More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3328 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_3328  50S ribosomal protein L3  100 
 
 
211 aa  424  1e-118  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000332976 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0933  50S ribosomal protein L3  98.58 
 
 
211 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00137042  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1067  50S ribosomal protein L3  81.99 
 
 
211 aa  362  3e-99  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000374639  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0626  50S ribosomal protein L3  73.81 
 
 
210 aa  323  9e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000331463  hitchhiker  0.000000000000331617 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2857  50S ribosomal protein L3  71.43 
 
 
210 aa  316  2e-85  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.918611  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1346  50S ribosomal protein L3  71.56 
 
 
211 aa  311  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.700686  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0680  50S ribosomal protein L3  65.66 
 
 
209 aa  276  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0701  50S ribosomal protein L3  58.37 
 
 
210 aa  243  9.999999999999999e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000481863  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2714  50S ribosomal protein L3  55.02 
 
 
209 aa  229  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000231855  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2399  50S ribosomal protein L3  54.55 
 
 
209 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000824684  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01170  50S ribosomal protein L3  55.77 
 
 
211 aa  228  5e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000794381  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0422  50S ribosomal protein L3  55.24 
 
 
209 aa  227  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000195061  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0790  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
213 aa  225  4e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0286  50S ribosomal protein L3  52.86 
 
 
209 aa  224  8e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0410836  hitchhiker  0.00603059 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0867  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
210 aa  223  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000729631  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0111  50S ribosomal protein L3  51.9 
 
 
211 aa  222  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000151121  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1745  50S ribosomal protein L3  53.33 
 
 
210 aa  221  7e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000981122  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1555  ribosomal protein L3  48.1 
 
 
210 aa  216  2e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00791107  normal  0.982603 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0215  50S ribosomal protein L3  52.38 
 
 
209 aa  215  5e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000370606  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2460  50S ribosomal protein L3  50.48 
 
 
209 aa  214  9e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0891685 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0708  50S ribosomal protein L3  50.49 
 
 
208 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00455924  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2903  50S ribosomal protein L3  50.47 
 
 
212 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000000477342  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1836  50S ribosomal protein L3  53.03 
 
 
217 aa  212  3.9999999999999995e-54  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00718997  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2711  50S ribosomal protein L3  51.46 
 
 
211 aa  211  5.999999999999999e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00000399657  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2333  50S ribosomal protein L3  51.92 
 
 
212 aa  211  7e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000241734  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4915  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
212 aa  210  1e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0274485  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0107  50S ribosomal protein L3  50.99 
 
 
213 aa  209  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1524  50S ribosomal protein L3  51.69 
 
 
209 aa  209  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.593746  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1292  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
207 aa  208  4e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000263563  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1394  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
207 aa  208  4e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000462367  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0847  50S ribosomal protein L3P  49.28 
 
 
214 aa  206  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000479377  decreased coverage  0.0000116579 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0562  50S ribosomal protein L3  52.66 
 
 
218 aa  206  2e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3667  50S ribosomal protein L3  48.82 
 
 
211 aa  206  3e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000000330884  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2257  50S ribosomal protein L3  49.01 
 
 
209 aa  205  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00000117498  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03980  LSU ribosomal protein L3P  51.69 
 
 
213 aa  204  6e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3758  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
219 aa  204  7e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.33789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3909  50S ribosomal protein L3  51.43 
 
 
209 aa  204  7e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.031884  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0953  50S ribosomal protein L3  47.55 
 
 
205 aa  204  8e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000660439  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0758  50S ribosomal protein L3  49.77 
 
 
212 aa  204  9e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000233446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0454  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00952841  unclonable  0.000000209689 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0484  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000200613  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0487  50S ribosomal protein L3  51.66 
 
 
211 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000838631  normal  0.0709669 
 
 
-
 
NC_002936  DET0474  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
205 aa  203  2e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00148542  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0194  50S ribosomal protein L3  49.05 
 
 
210 aa  203  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000719285  normal  0.0489845 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0451  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
205 aa  202  2e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000154888  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4321  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
216 aa  202  4e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1867  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
207 aa  202  4e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0222976  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4001  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  202  4e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000133554  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_417  ribosomal protein L3  49.28 
 
