More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0732 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0732  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  100 
 
 
142 aa  287  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000152989  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2606  GreA/GreB family elongation factor  81.56 
 
 
142 aa  243  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0149919  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0160  GreA/GreB family elongation factor  63.12 
 
 
142 aa  190  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.385905  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2969  GreA/GreB family elongation factor  57.97 
 
 
143 aa  182  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000763925 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2844  GreA/GreB family elongation factor  63.83 
 
 
142 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000163743  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1314  GreA/GreB family elongation factor  60 
 
 
143 aa  180  7e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2439  GreA/GreB family elongation factor  56.83 
 
 
141 aa  170  6.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.53046  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0518  GreA/GreB family elongation factor  55.64 
 
 
138 aa  155  2e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000800329  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4883  GreA/GreB family elongation factor  57.78 
 
 
138 aa  152  2e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1519  GreA/GreB family elongation factor  55.22 
 
 
137 aa  150  5.9999999999999996e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0836  nucleoside diphosphate kinase regulator protein, putative  53.28 
 
 
135 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0929848  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3128  GreA/GreB family elongation factor  49.24 
 
 
135 aa  137  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1679  GreA/GreB family elongation factor  47.83 
 
 
137 aa  124  6e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.700958  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3820  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.52 
 
 
136 aa  122  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.221003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0429  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.93 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1165  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.93 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.29507 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4382  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.19 
 
 
136 aa  118  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0493  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.93 
 
 
136 aa  119  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3662  nucleoside diphosphate kinase regulator  45.52 
 
 
136 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.587976  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0276  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  116  9e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0269  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  116  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0938  GreA/GreB family elongation factor  48.51 
 
 
137 aa  115  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1764  GreA/GreB family elongation factor  44.6 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2003  GreA/GreB family elongation factor  47.01 
 
 
137 aa  114  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.108948  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0729  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.309798  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0775  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0715  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0656  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  113  6.9999999999999995e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0670  nucleoside diphosphate kinase regulator  43.7 
 
 
136 aa  112  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1935  regulator of nucleoside diphosphate kinase  48.51 
 
 
135 aa  113  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1148  nucleoside diphosphate kinase regulator  44.44 
 
 
136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0249  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.76 
 
 
136 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.580853 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1639  GreA/GreB family elongation factor  47.41 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0011881  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1714  GreA/GreB family elongation factor  47.41 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00341576  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2147  GreA/GreB family elongation factor  46.27 
 
 
137 aa  112  1.0000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5223  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.01 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2624  GreA/GreB family elongation factor  47.76 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000153229  normal  0.134634 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2669  GreA/GreB family elongation factor  42.25 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2511  GreA/GreB family elongation factor  47.76 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00542547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1840  GreA/GreB family elongation factor  47.76 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000293158  normal  0.0180597 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5132  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.01 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6016  nucleoside diphosphate kinase regulator  50 
 
 
134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5284  nucleoside diphosphate kinase regulator  47.01 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3626  transcription elongation factor  40 
 
 
149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69630  nucleoside diphosphate kinase regulator  50 
 
 
134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420097  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2504  GreA/GreB family elongation factor  47.76 
 
 
135 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000671483  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1433  GreA/GreB family elongation factor  44.93 
 
 
136 aa  112  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000263626  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2265  GreA/GreB family elongation factor  47.41 
 
 
135 aa  110  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1616  GreA/GreB family elongation factor  44.36 
 
 
137 aa  110  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.172196  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1215  regulator of nucleoside diphosphate kinase  42.65 
 
 
132 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0271  nucleoside diphosphate kinase regulator  46.67 
 
 
135 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1714  GreA/GreB family elongation factor  47.01 
 
 
135 aa  109  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000114575  normal  0.140273 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2872  GreA/GreB family elongation factor  43.38 
 
 
135 aa  108  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1450  GreA/GreB family elongation factor  42.55 
 
 
136 aa  108  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.337722  normal  0.203216 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3455  GreA/GreB family elongation factor  43.28 
 
 
145 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1517  nucleoside diphosphate kinase regulator, putative  41.61 
 
 
132 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.248295  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2466  GreA/GreB family elongation factor  44.12 
 
 
135 aa  107  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0283  GreA/GreB family elongation factor  43.61 
 
 
303 aa  107  4.0000000000000004e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1597  GreA/GreB family elongation factor  45.07 
 
 
137 aa  107  5e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.323203  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1352  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.833636  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2477  regulator of nucleoside diphosphate kinase  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0336  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0955  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0614  putative nucleoside diphosphate kinase regulator  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1288  regulator of nucleoside diphosphate kinase  41.91 
 
 
132 aa  107  6e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.783972  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00578  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3015  GreA/GreB family elongation factor  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00240658  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0524  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0697  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0661  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00567  hypothetical protein  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0629  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000067  regulator of nucleoside diphosphate kinase  42.45 
 
 
135 aa  105  3e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0657287  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3034  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.35 
 
 
136 aa  104  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0898  GreA/GreB family elongation factor  44.36 
 
 
135 aa  105  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.275976  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0229  regulator of nucleoside diphosphate kinase  44.78 
 
 
135 aa  104  4e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3298  transcription elongation factor GreA/GreB region  39.55 
 
 
139 aa  104  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0549  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.73 
 
 
135 aa  103  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000352077  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0632  nucleoside diphosphate kinase regulator  40.6 
 
 
136 aa  102  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1743  GreA/GreB family elongation factor  42.54 
 
 
136 aa  102  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.100273 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5494  nucleoside diphosphate kinase regulator  42.54 
 
 
136 aa  100  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2636  putative regulator of nucleoside diphosphate kinase transcription regulator protein  46.62 
 
 
134 aa  100  7e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158665  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0178  nucleoside diphosphate kinase regulator  41.79 
 
 
135 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1248  GreA/GreB family elongation factor  45.86 
 
 
137 aa  99  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2402  GreA/GreB family elongation factor  39.85 
 
 
134 aa  99  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.293029  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0686  GreA/GreB family elongation factor  40.65 
 
 
134 aa  96.7  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.446844 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1024  GreA/GreB family elongation factor  37.68 
 
 
132 aa  95.9  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0448635 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0510  GreA/GreB family elongation factor  46.4 
 
 
137 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3633  GreA/GreB family elongation factor  37.68 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.461275  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5548  GreA/GreB family elongation factor  37.68 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4734  GreA/GreB family elongation factor  37.68 
 
 
132 aa  95.5  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.194028  normal  0.017468 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0066  GreA/GreB family elongation factor  39.26 
 
 
138 aa  95.1  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0787591  normal  0.343194 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3244  GreA/GreB family elongation factor  39.13 
 
 
164 aa  94  7e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3941  GreA/GreB family elongation factor  38.13 
 
 
132 aa  92.8  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.889292  normal  0.878716 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0543  GreA/GreB family elongation factor  48.21 
 
 
138 aa  93.2  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4589  GreA/GreB family elongation factor  36.23 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.020326  hitchhiker  0.00331531 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4125  GreA/GreB family elongation factor  36.23 
 
 
132 aa  91.7  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.210831  normal  0.0208655 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0539  GreA/GreB family elongation factor  47.32 
 
 
138 aa  90.9  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2805  GreA/GreB family elongation factor  38.35 
 
 
135 aa  90.5  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.75777  normal  0.289356 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2294  GreA/GreB family elongation factor  38.35 
 
 
135 aa  90.5  7e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.975814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>