More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3333 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0928  30S ribosomal protein S12  100 
 
 		 123 aa  246  6e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000041416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3333  30S ribosomal protein S12  100 
 
 		 123 aa  246  6e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.70711e-17 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1341  30S ribosomal protein S12  94.31 
 
 		 123 aa  234  3e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000369822  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1063  30S ribosomal protein S12  95.12 
 
 		 123 aa  231  2.0000000000000002e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000011853  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0675  30S ribosomal protein S12  93.5 
 
 		 123 aa  229  9e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00545662  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0621  30S ribosomal protein S12  89.43 
 
 		 123 aa  223  5.0000000000000005e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000330783  decreased coverage  1.9094399999999998e-21 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2338  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 		 125 aa  215  2e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.00000000575958  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0210  30S ribosomal protein S12  85.37 
 
 		 124 aa  214  4e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000110555  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0281  30S ribosomal protein S12  83.74 
 
 		 124 aa  212  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000103953  decreased coverage  0.00000987169 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0220  30S ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 124 aa  211  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000630102  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1529  ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 124 aa  210  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000223739  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0696  30S ribosomal protein S12  86.99 
 
 		 123 aa  209  7e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.85077e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1221  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 124 aa  209  7.999999999999999e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.00000786754  hitchhiker  0.00402882 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1907  30S ribosomal protein S12  85.25 
 
 		 123 aa  209  7.999999999999999e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0208943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4009  ribosomal protein S12  82.93 
 
 		 123 aa  209  9e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0866702  normal  0.990626 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2465  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 124 aa  209  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0122546 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2719  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 126 aa  208  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0011677  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2405  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 126 aa  208  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000879391  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1551  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  208  2e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00133332  normal  0.90394 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0175  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 129 aa  207  4e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  unclonable  0.000000000018595  normal  0.463989 
 
 
-
 
NC_002950  PG1942  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 134 aa  207  5e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4449  ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 142 aa  207  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0473  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 124 aa  206  6e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0887  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 124 aa  206  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822603 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2014  30S ribosomal protein S12  84.3 
 
 		 123 aa  206  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1950  30S ribosomal protein S12  84.3 
 
 		 123 aa  206  8e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.913755  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1929  30S ribosomal protein S12  84.3 
 
 		 123 aa  206  8e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2301  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 128 aa  206  9e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000703033  decreased coverage  0.000703335 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0711  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 136 aa  205  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.305716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2428  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 135 aa  204  4e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0584234  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2069  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 128 aa  204  4e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000594982  normal  0.793383 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1290  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 127 aa  203  6e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0116832  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2071  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 123 aa  203  7e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.944717  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0659  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 127 aa  203  8e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.254594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0244  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.240123  normal  0.127892 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0704  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000738801  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0075  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  202  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.392906 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3442  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000394059  normal  0.236546 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0271  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.635943 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0322  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46074  normal  0.0169836 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2764  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0416814  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0262  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.822385  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3649  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111216  hitchhiker  0.000000000929733 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0343  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  202  1e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0284  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 136 aa  202  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000309063  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0322  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  201  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0874299  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0492  30S ribosomal protein S12  82.11 
 
 		 123 aa  201  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00450059  hitchhiker  0.000000284598 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1856  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 137 aa  202  2e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0880493  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2263  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  202  2e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.12469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3861  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 125 aa  201  2e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0296  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 135 aa  201  2e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1047  30S ribosomal protein S12  77.24 
 
 		 124 aa  201  3e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000671738  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3473  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0860232  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2637  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.419489  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3782  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00172098  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3073  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0733593  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3174  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00103484  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0309  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0102814  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1919  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000102606  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1189  ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 123 aa  201  3e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000946839  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3751  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0182749  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3809  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0842  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  201  3e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000117432  hitchhiker  0.000366661 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0417  30S ribosomal protein S12  73.72 
 
 		 140 aa  201  3e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000726978  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4339  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 137 aa  200  4e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.681919  normal  0.587181 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2693  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  201  4e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315059  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2845  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 126 aa  201  4e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.904067  normal  0.207657 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1564  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  200  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0581883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3448  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 125 aa  200  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0273463  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0807  30S ribosomal protein S12  74.26 
 
 		 145 aa  200  5e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000025178  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1539  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  200  5e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0052  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  200  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0976  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 128 aa  200  6e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000391683  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16341  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  200  6e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.369961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0393  ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 123 aa  200  7e-51  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.844601  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3343  30S ribosomal protein S12  81.3 
 
 		 125 aa  199  8e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00659827  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2234  30S ribosomal protein S12  79.34 
 
 		 135 aa  199  8e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000995166  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23611  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 125 aa  199  9.999999999999999e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.436727 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0251  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000153437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0198  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  199  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000216597  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2377  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.00376879  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0389  30S ribosomal protein S12  76.42 
 
 		 124 aa  198  1.9999999999999998e-50  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1358  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  198  1.9999999999999998e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.179796  normal  0.150246 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3800  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000117431  n/a   
 
 
 
NC_007947  Mfla_0274  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000134966  unclonable  0.0000000817173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0386  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0122913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3166  30S ribosomal protein S12  80.17 
 
 		 137 aa  198  1.9999999999999998e-50  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.935823 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1800  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 123 aa  198  1.9999999999999998e-50  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.278795  normal  0.143842 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0333  30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 125 aa  198  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00769915 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05695  putative 30S ribosomal protein S12  78.05 
 
 		 124 aa  197  3e-50  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3302  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  197  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000000119116  hitchhiker  0.00857233 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3024  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  197  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000203236  decreased coverage  0.00243586 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0226  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  198  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2955  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  197  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0353473  hitchhiker  0.000186229 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2731  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 123 aa  197  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4512  ribosomal protein S12  75.61 
 
 		 124 aa  197  3e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2329  30S ribosomal protein S12  78.86 
 
 		 125 aa  197  3e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000813391  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0194  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  198  3e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0259871  hitchhiker  0.00000480785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0189  30S ribosomal protein S12  79.67 
 
 		 124 aa  198  3e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.019095  decreased coverage  0.000333311 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3185  30S ribosomal protein S12  80.49 
 
 		 125 aa  197  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0661629  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>