More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3553 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3553  Radical SAM domain protein  100 
 
 
474 aa  969    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3552  Radical SAM domain protein  46.32 
 
 
488 aa  429  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3533  Radical SAM domain protein  45.08 
 
 
506 aa  426  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0516  radical SAM domain-containing protein  44.64 
 
 
501 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3467  Radical SAM domain protein  44.42 
 
 
506 aa  422  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1165  Radical SAM domain protein  44.42 
 
 
506 aa  424  1e-117  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0597  radical SAM family protein  43.82 
 
 
501 aa  419  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.678652  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2888  B12 binding /radical SAM domain-containing protein  42.73 
 
 
503 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00308859  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.36 
 
 
558 aa  330  3e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.06 
 
 
520 aa  323  3e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  39.27 
 
 
548 aa  323  5e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.47 
 
 
527 aa  318  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  37.21 
 
 
547 aa  317  2e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.55 
 
 
535 aa  313  3.9999999999999997e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.92 
 
 
546 aa  313  5.999999999999999e-84  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  37.55 
 
 
534 aa  312  7.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.55 
 
 
612 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  37.55 
 
 
612 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.04 
 
 
528 aa  311  2e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.34 
 
 
600 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.14 
 
 
546 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.41 
 
 
580 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  38.87 
 
 
567 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.01 
 
 
567 aa  307  3e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.48 
 
 
546 aa  307  3e-82  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.29 
 
 
569 aa  304  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  37.84 
 
 
565 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.54 
 
 
547 aa  303  4.0000000000000003e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.04 
 
 
546 aa  303  6.000000000000001e-81  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  36.56 
 
 
546 aa  302  7.000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  34.89 
 
 
546 aa  298  2e-79  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  37.72 
 
 
675 aa  296  5e-79  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  30.69 
 
 
459 aa  210  4e-53  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4064  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.98 
 
 
508 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.416317  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0114  Elongator protein 3/MiaB/NifB  30.85 
 
 
609 aa  194  3e-48  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0062  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.64 
 
 
516 aa  193  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.302719 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2687  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  33.14 
 
 
508 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 
470 aa  182  1e-44  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  29.25 
 
 
489 aa  179  1e-43  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0515  Radical SAM domain protein  27.74 
 
 
603 aa  177  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.85 
 
 
608 aa  170  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  29.5 
 
 
609 aa  169  8e-41  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  29.51 
 
 
451 aa  167  5e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  28.01 
 
 
608 aa  166  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 
556 aa  162  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.98 
 
 
512 aa  161  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  27.23 
 
 
472 aa  158  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  28.64 
 
 
524 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1668  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.81 
 
 
612 aa  152  1e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0607785  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  27.84 
 
 
520 aa  152  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  31.05 
 
 
563 aa  151  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  28.81 
 
 
521 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  32.07 
 
 
487 aa  147  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  27.45 
 
 
502 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  28.97 
 
 
554 aa  147  5e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.59 
 
 
533 aa  146  6e-34  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  31 
 
 
677 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  29.95 
 
 
518 aa  145  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.9 
 
 
472 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 
520 aa  144  3e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  32.6 
 
 
488 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.21 
 
 
485 aa  143  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 
461 aa  143  8e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  24.72 
 
 
484 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.73 
 
 
441 aa  140  3.9999999999999997e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  30.23 
 
 
489 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0204  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 
452 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.306375  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.28 
 
 
441 aa  137  5e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  28.65 
 
 
564 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  26.27 
 
 
487 aa  136  8e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  30.46 
 
 
681 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  26.6 
 
 
472 aa  134  3e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  28.76 
 
 
529 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  26.64 
 
 
484 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3239  Radical SAM domain protein  26.93 
 
 
513 aa  131  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0952946  normal  0.844085 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  25.51 
 
 
473 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  26.98 
 
 
494 aa  129  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  26.98 
 
 
494 aa  129  8.000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  24.88 
 
 
471 aa  129  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0906  cobalamin B12-binding domain protein  24.53 
 
 
456 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.62 
 
 
485 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.65 
 
 
450 aa  126  9e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  26.02 
 
 
545 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  25.78 
 
 
583 aa  125  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  27.29 
 
 
476 aa  125  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  27.71 
 
 
494 aa  124  3e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0780  Radical SAM domain protein  28.95 
 
 
517 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  25.54 
 
 
576 aa  124  5e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  30.75 
 
 
473 aa  123  6e-27  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0261  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.65 
 
 
513 aa  123  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3883  radical SAM family protein  33.33 
 
 
577 aa  123  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.153148  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  28.39 
 
 
564 aa  122  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  27.41 
 
 
494 aa  123  9e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2473  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 
468 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0785227  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  27.15 
 
 
548 aa  120  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4173  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 
513 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  30.45 
 
 
458 aa  119  7.999999999999999e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  27.64 
 
 
459 aa  119  9.999999999999999e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3338  glycosyl transferase family protein  26.98 
 
 
1250 aa  119  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  25.11 
 
 
478 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>