More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2948 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0890  DNA ligase, NAD-dependent  73.31 
 
 
670 aa  1008    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  50.3 
 
 
677 aa  637    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2927  DNA ligase, NAD-dependent  63.04 
 
 
683 aa  846    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000591487  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2024  DNA ligase (NAD(+))  51.95 
 
 
675 aa  659    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00334946  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  51.11 
 
 
711 aa  647    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  49.4 
 
 
675 aa  648    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1305  DNA ligase, NAD-dependent  72.41 
 
 
672 aa  987    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.617786  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2213  DNA ligase, NAD-dependent  59.73 
 
 
671 aa  805    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000618814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2728  NAD-dependent DNA ligase C4-type  71.06 
 
 
671 aa  974    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0538  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 
662 aa  650    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1715  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 
682 aa  639    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000203227  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  51.42 
 
 
666 aa  640    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  49.48 
 
 
670 aa  643    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2948  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 
668 aa  1362    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1094  DNA ligase, NAD-dependent  52.25 
 
 
672 aa  669    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.878392  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1336  DNA ligase, NAD-dependent  97.16 
 
 
668 aa  1325    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  50.23 
 
 
670 aa  649    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  50.67 
 
 
694 aa  647    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  49.32 
 
 
673 aa  634  1e-180  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1517  DNA ligase, NAD-dependent  50.53 
 
 
659 aa  634  1e-180  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000611736  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  50.6 
 
 
683 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  50.52 
 
 
691 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 
691 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 
746 aa  629  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 
670 aa  631  1e-179  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  50.23 
 
 
673 aa  626  1e-178  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  50.22 
 
 
691 aa  626  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  50.81 
 
 
691 aa  628  1e-178  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  50.07 
 
 
691 aa  625  1e-178  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  49.43 
 
 
721 aa  625  1e-178  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  50.82 
 
 
691 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  50.22 
 
 
691 aa  628  1e-178  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  50.53 
 
 
678 aa  625  1e-178  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  625  1e-177  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0596  DNA ligase, NAD-dependent  48.73 
 
 
677 aa  619  1e-176  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  51.41 
 
 
683 aa  621  1e-176  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  49.78 
 
 
688 aa  621  1e-176  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  49.78 
 
 
688 aa  621  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004153  DNA ligase  47.9 
 
 
690 aa  620  1e-176  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0490058  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.99 
 
 
669 aa  619  1e-176  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  50 
 
 
691 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  49.03 
 
 
672 aa  617  1e-175  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  616  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  49.48 
 
 
670 aa  615  1e-175  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  48.95 
 
 
671 aa  616  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0571  DNA ligase, NAD-dependent  48.58 
 
 
680 aa  616  1e-175  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.135698  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  49.32 
 
 
673 aa  615  1e-175  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  49.33 
 
 
671 aa  617  1e-175  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 
691 aa  618  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 
671 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  48.13 
 
 
671 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  48.13 
 
 
671 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 
671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  47.01 
 
 
689 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.28 
 
 
671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 
671 aa  613  9.999999999999999e-175  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 
690 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 
671 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.58 
 
 
670 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.73 
 
 
669 aa  613  9.999999999999999e-175  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_536  DNA ligase, NAD-dependent  48.01 
 
 
680 aa  614  9.999999999999999e-175  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.13 
 
 
671 aa  614  9.999999999999999e-175  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0810  DNA ligase, NAD-dependent  47.75 
 
 
673 aa  611  1e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 
669 aa  608  1e-173  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 
669 aa  608  1e-173  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  47.35 
 
 
673 aa  610  1e-173  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1575  DNA ligase, NAD-dependent  49.26 
 
 
697 aa  611  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1035  DNA ligase, NAD-dependent  46.99 
 
 
663 aa  611  1e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 
669 aa  610  1e-173  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.44 
 
 
669 aa  608  1e-173  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  47.01 
 
 
690 aa  610  1e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.46 
 
 
670 aa  607  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 
669 aa  606  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 
669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.29 
 
 
669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  49.17 
 
 
686 aa  607  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3660  DNA ligase, NAD-dependent  48.24 
 
 
681 aa  606  9.999999999999999e-173  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0589668  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  47.74 
 
 
707 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 
671 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.15 
 
 
671 aa  607  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0757  DNA ligase, NAD-dependent  49.02 
 
 
671 aa  605  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  48.14 
 
 
669 aa  608  9.999999999999999e-173  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.84 
 
 
669 aa  605  9.999999999999999e-173  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  46.86 
 
 
691 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  46.66 
 
 
685 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  46.72 
 
 
673 aa  604  1.0000000000000001e-171  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  47 
 
 
671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  47.08 
 
 
674 aa  602  1.0000000000000001e-171  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  47 
 
 
671 aa  603  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  46.85 
 
 
671 aa  602  1.0000000000000001e-171  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  47.71 
 
 
711 aa  604  1.0000000000000001e-171  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0327  DNA ligase, NAD-dependent  49.18 
 
 
685 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  47.3 
 
 
671 aa  605  1.0000000000000001e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  46.71 
 
 
690 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  45.55 
 
 
663 aa  599  1e-170  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  47.85 
 
 
693 aa  601  1e-170  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>