More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2980 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 119 aa  241  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  99.16 
 
 		 119 aa  240  3.9999999999999997e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  64.96 
 
 		 122 aa  166  8e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  60.34 
 
 		 118 aa  154  6e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  58.12 
 
 		 123 aa  144  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  56.36 
 
 		 118 aa  141  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  54.1 
 
 		 122 aa  137  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 119 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  49.14 
 
 		 127 aa  116  9e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  45.54 
 
 		 126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  45.76 
 
 		 119 aa  113  7.999999999999999e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  44.14 
 
 		 127 aa  113  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  41.38 
 
 		 131 aa  111  4.0000000000000004e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  46.73 
 
 		 138 aa  110  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  45.45 
 
 		 118 aa  110  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  45.37 
 
 		 138 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  45.79 
 
 		 139 aa  109  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  42.34 
 
 		 116 aa  108  3e-23  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  44.55 
 
 		 118 aa  107  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  44.74 
 
 		 120 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  106  1e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  42.59 
 
 		 122 aa  106  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 118 aa  105  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  41.07 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 130 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  39.64 
 
 		 116 aa  105  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  42.74 
 
 		 130 aa  105  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 117 aa  103  8e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  43.81 
 
 		 125 aa  103  9e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  42.24 
 
 		 123 aa  102  1e-21  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  38.14 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  38.74 
 
 		 160 aa  100  5e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  36.75 
 
 		 122 aa  99.8  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0477  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 126 aa  99.4  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00670849  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 130 aa  99  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  41.03 
 
 		 119 aa  98.2  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0780  ribosome-binding factor A  45.19 
 
 		 151 aa  97.8  4e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.562363  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3033  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 129 aa  97.1  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000370905  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 117 aa  96.7  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 118 aa  95.5  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  37.93 
 
 		 119 aa  95.1  3e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1511  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 144 aa  94.7  3e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.898255  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1212  ribosome-binding factor A  39.62 
 
 		 147 aa  94.7  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.316878  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 127 aa  94.7  4e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1513  ribosome-binding factor A  41.44 
 
 		 150 aa  94.4  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.121246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 		 129 aa  94  6e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 122 aa  93.6  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  36.94 
 
 		 147 aa  93.6  9e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  38.68 
 
 		 159 aa  92.8  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1184  ribosome-binding factor A  38.46 
 
 		 189 aa  92.8  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.352255 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  40.18 
 
 		 132 aa  92  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1445  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 171 aa  91.7  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.084347  normal  0.20066 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  38.94 
 
 		 137 aa  91.3  4e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3560  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 		 168 aa  90.1  1e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466003  normal  0.834335 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 116 aa  89.7  1e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 116 aa  89.7  1e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1354  ribosome-binding factor A  36.7 
 
 		 117 aa  89.7  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 141 aa  89  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1020  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 153 aa  89.4  2e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0700  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 119 aa  88.2  3e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00262073  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 132 aa  88.6  3e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  34.78 
 
 		 127 aa  87.8  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10330  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 169 aa  87.8  5e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150571  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0384  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 117 aa  87.8  5e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  40 
 
 		 133 aa  87.8  5e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 123 aa  87.4  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  37.17 
 
 		 123 aa  87  7e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3590  ribosome-binding factor A  44.23 
 
 		 147 aa  87  7e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0900161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 133 aa  87  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  36.36 
 
 		 136 aa  86.7  9e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  39.25 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  34.55 
 
 		 134 aa  85.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 138 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  35.45 
 
 		 133 aa  85.9  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 		 128 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  35.96 
 
 		 129 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0434  ribosome-binding factor A  36.79 
 
 		 121 aa  85.1  3e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  42.2 
 
 		 121 aa  84.3  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  32.48 
 
 		 138 aa  84  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23440  ribosome-binding factor A  40.22 
 
 		 154 aa  84  7e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.487539  normal  0.252109 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3189  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 162 aa  83.6  9e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0454193  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 		 132 aa  82.8  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 136 aa  82  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  35.9 
 
 		 136 aa  82  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>