108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3392 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 
162 aa  326  7e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  97.53 
 
 
162 aa  281  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  52.38 
 
 
169 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  50.6 
 
 
167 aa  163  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  47.47 
 
 
182 aa  149  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  53.54 
 
 
169 aa  142  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  50.39 
 
 
174 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1940  hypothetical protein  37.14 
 
 
166 aa  84  8e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.946021  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  34.93 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.08 
 
 
175 aa  75.5  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.26 
 
 
179 aa  75.1  0.0000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  29.45 
 
 
181 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.01 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  29.01 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  32.75 
 
 
179 aa  70.5  0.000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0429  OstA family protein  25.65 
 
 
224 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.034618 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1769  hypothetical protein  28.12 
 
 
179 aa  67.4  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1507  OstA family protein  29.05 
 
 
196 aa  67  0.0000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  decreased coverage  0.000611674 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  27.27 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  30.34 
 
 
176 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.86 
 
 
190 aa  62.4  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  31.17 
 
 
161 aa  62.4  0.000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
184 aa  62.4  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.86 
 
 
190 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
157 aa  59.3  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.8 
 
 
179 aa  58.5  0.00000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  57.8  0.00000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0012  hypothetical protein  31.33 
 
 
323 aa  56.6  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.541863  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  28.57 
 
 
172 aa  57  0.0000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.22 
 
 
202 aa  56.6  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.9 
 
 
185 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  34.65 
 
 
160 aa  55.5  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  31.82 
 
 
144 aa  55.5  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  25.9 
 
 
185 aa  55.5  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  29.09 
 
 
223 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.65 
 
 
189 aa  53.9  0.0000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  30.08 
 
 
221 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.32 
 
 
181 aa  52.8  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  27.75 
 
 
198 aa  52.8  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  31.71 
 
 
170 aa  52.8  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.32 
 
 
181 aa  52.8  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  29.41 
 
 
242 aa  52.8  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  25.64 
 
 
180 aa  53.1  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  28.57 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.17 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  25.48 
 
 
189 aa  51.6  0.000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  28.23 
 
 
219 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  24.34 
 
 
174 aa  51.6  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  25.79 
 
 
179 aa  51.2  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  28.67 
 
 
216 aa  50.8  0.000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  28.74 
 
 
246 aa  50.8  0.000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  31.14 
 
 
188 aa  50.8  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  29.8 
 
 
177 aa  49.7  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  25.49 
 
 
189 aa  49.7  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  27.15 
 
 
230 aa  49.3  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  25.58 
 
 
212 aa  49.7  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.4 
 
 
170 aa  49.7  0.00002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  25.44 
 
 
239 aa  49.3  0.00002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  22.67 
 
 
174 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  27.52 
 
 
204 aa  48.9  0.00003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  23.88 
 
 
164 aa  49.3  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  27.06 
 
 
200 aa  48.9  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  28.48 
 
 
200 aa  48.9  0.00003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  22.67 
 
 
174 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  34.21 
 
 
197 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.41 
 
 
223 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.81 
 
 
207 aa  48.5  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  27.52 
 
 
216 aa  48.5  0.00004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  22.67 
 
 
174 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.66 
 
 
184 aa  48.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  28.66 
 
 
250 aa  47.4  0.00008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  28.66 
 
 
184 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  28.66 
 
 
184 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4314  OstA family protein  25.85 
 
 
186 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.257817 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.66 
 
 
184 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  28.11 
 
 
223 aa  46.2  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.12 
 
 
194 aa  46.6  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  29.63 
 
 
225 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  26.63 
 
 
225 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  26.45 
 
 
221 aa  45.8  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  23.13 
 
 
164 aa  44.7  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1672  OstA family protein  30.59 
 
 
323 aa  44.7  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  32.31 
 
 
196 aa  44.3  0.0008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  27.27 
 
 
227 aa  43.5  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  23.67 
 
 
180 aa  43.5  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  25.85 
 
 
157 aa  43.9  0.001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  24.72 
 
 
181 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  28.1 
 
 
183 aa  42.7  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  25.35 
 
 
187 aa  43.1  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4207  OstA family protein  28.95 
 
 
186 aa  42.4  0.003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.283739  normal  0.860809 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>