296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3788 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3788  exsB protein  100 
 
 
225 aa  467  1e-131  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3693  exsB protein  98.22 
 
 
225 aa  461  1e-129  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4046  exsB protein  81.78 
 
 
228 aa  390  1e-108  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.346738  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3075  ExsB  80.09 
 
 
237 aa  383  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0520876  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1288  exsB protein  77.23 
 
 
226 aa  374  1e-103  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.158784  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0483  exsB protein  78.03 
 
 
237 aa  370  1e-102  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1207  exsB protein  76.47 
 
 
223 aa  364  1e-100  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.26628e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2982  putative transcriptional regulator  71.68 
 
 
230 aa  339  2e-92  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1957  ExsB  65.93 
 
 
241 aa  308  5e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.115438  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0798  ExsB  63.56 
 
 
226 aa  302  3e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.126082  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1984  exsB protein  63.6 
 
 
234 aa  301  7e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4042  ExsB  65.62 
 
 
225 aa  300  9e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0496  exsB protein  63.23 
 
 
228 aa  299  3e-80  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0738  putative signal peptide protein  62.95 
 
 
224 aa  298  5e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.593438  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0687  exsB protein  62.78 
 
 
224 aa  297  1e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.877386  normal  0.37979 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0901  ExsB  65.77 
 
 
232 aa  295  4e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  2.28539e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4380  exsB protein  61.67 
 
 
229 aa  295  4e-79  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0731  exsB protein  62.33 
 
 
224 aa  295  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.372152  normal  0.140663 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1942  exsB protein  61.09 
 
 
244 aa  294  1e-78  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.243954  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2672  ExsB  61.61 
 
 
227 aa  292  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00821244  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4398  ExsB  62.61 
 
 
230 aa  291  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.323025  normal  0.553883 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2525  ExsB protein  65.32 
 
 
225 aa  291  5e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.228651  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0998  exsB protein  62.5 
 
 
230 aa  291  5e-78  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.519707  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1107  transcriptional regulator  62.5 
 
 
230 aa  290  1e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  6.96721e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51670  hypothetical protein  63.96 
 
 
224 aa  289  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  7.03334e-11  hitchhiker  0.000657127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1226  exsB protein  62.16 
 
 
224 aa  287  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.861838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1281  exsB protein  64.25 
 
 
224 aa  287  1e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.691809  normal  0.984121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4532  hypothetical protein  63.51 
 
 
224 aa  286  1e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4192  exsB protein  62.44 
 
 
228 aa  286  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0272  exsB protein  62.83 
 
 
246 aa  285  3e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.281019  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1255  exsB protein  61.71 
 
 
224 aa  285  4e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3989  exsB protein  62.16 
 
 
224 aa  285  5e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.402468  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1233  exsB protein  61.23 
 
 
223 aa  284  7e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.583286  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0436  exsB protein  62.44 
 
 
228 aa  284  1e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0043011  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2799  hypothetical protein  62.78 
 
 
228 aa  281  4e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3968  exsB protein  60.81 
 
 
226 aa  281  5e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3115  exsB protein  59.55 
 
 
221 aa  281  6e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.543639  normal  0.482984 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2945  hypothetical protein  62.78 
 
 
228 aa  281  7e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2710  ExsB  63.35 
 
 
232 aa  280  9e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3379  ExsB  62.27 
 
 
236 aa  280  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.108829 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2202  queuosine biosynthesis protein QueC  61.26 
 
 
226 aa  278  7e-74  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.887956  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1419  ExsB  60.36 
 
 
229 aa  278  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01572  ExsB protein  61.16 
 
 
224 aa  277  1e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.779183  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2179  queuosine biosynthesis protein  61.54 
 
 
244 aa  276  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2225  ExsB ATPase  60.27 
 
 
229 aa  276  2e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2335  ExsB  61.43 
 
 
229 aa  275  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  7.53404e-08  normal  0.063598 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0149  ExsB  61.09 
 
 
224 aa  273  2e-72  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0778  exsB protein  60.18 
 
 
233 aa  270  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0837862  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0570  exsB protein  59.46 
 
