More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3361 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0812  nitrogen regulation protein NtrY, putative  68.56 
 
 
748 aa  1014    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.439119  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1374  multi-sensor signal transduction histidine kinase  77.14 
 
 
746 aa  1096    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.131978  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3361  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
756 aa  1541    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2344  two component signal transduction histidine kinase  60.19 
 
 
752 aa  852    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000619377  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0777  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  67.92 
 
 
748 aa  982    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1376  multi-sensor signal transduction histidine kinase  62.28 
 
 
737 aa  882    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00550904  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0900  multi-sensor signal transduction histidine kinase  97.22 
 
 
756 aa  1431    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.361287  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0709  multi-sensor signal transduction histidine kinase  65.18 
 
 
738 aa  979    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000623284  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1933  multi-sensor signal transduction histidine kinase  42.06 
 
 
741 aa  558  1e-157  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.820438  normal  0.142567 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2738  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.15 
 
 
749 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.789248  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0547  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.03 
 
 
731 aa  487  1e-136  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3000  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.32 
 
 
733 aa  465  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
736 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.273222  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0436  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.16 
 
 
733 aa  451  1e-125  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.589571  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1458  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.16 
 
 
845 aa  436  1e-120  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.468501 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0744  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 
756 aa  370  1e-101  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.857607  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1393  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 
756 aa  357  5e-97  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0285475 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.23 
 
 
779 aa  308  2.0000000000000002e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.865325  normal  0.321459 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  30.29 
 
 
712 aa  303  7.000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
729 aa  303  8.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.608847  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0024  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.94 
 
 
736 aa  301  4e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.10248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0023  nitrogen regulation protein NtrY, putative  30.94 
 
 
710 aa  301  4e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.736908  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1679  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  30.61 
 
 
760 aa  300  9e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.859765  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 
736 aa  299  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2847  nitrogen regulation protein NtrY, putative  31.62 
 
 
734 aa  295  2e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.39 
 
 
779 aa  295  2e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.363869 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1455  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
753 aa  292  1e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.205006  normal  0.134875 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0030  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 
718 aa  291  2e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.838483 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2839  nitrogen regulation protein, NtrY, Signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
769 aa  292  2e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6542  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.85 
 
 
753 aa  291  4e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1929  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
742 aa  290  5.0000000000000004e-77  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0484  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.14 
 
 
754 aa  288  2e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.187529  normal  0.0210363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1491  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.65 
 
 
814 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0430544 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1489  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.76 
 
 
753 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.726921  normal  0.706753 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0199  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.52 
 
 
734 aa  283  7.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.779269  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2081  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 
816 aa  283  8.000000000000001e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1091  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 
757 aa  283  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.414611  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2136  two component sensor kinase  30.31 
 
 
759 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.132627  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4128  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.65 
 
 
752 aa  279  1e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.43986 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4084  histidine kinase  29.92 
 
 
705 aa  280  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
708 aa  279  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2211  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.87 
 
 
771 aa  277  6e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.542091  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4398  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.12 
 
 
745 aa  276  1.0000000000000001e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.13461  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2075  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.26 
 
 
770 aa  276  1.0000000000000001e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1573  histidine kinase  30.47 
 
 
767 aa  274  4.0000000000000004e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0740881  normal  0.0763149 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.15 
 
 
725 aa  274  5.000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2239  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.95 
 
 
756 aa  274  5.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.292158  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2822  PAS sensor protein  31.28 
 
 
799 aa  273  6e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.354635 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2940  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 
799 aa  273  1e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3049  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
799 aa  273  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.70723  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1116  nitrogen regulation protein NtrY  28.81 
 
 
774 aa  268  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1074  nitrogen regulation protein NtrY  28.66 
 
 
774 aa  267  5e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.000929955  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1773  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 
764 aa  266  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.866376 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
740 aa  266  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0542  nitrogen regulation protein NtrY  28.93 
 
 
742 aa  264  4e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0128365  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1629  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.55 
 
 
756 aa  264  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102015  normal  0.506038 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1617  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.42 
 
 
763 aa  264  6e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.86 
 
 
781 aa  263  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276593  decreased coverage  0.00464659 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0704  sensor histidine kinase  29.71 
 
 
713 aa  261  2e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.2301  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0299  putative nitrogen regulation protein NtrY  29.08 
 
 
714 aa  262  2e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.333561  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1816  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.49 
 
 
756 aa  261  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0544205 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2864  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.09 
 
 
763 aa  260  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0530  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.59 
 
 
755 aa  260  7e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
759 aa  260  7e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0018  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 
710 aa  260  8e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.2698 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2579  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 
761 aa  259  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.838184  normal  0.345494 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4001  histidine kinase  30.51 
 
 
774 aa  259  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000232996 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4071  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.91 
 
 
784 aa  259  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.714466 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3588  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 
775 aa  258  4e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0529984  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 
768 aa  257  7e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.513538  normal  0.0270747 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2591  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.22 
 
 
762 aa  256  9e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.682378  normal  0.0198144 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3630  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.77 
 
 
765 aa  256  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.153032 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2607  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.15 
 
 
747 aa  256  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.515354  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0390  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
744 aa  254  3e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2881  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.89 
 
 
762 aa  253  1e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0943385  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2268  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.04 
 
 
764 aa  252  2e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1443  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.95 
 
 
753 aa  249  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.616255  hitchhiker  0.000358642 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1838  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
764 aa  246  8e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
757 aa  244  3.9999999999999997e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.203555  normal  0.0623449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
827 aa  243  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3403  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.51 
 
 
812 aa  242  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3241  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
762 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.235789  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4526  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.38 
 
 
772 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3892  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.17 
 
 
762 aa  241  4e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.820879 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0593  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 
776 aa  237  6e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.729726  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1446  nitrogen regulatory signal transduction histidine kinase NtrY  27.73 
 
 
766 aa  237  7e-61  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263583  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4434  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
765 aa  233  1e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.341187  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0077  two component sensor histidine kinase transcription regulator protein  35.05 
 
 
811 aa  229  1e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000219775  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3118  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.38 
 
 
817 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.728829  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3349  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
823 aa  226  2e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6472  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.06 
 
 
804 aa  224  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3672  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.3 
 
 
823 aa  224  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1274  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.73 
 
 
773 aa  224  4e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.18473  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4410  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
800 aa  224  6e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3176  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
804 aa  223  8e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0315  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.66 
 
 
800 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3059  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.94 
 
 
800 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.510583  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1038  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
655 aa  221  3e-56  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3137  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
804 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.428024 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3121  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.75 
 
 
804 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.655307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>