More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0049 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0049  hypothetical protein  100 
 
 		 320 aa  665    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.607165  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3403  transcriptional regulator-like protein  42.81 
 
 		 323 aa  277  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0101274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0955  transcriptional regulator  42.99 
 
 		 323 aa  258  9e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0131189  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1438  hypothetical protein  31.33 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0970  transcriptional regulator-like protein  29.81 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0437  hypothetical protein  31.33 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1421  hypothetical protein  29.94 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.182129 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0956  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.79 
 
 		 327 aa  153  5e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2154  Helix-turn-helix type 11 domain protein  30.97 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2444  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1644  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.82 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0304784  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1233  transcriptional regulator-like  29.15 
 
 		 326 aa  145  8.000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.349316 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0841  hypothetical protein  30.31 
 
 		 351 aa  145  1e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.189594 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1294  regulatory protein, DeoR  30.96 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2446  hypothetical protein  35.07 
 
 		 324 aa  145  1e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1808  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.9 
 
 		 327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.503322  normal  0.375271 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3527  Helix-turn-helix type 11 domain protein  31.96 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.315913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04135  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 321 aa  136  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.292788  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0122  hypothetical protein  33.01 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3900  hypothetical protein  29.5 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0573  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.21 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000975752  normal  0.773563 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0063  hypothetical protein  27.65 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000516278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.01 
 
 		 330 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000116568 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4096  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.21 
 
 		 334 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1255  transcriptional regulator  30.39 
 
 		 322 aa  109  6e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2437  hypothetical protein  28 
 
 		 323 aa  105  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1223  hypothetical protein  29.68 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0499  hypothetical protein  30.93 
 
 		 229 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.477682  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4104  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  29.51 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3086  transcriptional regulator, putative  26.58 
 
 		 334 aa  86.7  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1778  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.97 
 
 		 352 aa  87  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0941  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  28.51 
 
 		 230 aa  83.6  0.000000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.958625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0838  hypothetical protein  29.86 
 
 		 229 aa  82.8  0.000000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0944  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  25.56 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.001663  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0359  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.92 
 
 		 318 aa  79.7  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1289  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.59 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.447111 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2823  putative transcriptional regulator  34.91 
 
 		 334 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0473  transcriptional regulator, putative  24.75 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1001  hypothetical protein  24.76 
 
 		 313 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1244  HTH domain family  24.51 
 
 		 313 aa  76.6  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0998  transcriptional regulator  24.68 
 
 		 313 aa  75.9  0.0000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1185  hypothetical protein  24.84 
 
 		 313 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15260  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.59 
 
 		 327 aa  73.9  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000190404  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3846  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.34 
 
 		 230 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.80209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6729  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.94 
 
 		 324 aa  73.2  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.41486 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0494  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  24.75 
 
 		 336 aa  73.6  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1731  DeoR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 230 aa  72  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.590959  normal  0.873384 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1441  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.76 
 
 		 333 aa  72  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0913  hypothetical protein  22.7 
 
 		 317 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0351983  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0999  hypothetical protein  44.78 
 
 		 101 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2698  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  31.06 
 
 		 323 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000125555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2004  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.75 
 
 		 321 aa  70.5  0.00000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.532666  normal  0.656208 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0608  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  30.77 
 
 		 322 aa  69.7  0.00000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2974  DeoR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.779274  normal  0.781562 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2780  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.75 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00079876  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5785  transcriptional regulator protein-like protein  32.02 
 
 		 687 aa  68.9  0.0000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.611435 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3039  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.36 
 
 		 235 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.545561  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2755  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.52 
 
 		 336 aa  67.8  0.0000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4323  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  27.2 
 
 		 327 aa  67  0.0000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.807083  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2367  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.62 
 
 		 313 aa  67  0.0000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.440872  normal  0.310405 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1300  transcriptional regulator  24.29 
 
 		 323 aa  66.6  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.909513  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0249  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  24.83 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0284  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.75 
 
 		 332 aa  66.2  0.0000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.527195 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0382  Helix-turn-helix type 11 domain protein  24.05 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.117118  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0151  helix-turn-helix, type 11  25.82 
 
 		 231 aa  65.5  0.000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4041  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.64 
 
 		 316 aa  64.7  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3896  Helix-turn-helix type 11 domain protein  22.08 
 
 		 321 aa  63.9  0.000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0991  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.81 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2885  transcriptional regulator protein-like protein  28.46 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379735  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4546  DeoR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 314 aa  62.8  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal  0.117628 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1047  DeoR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 322 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0554838 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0679  helix-turn-helix, type 11  24.62 
 
 		 237 aa  61.6  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1789  Helix-turn-helix type 11 domain protein  26.92 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0003326  normal  0.195591 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1296  transcriptional regulator-like protein  23.51 
 
 		 340 aa  61.2  0.00000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0713  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  23.62 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.677583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1867  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.04 
 
 		 232 aa  60.1  0.00000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.117205 
 
 
-
 
NC_002936  DET1515  hypothetical protein  24.42 
 
 		 349 aa  60.1  0.00000006  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.284607  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1092  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.75 
 
 		 315 aa  59.7  0.00000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.206539  normal  0.830453 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2775  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  25.64 
 
 		 229 aa  59.7  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2021  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.27 
 
 		 317 aa  59.3  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0370713  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5238  transcriptional regulator  22.36 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0664508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0764  Helix-turn-helix type 11 domain protein  27.72 
 
 		 298 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000424784  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1446  putative transcriptional regulator  24.88 
 
 		 332 aa  57.8  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00684408  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2010  helix-turn-helix type 11 domain-containing protein  22.3 
 
 		 320 aa  58.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4729  regulatory protein DeoR  25.66 
 
 		 298 aa  58.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.172096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0920  Helix-turn-helix type 11 domain protein  28.72 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.711136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1219  transcriptional regulator  23.75 
 
 		 336 aa  57.8  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0554  TonB-dependent receptor  24.87 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.665291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0623  DeoR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 335 aa  57.4  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0680  DeoR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 231 aa  57  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0815  Helix-turn-helix type 11 domain protein  19.76 
 
 		 312 aa  56.6  0.0000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.502142  hitchhiker  0.0000272273 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1998  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.84 
 
 		 334 aa  56.2  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.556593 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2492  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.156303  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3432  helix-turn-helix, type 11  24.12 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.587974  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0652  regulatory protein, DeoR  23.81 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.545144  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1823  Helix-turn-helix type 11 domain protein  25.91 
 
 		 237 aa  56.2  0.0000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.406304  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000786  predicted transcriptional regulator  24.1 
 
 		 228 aa  55.8  0.0000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0574064  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0094  Helix-turn-helix type 11 domain protein  23.23 
 
 		 325 aa  56.2  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2241  transcriptional regulator-like protein  24.28 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.295044  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5244  DeoR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 337 aa  55.8  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.288323 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>