More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0385 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0385  NADH dehydrogenase subunit, putative  100 
 
 
294 aa  598  1e-170  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3144  NAD-dependent epimerase/dehydratase  74.66 
 
 
294 aa  475  1e-133  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0184  NAD-dependent epimerase/dehydratase  70.21 
 
 
296 aa  449  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3561  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.24 
 
 
295 aa  399  1e-110  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3627  NAD-dependent epimerase/dehydratase  62.8 
 
 
295 aa  400  1e-110  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  60.2 
 
 
294 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.270994  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0490  NAD-dependent epimerase/dehydratase  58.84 
 
 
298 aa  358  8e-98  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0020  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  43.43 
 
 
297 aa  254  8e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.12867e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0977  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.88 
 
 
294 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0152042  normal  0.193057 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.25 
 
 
306 aa  234  2e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2704  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.42 
 
 
308 aa  205  7e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.135035  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1481  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
309 aa  197  2e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0783672  hitchhiker  3.70596e-05 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1891  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.31 
 
 
298 aa  193  2e-48  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0168492  normal  0.486121 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2361  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  35.12 
 
 
345 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.252137 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0898  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.41 
 
 
309 aa  179  3e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.760567  normal  0.885082 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1676  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.64 
 
 
296 aa  176  4e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1299  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.02 
 
 
291 aa  175  1e-42  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1106  NADH dehydrogenase-like protein  36.15 
 
 
302 aa  173  3e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0798797  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1314  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.99 
 
 
301 aa  172  7e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  6.31185e-07 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
314 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0374  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
299 aa  166  4e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.932671  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1135  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.78 
 
 
302 aa  160  2e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.219396  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0072  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
303 aa  159  5e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0107  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.35 
 
 
308 aa  158  8e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2454  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
320 aa  158  1e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3737  NADH dehydrogenase  32.65 
 
 
317 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.288709  normal  0.886457 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0963  male sterility protein  33.33 
 
 
338 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
338 aa  157  2e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2629  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.92 
 
 
309 aa  157  3e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.262596  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4323  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.38 
 
 
326 aa  152  6e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0199  hypothetical protein  31.74 
 
 
317 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1308  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.55 
 
 
336 aa  151  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1998  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
302 aa  150  2e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0638  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
306 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.12 
 
 
306 aa  149  5e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.217032  normal  0.873139 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0016  3-beta-hydroxy-delta(5)-steroid dehydrogenase  31.97 
 
 
340 aa  149  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4134  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:NmrA-like  31.02 
 
 
320 aa  147  2e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.35 
 
 
321 aa  147  2e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00247828  normal  0.481083 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3910  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.66 
 
 
318 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.835741  normal  0.353507 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0197  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.08 
 
 
321 aa  147  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1324  hypothetical protein  33.92 
 
 
302 aa  146  4e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000450557  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1691  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  35.02 
 
 
328 aa  145  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0053937  hitchhiker  6.12217e-07 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2899  NADH dehydrogenase  33.33 
 
 
318 aa  144  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.328837  normal  0.117785 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4586  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.81 
 
 
326 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126896 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0701  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.59 
 
 
318 aa  142  5e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0390  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.67 
 
 
320 aa  142  5e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3663  NADH dehydrogenase  31.72 
 
 
334 aa  142  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0046  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.99 
 
 
321 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3340  NADH dehydrogenase  31.39 
 
 
334 aa  142  9e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4521  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.18 
 
 
512 aa  141  1e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.074322  normal  0.90269 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
286 aa  140  2e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.980999  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0087  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase protein  32.18 
 
 
334 aa  140  2e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.645522 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1223  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.6 
 
 
287 aa  140  3e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  1.6396e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2450  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.43 
 
 
312 aa  139  7e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4953  NADH dehydrogenase  34.25 
 
 
318 aa  139  8e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.575257  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6380  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
319 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.851831  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.16 
 
 
321 aa  138  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  2.70425e-05 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3466  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.89 
 
 
318 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.826321  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0369  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.91 
 
 
381 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1068  NmrA family protein  35.15 
 
 
311 aa  137  3e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.746478  normal  0.218784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0755  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.23 
 
 
389 aa  137  3e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.42 
 
 
229 aa  136  4e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.44 
 
 
320 aa  136  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0166  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.33 
 
 
353 aa  135  6e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3602  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.05 
 
 
323 aa  135  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.692612  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0437  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.55 
 
 
349 aa  134  1e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3052  NADH dehydrogenase  31.7 
 
 
319 aa  135  1e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0152  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.23 
 
 
335 aa  134  1e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.274944 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0980  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.91 
 
 
328 aa  134  2e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.687755  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0177  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.45 
 
 
340 aa  134  2e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.440205 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2419  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
319 aa  134  2e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1041  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.91 
 
 
328 aa  134  2e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.48 
 
 
328 aa  134  2e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.112176  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3033  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.03 
 
 
319 aa  134  2e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3538  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  33.55 
 
 
326 aa  131  1e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1318  NADH dehydrogenase  33.23 
 
 
389 aa  132  1e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.131603 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0224  hypothetical protein  34.2 
 
 
322 aa  132  1e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.362913  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2944  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  31.05 
 
 
319 aa  130  2e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.557805 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0173  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.98 
 
 
321 aa  129  4e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1049  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.8 
 
 
412 aa  129  5e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1007  NADH dehydrogenase  32.91 
 
 
389 aa  129  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0660  dehydrogenase  34.3 
 
 
321 aa  128  9e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.173269 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2820  3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  31.51 
 
 
329 aa  127  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0203208  normal  0.613644 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1353  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  33.21 
 
 
332 aa  126  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0332  NADH dehydrogenase (ubiquinone)  32.44 
 
 
307 aa  127  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171865  normal  0.33471 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3590  ubiquinone dependent NADH dehydrogenase  30.19 
 
 
327 aa  126  4e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885976  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0220  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase  30.77 
 
 
340 aa  126  4e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3078  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.72 
 
 
319 aa  126  4e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2332  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33 
 
 
320 aa  126  5e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.665439  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3028  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.37 
 
 
319 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2220  Male sterility-like protein  37.3 
 
 
306 aa  125  1e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589015  normal  0.345847 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3201  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.2 
 
 
301 aa  123  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2985  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.34 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0234  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  31.82 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0258  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.34 
 
 
320 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.3276  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2107  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.34 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0270  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  34.34 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3363  putative NADH-ubiquinone oxidoreductase  34.34 
 
 
319 aa  122  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3315  NADH-ubiquinone oxidoreductase, putative  34.47 
 
 
312 aa  121  2e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0455  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  34.34 
 
 
319 aa  120  2e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>