More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0043 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0043  ImpB/MucB/SamB family protein  100 
 
 
413 aa  849  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  70.05 
 
 
409 aa  600  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  71.11 
 
 
409 aa  598  1e-170  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1441  UMUC-like DNA-repair protein  70.27 
 
 
407 aa  588  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0190  DNA-directed DNA polymerase  67.57 
 
 
410 aa  573  1e-162  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  69.04 
 
 
410 aa  566  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  67.73 
 
 
409 aa  560  1e-158  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  66.91 
 
 
411 aa  559  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  67.73 
 
 
408 aa  557  1e-157  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  64.13 
 
 
409 aa  519  1e-146  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  43.62 
 
 
400 aa  283  3e-75  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  42.23 
 
 
395 aa  283  5e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3621  DNA-directed DNA polymerase  40.47 
 
 
385 aa  281  1e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2313  DNA-directed DNA polymerase  43.4 
 
 
481 aa  278  2e-73  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  39.16 
 
 
425 aa  276  5e-73  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  41.03 
 
 
397 aa  275  1e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  40.52 
 
 
384 aa  272  7e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  40.94 
 
 
408 aa  272  9e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  38.99 
 
 
412 aa  267  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  2.72693e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  40.36 
 
 
410 aa  266  4e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  41.32 
 
 
385 aa  265  1e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  38.34 
 
 
386 aa  263  3e-69  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3073  DNA-directed DNA polymerase  36.71 
 
 
414 aa  260  3e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.523448  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  41.85 
 
 
419 aa  259  7e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  39.95 
 
 
399 aa  259  8e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0195  DNA polymerase IV  38.72 
 
 
389 aa  258  9e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  40.51 
 
 
395 aa  256  4e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25070  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  39.48 
 
 
415 aa  256  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.487274  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3462  DNA-directed DNA polymerase  40.85 
 
 
419 aa  256  4e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370364 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5112  DNA-directed DNA polymerase  39.8 
 
 
420 aa  255  1e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.360047  normal  0.490555 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  38.21 
 
 
399 aa  251  2e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  1.31963e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  40.39 
 
 
414 aa  251  2e-65  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0148  DNA-directed DNA polymerase  40.15 
 
 
418 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  41.49 
 
 
399 aa  249  7e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  39.43 
 
 
402 aa  249  7e-65  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  37.56 
 
 
408 aa  249  8e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0141  DNA-directed DNA polymerase  40.51 
 
 
418 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 
422 aa  248  2e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  3.25025e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  37.31 
 
 
412 aa  247  2e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0159  DNA-directed DNA polymerase  39.9 
 
 
418 aa  246  4e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5784  DNA-directed DNA polymerase  38.38 
 
 
430 aa  246  7e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.108507  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  36.87 
 
 
412 aa  245  9e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  37.12 
 
 
412 aa  245  1e-63  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  37.12 
 
 
412 aa  245  1e-63  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  37.12 
 
 
412 aa  245  1e-63  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  37.12 
 
 
412 aa  245  1e-63  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2317  DNA-directed DNA polymerase  36.8 
 
 
426 aa  244  2e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  39.18 
 
 
410 aa  244  2e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  36.62 
 
 
412 aa  244  2e-63  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  37.12 
 
 
412 aa  244  2e-63  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  36.87 
 
 
412 aa  243  4e-63  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  38.17 
 
 
430 aa  243  5e-63  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2083  DNA-directed DNA polymerase  36.48 
 
 
399 aa  243  5e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.968018  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  38.05 
 
 
417 aa  243  6e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2656  DNA polymerase IV  39.89 
 
 
378 aa  242  7e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2314  DNA polymerase IV  39.61 
 
 
364 aa  241  2e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.023311  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  36.62 
 
 
412 aa  241  2e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  38.8 
 
 
409 aa  240  4e-62  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  35.79 
 
 
412 aa  239  5e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  37.43 
 
 
423 aa  239  8e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  36.32 
 
 
408 aa  238  1e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2160  DNA polymerase IV  40.5 
 
 
408 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.916632  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5935  DNA polymerase IV  40.5 
 
 
383 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0630772  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2007  UMUC domain protein DNA-repair protein  34.27 
 
 
413 aa  238  1e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.470929  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  41.11 
 
 
371 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  36.67 
 
 
393 aa  238  2e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3597  DNA-directed DNA polymerase  40.64 
 
 
380 aa  237  3e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.456033 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2142  DNA polymerase IV  40.44 
 
 
361 aa  237  4e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1096  DNA-directed DNA polymerase  38.97 
 
 
424 aa  236  4e-61  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  36.64 
 
 
414 aa  236  6e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  35.52 
 
 
419 aa  234  3e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  9.99976e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  37.22 
 
 
407 aa  231  1e-59  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.79 
 
 
407 aa  231  2e-59  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2775  DNA-directed DNA polymerase  38.94 
 
 
355 aa  230  3e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  39.48 
 
 
360 aa  229  6e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1272  DNA-directed DNA polymerase  40.58 
 
 
359 aa  229  7e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3537  DNA-directed DNA polymerase  39.06 
 
 
357 aa  229  7e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  35.96 
 
 
391 aa  229  9e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  38.54 
 
 
406 aa  228  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1107  DNA-directed DNA polymerase  36.83 
 
 
385 aa  227  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.27085  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1726  DNA polymerase IV  39.61 
 
 
364 aa  227  2e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.503643  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0224  DNA-directed DNA polymerase  33.08 
 
 
413 aa  228  2e-58  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3995  DNA polymerase IV  35.75 
 
 
417 aa  227  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2179  DNA polymerase IV  38.11 
 
 
405 aa  227  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.288104  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2654  DNA polymerase IV  39.88 
 
 
378 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2280  DNA-directed DNA polymerase  39.88 
 
 
378 aa  226  4e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.924608  hitchhiker  3.1101e-06 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3160  DNA-directed DNA polymerase  39.2 
 
 
359 aa  226  5e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1859  DNA polymerase IV  37.87 
 
 
392 aa  226  8e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3265  DNA polymerase IV  39.71 
 
 
354 aa  225  9e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  37.93 
 
 
414 aa  225  1e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5448  DNA polymerase IV  39.23 
 
 
379 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0318  DNA-directed DNA polymerase  37.67 
 
 
372 aa  223  3e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.154893 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02810  DNA polymerase IV  39.88 
 
 
368 aa  223  4e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.495536  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  35.51 
 
 
390 aa  223  7e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5155  DNA polymerase IV  39.94 
 
 
363 aa  222  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.702969 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  33.92 
 
 
411 aa  221  1e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  40.69 
 
 
356 aa  222  1e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  38.48 
 
 
369 aa  222  1e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  7.22148e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3213  DNA-directed DNA polymerase  38.54 
 
 
407 aa  221  2e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0704877  normal  0.021461 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1566  DNA polymerase IV  38.5 
 
 
369 aa  221  2e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0682981  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>