123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0211 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0211  ABC transporter, permease protein, putative  100 
 
 
303 aa  592  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.193865  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0724  inner-membrane translocator  84.59 
 
 
299 aa  476  1e-133  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0261015  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0737  inner-membrane translocator  85.42 
 
 
300 aa  451  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000122382 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19980  inner-membrane translocator  47.72 
 
 
306 aa  228  9e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000156701  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0658  inner-membrane translocator  41.8 
 
 
325 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.812733  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03820  ABC-type uncharacterized transport system, permease component  45.69 
 
 
329 aa  208  1e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0631  inner-membrane translocator  45.21 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0289508  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6160  ABC transporter, inner membrane subunit  43.64 
 
 
298 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.421912 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2829  inner-membrane translocator  43.84 
 
 
309 aa  200  3e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.127019  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2226  inner-membrane translocator  41.46 
 
 
293 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0342549  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2217  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
298 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224996  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2830  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
298 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2841  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
298 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1314  inner-membrane translocator  43.64 
 
 
298 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.506841  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2861  inner-membrane translocator  42.32 
 
 
313 aa  196  5.000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2585  inner-membrane translocator  49.15 
 
 
302 aa  195  6e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000114262  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1505  hypothetical protein  42.91 
 
 
640 aa  193  3e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0822  ABC transporter inner-membrane translocator  40.68 
 
 
299 aa  193  4e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0113178 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1570  inner-membrane translocator  44.24 
 
 
307 aa  192  6e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1474  inner-membrane translocator  42.37 
 
 
330 aa  192  6e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0473  inner-membrane translocator  43.3 
 
 
298 aa  191  9e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.994417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2105  inner-membrane translocator  43.21 
 
 
312 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2162  inner-membrane translocator  43.77 
 
 
295 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.596984 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1210  inner-membrane translocator  42.61 
 
 
298 aa  189  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0487778 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1600  inner-membrane translocator  41.39 
 
 
299 aa  189  4e-47  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.852679 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0324  hypothetical protein  45.09 
 
 
304 aa  189  5.999999999999999e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000706535  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1436  ABC transporter, inner membrane subunit  40.66 
 
 
299 aa  188  8e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.641737 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1088  inner-membrane translocator  41.46 
 
 
300 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0866  inner-membrane translocator  42.2 
 
 
294 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0441  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
339 aa  185  7e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0285978  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2855  inner-membrane translocator  44.33 
 
 
330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4312  inner-membrane translocator  43 
 
 
294 aa  185  1.0000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.953267  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3141  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0688  branched chain amino acid ABC transporter permease  42.91 
 
 
336 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.489758  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0110  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1478  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0506  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.973872  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0523  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2906  ABC transporter, permease protein  42.91 
 
 
298 aa  183  3e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.957713  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2055  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1975  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.13 
 
 
294 aa  181  1e-44  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.237569  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2363  inner-membrane translocator  34.2 
 
 
365 aa  181  1e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000240422  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1503  inner-membrane translocator  41.75 
 
 
302 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.26589  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1462  inner-membrane translocator  42.55 
 
 
302 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.263338  hitchhiker  0.000000733363 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1713  inner-membrane translocator  40.14 
 
 
299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.376915  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1276  ABC transporter permease  42.55 
 
 
296 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2039  inner-membrane translocator  42.98 
 
 
313 aa  180  2.9999999999999997e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0264556 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1749  inner-membrane translocator  41.2 
 
 
295 aa  178  9e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1948  inner-membrane translocator  41.2 
 
 
295 aa  178  1e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.418082  normal  0.372623 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4552  inner-membrane translocator  42.33 
 
 
305 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.131035  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2868  inner-membrane translocator  42.61 
 
 
294 aa  177  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3142  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
293 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.407597  normal  0.74462 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3066  inner-membrane translocator  43.11 
 
 
292 aa  176  5e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14380  ABC transporter permease  42.55 
 
 
296 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.515362  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0078  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  38.03 
 
 
299 aa  173  1.9999999999999998e-42  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4045  inner-membrane translocator  43.77 
 
 
292 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1739  putative transmembrane ABC transporter protein  41.49 
 
 
303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.210687  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3722  inner-membrane translocator  43.42 
 
 
292 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0268  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  37.83 
 
 
297 aa  169  8e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.603653  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0043  inner-membrane translocator  36.73 
 
 
289 aa  167  1e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.963469  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0048  ABC transporter, permease protein  38.6 
 
 
297 aa  167  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1099  inner-membrane translocator  35.17 
 
 
329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2077  ABC transporter, permease protein  37.59 
 
 
298 aa  166  4e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.251592  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1110  ABC transporter, inner membrane subunit  36.01 
 
 
305 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1119  ABC transporter, inner membrane subunit  35.66 
 
 
305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1950  inner-membrane translocator  42.98 
 
 
296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202411  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1818  inner-membrane translocator  40.14 
 
 
299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000219565  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002971  ABC-type uncharacterized transport system permease component  38.08 
 
 
311 aa  160  3e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0259  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  38.54 
 
 
308 aa  159  5e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0510641  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0076  inner-membrane translocator  35.79 
 
 
306 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0206  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
363 aa  158  1e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02939  hypothetical protein  37.85 
 
 
317 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0249  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  41.85 
 
 
584 aa  152  8e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1946  inner-membrane translocator  40.56 
 
 
299 aa  152  8.999999999999999e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.463281  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1154  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  42.98 
 
 
289 aa  150  2e-35  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.0000049546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0620  putative ABC transporter, permease protein  36.36 
 
 
327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.375886  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1188  ABC transporter, permease protein  39.52 
 
 
287 aa  132  1.0000000000000001e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2839  ABC transporter permease  50 
 
 
120 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000198537  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4372  inner-membrane translocator  32.18 
 
 
299 aa  94.4  2e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  27.78 
 
 
341 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1349  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  27.37 
 
 
341 aa  59.7  0.00000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  29.69 
 
 
333 aa  58.2  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  27.32 
 
 
342 aa  56.6  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  26.37 
 
 
328 aa  55.8  0.0000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1652  inner-membrane translocator  26.32 
 
 
291 aa  54.7  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124335  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  26.12 
 
 
332 aa  50.4  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  25.38 
 
 
311 aa  49.7  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  27.64 
 
 
339 aa  49.3  0.00008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  32 
 
 
293 aa  49.3  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  25.38 
 
 
311 aa  49.3  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  27.8 
 
 
345 aa  49.3  0.00009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  27.8 
 
 
345 aa  49.3  0.00009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  27.8 
 
 
345 aa  49.3  0.00009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  25.38 
 
 
311 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  25.38 
 
 
311 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  25.38 
 
 
311 aa  49.3  0.00009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  25.38 
 
 
311 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  25.38 
 
 
311 aa  48.9  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6177  inner-membrane translocator  28.25 
 
 
314 aa  48.5  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.434416  normal  0.252013 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  24.87 
 
 
311 aa  48.1  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>