
604 aa  513  1e-144  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0496  hydrogenase protein large subunit  43.95 
 
 
596 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00347  Ni-Fe hydrogenase large chain  43.68 
 
 
625 aa  511  1e-143  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2147  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  43.95 
 
 
596 aa  509  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0605986  normal  0.266797 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2174  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.74 
 
 
604 aa  510  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0021467  normal  0.160198 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  44.12 
 
 
597 aa  511  1e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00976  hydrogenase 1, large subunit  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.170036  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2671  nickel-dependent hydrogenase large subunit  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00020942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1151  nickel-dependent hydrogenase large subunit  45.39 
 
 
605 aa  508  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.238677  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1088  hydrogenase 1 large subunit  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000594285  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1081  hydrogenase 1 large subunit  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.674487  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2144  hydrogenase 1 large subunit  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.375749  normal  0.757738 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3375  hypothetical protein  43.61 
 
 
596 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.281049  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1209  hydrogenase 1 large subunit  43.69 
 
 
597 aa  505  9.999999999999999e-143  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00983  hypothetical protein  43.59 
 
 
597 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.201249  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1531  hydrogenase 1 large subunit  43.08 
 
 
597 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.447937  normal  0.256595 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2342  hydrogenase 1 large subunit  43.42 
 
 
597 aa  503  1e-141  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.514327  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1985  hydrogenase 1 large subunit  43.08 
 
 
597 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  46.8 
 
 
558 aa  504  1e-141  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1925  hydrogenase 1 large subunit  43.08 
 
 
597 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1929  hydrogenase 1 large subunit  43.08 
 
 
597 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1347  hydrogenase 1 large subunit  43.08 
 
 
597 aa  504  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  45.14 
 
 
567 aa  499  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  45.14 
 
 
567 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2129  nickel-dependent hydrogenase large subunit  44.71 
 
 
585 aa  493  9.999999999999999e-139  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.85862  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>