More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3623 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
297 aa  611  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  97.64 
 
 
297 aa  598  1e-170  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  65.62 
 
 
296 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  58.84 
 
 
295 aa  350  2e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  59.38 
 
 
296 aa  347  2e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  54.17 
 
 
306 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  49.29 
 
 
295 aa  273  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  36.3 
 
 
298 aa  142  8e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  37.5 
 
 
301 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  37.74 
 
 
331 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  37.13 
 
 
302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  36.76 
 
 
299 aa  134  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  36.96 
 
 
305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  38.39 
 
 
239 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  29.55 
 
 
578 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  33.33 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.04 
 
 
301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000421798  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0663  RluA family pseudouridine synthase  33.44 
 
 
352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.241862  normal  0.120069 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  38.97 
 
 
239 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1102  RluA family pseudouridine synthase  32.24 
 
 
314 aa  125  6e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  35.38 
 
 
240 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4547  RluA family pseudouridine synthase  35 
 
 
352 aa  125  9e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0669  RluA family pseudouridine synthase  32.79 
 
 
352 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.96 
 
 
334 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  37.44 
 
 
249 aa  124  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  34.67 
 
 
311 aa  124  2e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.72 
 
 
313 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.19 
 
 
308 aa  123  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  34.33 
 
 
311 aa  123  5e-27  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  29.69 
 
 
303 aa  121  9.999999999999999e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0367  23S rRNA pseudouridine synthase D  30.46 
 
 
321 aa  121  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.72 
 
 
325 aa  121  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1865  RluA family pseudouridine synthase  30.48 
 
 
344 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 
310 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.65 
 
 
300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.71 
 
 
296 aa  120  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.72 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  32.47 
 
 
315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.43 
 
 
300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.09 
 
 
296 aa  119  7.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  33.11 
 
 
302 aa  119  7.999999999999999e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  30.63 
 
 
541 aa  118  9e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  33.33 
 
 
304 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.79 
 
 
294 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000312184  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4836  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.5 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.474352 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  31.14 
 
 
305 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  33.85 
 
 
313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  36.46 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  38.22 
 
 
255 aa  117  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.97 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  35.68 
 
 
234 aa  117  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  38.62 
 
 
304 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  36.7 
 
 
224 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  32.27 
 
 
305 aa  117  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.72 
 
 
330 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  32.75 
 
 
286 aa  116  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.34 
 
 
298 aa  115  6e-25  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  35.45 
 
 
304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  33.61 
 
 
264 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0069  pseudouridine synthase  33.78 
 
 
235 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.555782  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.33 
 
 
436 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  33.06 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.94 
 
 
321 aa  114  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2993  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000045802  normal  0.354843 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3074  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000195279  normal  0.766873 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  31.17 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  33.2 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2875  RluA family pseudouridine synthase  30.11 
 
 
369 aa  114  2.0000000000000002e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.767163 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3171  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.52 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000261033  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.56 
 
 
320 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  31.1 
 
 
336 aa  113  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  34.93 
 
 
234 aa  114  3e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1041  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C protein  33.61 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.017285  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  32.54 
 
 
308 aa  112  5e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  33.96 
 
 
309 aa  113  5e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  30.55 
 
 
318 aa  113  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60210  pseudouridine synthase  33.46 
 
 
320 aa  113  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000135219 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.11 
 
 
316 aa  112  6e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3722  RluA family pseudouridine synthase  30.16 
 
 
323 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.302376  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.89 
 
 
343 aa  112  6e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3230  RluA family pseudouridine synthase  29.47 
 
 
320 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3499  lysozyme  31.76 
 
 
323 aa  112  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.847735  normal  0.0395097 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.1 
 
 
224 aa  112  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  29.87 
 
 
344 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2180  pseudouridine synthase, RluA family  29.41 
 
 
327 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
326 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  31.73 
 
 
325 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3265  pseudouridine synthase, RluA family protein  29.9 
 
 
322 aa  112  9e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0726  pseudouridine synthase, RluD  31.56 
 
 
320 aa  112  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  34.48 
 
 
310 aa  112  9e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  31.25 
 
 
320 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  30.68 
 
 
337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  29.97 
 
 
307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.99 
 
 
303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  30.31 
 
 
304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  27.86 
 
 
299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.38 
 
 
325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2950  RluA family pseudouridine synthase  30.56 
 
 
323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00118178  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1136  23S rRNA pseudouridine synthase D  31.35 
 
 
325 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.339776  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>