More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3854 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3770  helicase c2  98.19 
 
 
830 aa  1667  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3167  helicase c2  65.23 
 
 
876 aa  1110  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000644587  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0023  Rad3-related DNA helicases  51.58 
 
 
851 aa  843  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.66591e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3854  helicase c2  100 
 
 
830 aa  1699  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000920192 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0363  ATP-dependent helicase DinG  64.87 
 
 
840 aa  1101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.01237  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3621  helicase c2  51.6 
 
 
838 aa  830  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0509  helicase c2  52.76 
 
 
843 aa  883  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4122  helicase c2  69.38 
 
 
843 aa  1218  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.77416e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0024  helicase c2  37.84 
 
 
846 aa  573  1e-162  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1942  helicase c2  36.61 
 
 
832 aa  558  1e-157  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.357662  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07920  helicase c2  34.86 
 
 
822 aa  527  1e-148  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1899  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.4 
 
 
956 aa  448  1e-124  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0589249 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1545  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.14 
 
 
944 aa  443  1e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.676592  decreased coverage  0.000191845 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1990  ATP-dependent helicase DinG  35.56 
 
 
709 aa  441  1e-122  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2156  DNA polymerase III, epsilon subunit  37.52 
 
 
934 aa  418  1e-115  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.814989  hitchhiker  0.00934468 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0188  helicase c2  38.43 
 
 
659 aa  413  1e-114  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00148037  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3224  DNA polymerase III, epsilon subunit  35.56 
 
 
927 aa  394  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00101103  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1003  DNA polymerase III, epsilon subunit  33.85 
 
 
960 aa  387  1e-106  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1347  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  31.82 
 
 
957 aa  386  1e-106  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.579486 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6611  helicase c2  34.86 
 
 
729 aa  387  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0933933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4634  helicase c2  34.78 
 
 
674 aa  378  1e-103  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1197  helicase c2  36.46 
 
 
661 aa  373  1e-102  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  9.73223e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1743  DNA polymerase III, epsilon subunit  32.77 
 
 
930 aa  368  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.23026  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2677  helicase c2  33.99 
 
 
646 aa  364  3e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.663694  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0562  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.88 
 
 
921 aa  362  1e-98  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1154  DNA polymerase III, epsilon subunit  34.51 
 
 
921 aa  358  3e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0636  helicase c2  34.22 
 
 
660 aa  356  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1364  helicase c2  32.81 
 
 
640 aa  347  4e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1651  Exonuclease RNase T and DNA polymerase III  32.41 
 
 
952 aa  347  6e-94  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3029  DnaQ family exonuclease/DinG family helicase  31.04 
 
 
929 aa  339  1e-91  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2527  helicase c2  33.33 
 
 
653 aa  337  6e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0816709  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1342  helicase c2  33.95 
 
 
754 aa  337  7e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4478  helicase c2  36.05 
 
 
633 aa  337  8e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.647625  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01131  ATP-dependent helicase  32.61 
 
 
639 aa  333  8e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.625206  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1409  helicase c2  33.87 
 
 
651 aa  330  7e-89  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3486  helicase c2  35.01 
 
 
698 aa  330  7e-89  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4459  helicase c2  34.78 
 
 
633 aa  330  8e-89  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157065  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01374  ATP-dependent helicase  31.73 
 
 
644 aa  327  6e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1598  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 
934 aa  327  8e-88  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00523268  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3747  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.73 
 
 
934 aa  326  9e-88  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.739451  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1921  helicase c2  33.24 
 
 
725 aa  325  2e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.782434  normal  0.028244 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004095  DinG family ATP-dependent helicase YoaA  31.62 
 
 
646 aa  324  4e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1671  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.14 
 
 
934 aa  322  2e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.697043  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1593  helicase c2  33.05 
 
 
725 aa  321  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.601772  normal  0.0255754 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0411  helicase c2  31.79 
 
 
646 aa  321  4e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1452  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.94 
 
 
934 aa  320  6e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1565  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.94 
 
 
934 aa  320  6e-86  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.554006  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1897  hypothetical protein  32.05 
 
 
652 aa  320  9e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1709  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
934 aa  319  1e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  6.49538e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1575  putative ATP-dependent helicase  32.62 
 