 
205 aa  201  5e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000036263  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1184  ribosomal protein L3  48.79 
 
 
209 aa  201  5e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000270125  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3822  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  201  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000994751  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3024  50S ribosomal protein L3  45.93 
 
 
210 aa  201  8e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.371217  hitchhiker  0.00790921 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4749  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000212363  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4548  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00256892  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0691  50S ribosomal protein L3  50.71 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00208666  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0249  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.587373  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5079  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
211 aa  200  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000374535  normal  0.27561 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0405  ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  200  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00399178  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0252  50S ribosomal protein L3  50.98 
 
 
212 aa  200  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2774  ribosomal protein L3  47.26 
 
 
210 aa  199  1.9999999999999998e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.039291  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00730  50S ribosomal protein L3  50.72 
 
 
209 aa  199  1.9999999999999998e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1765  50S ribosomal protein L3  48.02 
 
 
209 aa  200  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000837732  normal  0.643205 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0469  50S ribosomal protein L3  51.42 
 
 
212 aa  199  3e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000509154  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0626  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
211 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000165351  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10020  LSU ribosomal protein L3P  46.57 
 
 
206 aa  198  3.9999999999999996e-50  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.000000402835  hitchhiker  0.00000000318342 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1086  LSU ribosomal protein L3P  50.72 
 
 
217 aa  198  3.9999999999999996e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.10406 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0306  50S ribosomal protein L3P  49.28 
 
 
222 aa  198  3.9999999999999996e-50  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00207169 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001742  LSU ribosomal protein L3p (L3e)  49.76 
 
 
209 aa  198  5e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000145621  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1831  50S ribosomal protein L3  48.61 
 
 
220 aa  197  6e-50  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000207996  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3012  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 
227 aa  198  6e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00913494 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0323  ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  197  7e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000222247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3751  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  197  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000163503  hitchhiker  0.0040389 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0104  50S ribosomal protein L3  47.39 
 
 
210 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000119433  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03171  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00105587  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0393  ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000156822  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3803  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000338592  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2065  50S ribosomal protein L3  47.26 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.00000000000562685  normal  0.223373 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2318  50S ribosomal protein L3  50 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000223614  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3514  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000214725  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4643  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000124545  normal  0.0362623 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1138  50S ribosomal protein L3  43.69 
 
 
207 aa  196  2.0000000000000003e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000858376  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0393  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309233  hitchhiker  0.00746366 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3615  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000666979  hitchhiker  0.00609107 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3705  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000030519  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03122  hypothetical protein  50.24 
 
 
209 aa  196  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000891003  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1292  50S ribosomal protein L3  47.29 
 
 
212 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000167398  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6614  ribosomal protein L3  50.72 
 
 
216 aa  195  5.000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00445  50S ribosomal protein L3  48.58 
 
 
212 aa  195  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000559916  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0225  ribosomal protein L3  47.6 
 
 
213 aa  195  5.000000000000001e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0105  50S ribosomal protein L3  46.92 
 
 
210 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000775669  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2174  50S ribosomal protein L3  49.28 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000029924  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5195  50S ribosomal protein L3  46.92 
 
 
210 aa  194  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000842867  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0279  50S ribosomal protein L3  49.3 
 
 
214 aa  194  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000003338  unclonable  0.000000102958 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4544  50S ribosomal protein L3  50.24 
 
 
209 aa  194  8.000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000354089  hitchhiker  0.00195748 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05715  50S ribosomal protein L3  51.23 
 
 
205 aa  194  8.000000000000001e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.499117  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3709  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.000323926  normal  0.640658 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0110  50S ribosomal protein L3  46.92 
 
 
210 aa  194  1e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000528056  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3807  50S ribosomal protein L3  49.76 
 
 
209 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000142393  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2559  50S ribosomal protein L3  49.52 
 
 
211 aa  194  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.101168  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0141  50S ribosomal protein L3  46.92 
 
 
210 aa  194  1e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000551418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>