211 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2174 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_2174  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  100 
 
 
410 aa  832    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2044  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  87.11 
 
 
419 aa  742    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00212006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1410  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  46.25 
 
 
406 aa  382  1e-105  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.343268  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3234  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  45.77 
 
 
420 aa  372  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1800  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  34.19 
 
 
424 aa  237  4e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.839799  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3082  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.3 
 
 
416 aa  227  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000123053  unclonable  0.0000131367 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1993  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.42 
 
 
412 aa  202  7e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.131408  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0339  OMPP1/FadL/TodX family outer membrane protein  30.36 
 
 
409 aa  200  3e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.746595  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0065  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.8 
 
 
428 aa  194  3e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.709413 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2708  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.34 
 
 
413 aa  193  4e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589559 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0104  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.94 
 
 
439 aa  192  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.881453 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.57 
 
 
450 aa  188  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0891  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.41 
 
 
453 aa  187  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00668397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3370  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.73 
 
 
458 aa  186  9e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1585  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.56 
 
 
404 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2250  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.73 
 
 
407 aa  178  1e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1551  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.12 
 
 
400 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0286516  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.78 
 
 
450 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1804  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.61 
 
 
426 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.388514  normal  0.581648 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.48 
 
 
430 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0289  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.63 
 
 
401 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.233106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.53 
 
 
424 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.12 
 
 
442 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1588  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.53 
 
 
422 aa  150  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000227474  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1710  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.74 
 
 
430 aa  149  7e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.02 
 
 
400 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.27 
 
 
423 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0907  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.36 
 
 
430 aa  145  2e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000931505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.93 
 
 
421 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.4 
 
 
421 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.51 
 
 
417 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0135  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.89 
 
 
405 aa  142  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  27.59 
 
 
422 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.91 
 
 
401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.35 
 
 
421 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  29.49 
 
 
405 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.07 
 
 
426 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.25 
 
 
401 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2113  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.74 
 
 
364 aa  139  6e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.628404  normal  0.519362 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0035  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.87 
 
 
459 aa  140  6e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.05747  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.35 
 
 
430 aa  139  7e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  27.71 
 
 
424 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1379  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.95 
 
 
450 aa  139  1e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.918562  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  29.89 
 
 
419 aa  137  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1000  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.29 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.768268  hitchhiker  0.00646641 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.21 
 
 
450 aa  137  4e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04350  outer membrane protein P1, putative  25.58 
 
 
415 aa  136  7.000000000000001e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0256286  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  25.4 
 
 
438 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.03 
 
 
427 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3521  long-chain fatty acid transport protein, outer membrane protein  27.32 
 
 
407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  26.34 
 
 
432 aa  133  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.47 
 
 
442 aa  132  9e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.34 
 
 
423 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  27.3 
 
 
437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.52 
 
 
432 aa  131  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  27.48 
 
 
446 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  26.76 
 
 
424 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.8 
 
 
429 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.49 
 
 
428 aa  124  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0539  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.24 
 
 
488 aa  124  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.66 
 
 
420 aa  123  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  25.23 
 
 
432 aa  122  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  27.75 
 
 
445 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  26.34 
 
 
429 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4441  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.95 
 
 
437 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00526852 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  25.18 
 
 
429 aa  117  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1669  membrane protein  23.64 
 
 
427 aa  116  6.9999999999999995e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3046  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.32 
 
 
430 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  26.54 
 
 
442 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  24.64 
 
 
464 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.23 
 
 
449 aa  114  3e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.59 
 
 
427 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.39 
 
 
422 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.57 
 
 
451 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.81 
 
 
450 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0134  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  22.56 
 
 
471 aa  111  3e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.512951  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3342  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  25.67 
 
 
436 aa  110  6e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.15331  normal  0.989492 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2562  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.76 
 
 
429 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000928224  hitchhiker  0.000000000130731 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0328  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.28 
 
 
447 aa  109  8.000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.1 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.1 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.1 
 
 
449 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.17 
 
 
450 aa  107  3e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.1 
 
 
449 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1774  hypothetical protein  27.74 
 
 
480 aa  107  5e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3793  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  26.02 
 
 
436 aa  106  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0891393 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1773  hypothetical protein  28.71 
 
 
478 aa  106  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.82 
 
 
448 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.82 
 
 
448 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1834  hypothetical protein  24.82 
 
 
413 aa  103  4e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0420265  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  27.18 
 
 
440 aa  103  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.85 
 
 
415 aa  103  7e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.4 
 
 
421 aa  103  8e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.4 
 
 
421 aa  102  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  23.92 
 
 
449 aa  102  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  25.4 
 
 
421 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  28.28 
 
 
417 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  24.82 
 
 
415 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1288  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  37.66 
 
 
565 aa  100  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  26.45 
 
 
415 aa  99.4  1e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>