 
227 aa  268  4e-71  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.087272  normal  0.978313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36600  ExsB protein  62.9 
 
 
224 aa  267  9e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433901  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1404  exsB protein  58.64 
 
 
230 aa  267  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.900241  normal  0.381405 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3137  ExsB  56.88 
 
 
233 aa  263  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2202  ExsB ATPase  60.44 
 
 
224 aa  262  3e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000761719 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1355  ExsB  56.36 
 
 
227 aa  261  9e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.748  normal  0.236246 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3919  exsB protein  59.56 
 
 
233 aa  256  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.299294 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0068  exsB protein  55.45 
 
 
229 aa  254  9e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0069  exsB protein  55.45 
 
 
229 aa  254  9e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.955333 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0657  exsB protein  60.09 
 
 
237 aa  252  4e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2372  exsB protein  57.66 
 
 
227 aa  251  8e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.252368  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3856  exsB protein  56.83 
 
 
234 aa  248  5e-65  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.154451  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0539  exsB protein  56.25 
 
 
235 aa  248  7e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.268202  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1766  exsB protein  54.94 
 
 
256 aa  246  2e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.43675 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3942  exsB protein  56.39 
 
 
234 aa  245  5e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0108234  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3799  ExsB protein  56.39 
 
 
234 aa  244  9e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.079011  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0777  ExsB  52.77 
 
 
259 aa  241  5e-63  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0771  ExsB family transcriptional regulator  52.77 
 
 
285 aa  240  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.698325 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3217  exsB protein  53.39 
 
 
233 aa  233  1e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  8.08637e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4716  exsB protein  55.8 
 
 
224 aa  233  1e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.56017  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1877  exsB protein  55.41 
 
 
222 aa  233  2e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5203  exsB protein  53.51 
 
 
229 aa  230  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3105  exsB protein  53.57 
 
 
222 aa  229  2e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2362  ExsB  55.75 
 
 
227 aa  224  8e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  4.8435e-05  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3633  exsB protein  52.19 
 
 
229 aa  221  8e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.628448 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1317  exsB protein  49.07 
 
 
230 aa  213  2e-54  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2002  exsB protein  49.54 
 
 
225 aa  213  2e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0300  exsB protein  57.3 
 
 
208 aa  213  3e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.495784  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2027  exsB protein  49.07 
 
 
225 aa  211  8e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.769285 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1333  ExsB  48.6 
 
 
231 aa  199  4e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2602  ExsB  46.58 
 
 
226 aa  197  1e-49  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.175115  normal  0.073954 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18821  ATPase  48.08 
 
 
224 aa  194  1e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.855612  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1784  ExsB  48.08 
 
 
224 aa  193  2e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.115928  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18241  PP-loop superfamily ATPase  45.16 
 
 
229 aa  192  3e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19011  ATPase  47.6 
 
 
224 aa  190  1e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.422849  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21651  ATPase  42.27 
 
 
225 aa  187  8e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.328104 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1170  exsB protein  44.95 
 
 
484 aa  187  1e-46  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29671  ATPase  46.51 
 
 
229 aa  186  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18821  ATPase  46.08 
 
 
224 aa  185  6e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1293  ExsB  41.36 
 
 
225 aa  184  1e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2238  ExsB  45.66 
 
 
226 aa  180  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0284  exsB protein  45.13 
 
 
221 aa  179  3e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.106122 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1393  exsB protein  42.29 
 
 
243 aa  178  7e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2342  exsB protein  43.61 
 
 
251 aa  177  9e-44  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4644  ExsB  46.9 
 
 
257 aa  176  3e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.306594  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0106  exsB protein  43.29 
 
 
221 aa  174  8e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2210  exsB protein  43.61 
 
 
222 aa  174  9e-43  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2833  ExsB  46.02 
 
 
220 aa  172  3e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.106215 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1099  exsB protein  41.85 
 
 
221 aa  172  3e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119388  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2105  exsB protein  40.53 
 
 
219 aa  172  4e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00266539 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2885  exsB protein  40.97 
 
 
218 aa  171  8e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.937408  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02725  putative regulator protein  42.29 
 
 
218 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>