 
646 aa  319  1e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.718112  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0911  putative ATP-dependent helicase  31.95 
 
 
651 aa  319  1e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1636  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 
934 aa  319  1e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00174148 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1425  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 
934 aa  319  1e-85  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.446116  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1424  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  28.8 
 
 
934 aa  319  1e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1467  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  29.69 
 
 
934 aa  318  2e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.533097  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1990  helicase c2  33.24 
 
 
649 aa  318  3e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1886  hypothetical protein  31.75 
 
 
652 aa  316  1e-84  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0733  ATP-dependent DNA helicase  32.71 
 
 
640 aa  316  1e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.982369  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1626  ATP-dependent DNA helicase-related protein  32.48 
 
 
713 aa  316  1e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1403  helicase c2  33.28 
 
 
757 aa  315  2e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127709  hitchhiker  3.48035e-07 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1156  helicase c2  35.17 
 
 
649 aa  315  3e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2524  helicase c2  30.93 
 
 
755 aa  313  7e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00188741  decreased coverage  2.63353e-10 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1612  putative ATP-dependent helicase  30.79 
 
 
751 aa  313  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00100383  normal  0.548735 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1265  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30.21 
 
 
929 aa  311  5e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00466144  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2251  ATP-dependent helicase, putative  32.1 
 
 
755 aa  309  1e-82  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.247338  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0648  helicase c2  31.95 
 
 
668 aa  306  1e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1779  helicase c2:DEAD/DEAH box helicase, N-terminal  33 
 
 
641 aa  306  1e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2196  helicase c2  31.98 
 
 
641 aa  303  6e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00456377 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0504  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  32.64 
 
 
909 aa  301  3e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2535  helicase C2  32.27 
 
 
645 aa  301  4e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.801549  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1132  hypothetical protein  30.33 
 
 
681 aa  301  4e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1295  helicase c2  32.46 
 
 
664 aa  298  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2115  bifunctional ATP-dependent DNA helicase/DNA polymerase III subunit epsilon  30 
 
 
921 aa  295  2e-78  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2455  helicase c2  31.34 
 
 
641 aa  293  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1727  helicase c2  30.91 
 
 
641 aa  288  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1249  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.83 
 
 
691 aa  282  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000153763 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1991  ATP-dependent helicase, putative  32.18 
 
 
645 aa  282  2e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2094  helicase c2  34.42 
 
 
673 aa  282  2e-74  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.239782  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1863  helicase c2  30.47 
 
 
668 aa  281  4e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.879395 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2877  helicase c2  31.3 
 
 
658 aa  281  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1940  ATP-dependent helicase DinG  31.51 
 
 
665 aa  281  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.497186  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3093  helicase c2  32.06 
 
 
681 aa  279  1e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.649657 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1619  helicase c2  30.32 
 
 
629 aa  278  2e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1629  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.56 
 
 
690 aa  276  1e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.117477  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1618  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.56 
 
 
690 aa  276  1e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.326155  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2725  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.56 
 
 
690 aa  276  1e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0300555  hitchhiker  0.000425027 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1652  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.56 
 
 
690 aa  276  1e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.303868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1566  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.2 
 
 
692 aa  275  2e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  6.20367e-05 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2178  helicase c2  31.11 
 
 
685 aa  275  3e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4486  helicase c2  30.15 
 
 
714 aa  274  4e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.24845  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1513  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.01 
 
 
690 aa  274  5e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433839  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2097  helicase c2  29.96 
 
 
644 aa  271  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0479006  normal  0.269462 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2656  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.69 
 
 
690 aa  271  5e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.765136  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003963  ATP-dependent helicase DinG/Rad3  31.17 
 
 
691 aa  269  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3086  ATP-dependent DNA helicase DinG  29.96 
 
 
692 aa  266  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.175143  hitchhiker  4.11022e-05 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2483  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.29 
 
 
690 aa  265  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00204554 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01557  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.17 
 
 
691 aa  265  3e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1225  ATP-dependent DNA helicase DinG  30.85 
 
 
714 aa  261  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1129  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.17 
 
 
694 aa  261  5e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0640459  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1446  ATP-dependent DNA helicase DinG  31.44 
 
 
703 aa  258  2e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  1.07544e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>