More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2024 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  96.18 
 
 		 419 aa  730    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 419 aa  833    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  69.19 
 
 		 407 aa  464  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  59.95 
 
 		 404 aa  457  1e-127  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  57.36 
 
 		 405 aa  426  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  61.44 
 
 		 403 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  59.16 
 
 		 402 aa  423  1e-117  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.4 
 
 		 430 aa  337  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3060  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.13 
 
 		 424 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2972  secretion protein HlyD  49.33 
 
 		 429 aa  312  5.999999999999999e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  42.67 
 
 		 390 aa  293  5e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  45.08 
 
 		 412 aa  286  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  43.58 
 
 		 489 aa  266  4e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  35.33 
 
 		 449 aa  265  8e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  41.41 
 
 		 413 aa  265  1e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.2 
 
 		 416 aa  260  3e-68  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  37.7 
 
 		 432 aa  259  4e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.8 
 
 		 428 aa  257  3e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  40.17 
 
 		 455 aa  255  8e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.24 
 
 		 430 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.16 
 
 		 419 aa  252  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  37.62 
 
 		 430 aa  250  4e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1726  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.67 
 
 		 395 aa  249  8e-65  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000359698  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.2 
 
 		 430 aa  249  9e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  35.84 
 
 		 444 aa  246  4e-64  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.36 
 
 		 409 aa  246  6e-64  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 466 aa  241  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.62 
 
 		 466 aa  239  8e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  36.84 
 
 		 446 aa  237  2e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  39.63 
 
 		 429 aa  238  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  38.93 
 
 		 425 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  38.93 
 
 		 418 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  37.65 
 
 		 471 aa  229  5e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  38.96 
 
 		 442 aa  229  9e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 493 aa  229  9e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  36.97 
 
 		 398 aa  225  1e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3918  secretion protein HlyD  40.21 
 
 		 433 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0815  membrane-fusion protein  36.79 
 
 		 434 aa  220  3e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  35.83 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  37.74 
 
 		 418 aa  217  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.44 
 
 		 429 aa  206  8e-52  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3707  RND family efflux transporter MFP subunit  34.62 
 
 		 437 aa  192  7e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00914113 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.41 
 
 		 465 aa  183  4.0000000000000006e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  30.43 
 
 		 446 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  30.75 
 
 		 397 aa  160  4e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  32.31 
 
 		 408 aa  159  9e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  30.75 
 
 		 384 aa  158  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  32.41 
 
 		 408 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  32.05 
 
 		 456 aa  157  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  32.24 
 
 		 390 aa  155  9e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  30.32 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  29.69 
 
 		 402 aa  154  2e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.4 
 
 		 414 aa  154  2.9999999999999998e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.17 
 
 		 438 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 429 aa  154  4e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  32.41 
 
 		 385 aa  153  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  31.99 
 
 		 455 aa  152  1e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.99 
 
 		 400 aa  151  3e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  33.12 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  33.12 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  33.12 
 
 		 372 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  31.87 
 
 		 390 aa  149  9e-35  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 416 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000642362  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000487508  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  33.12 
 
 		 372 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.77 
 
 		 410 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000019827  hitchhiker  0.00000000236896 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 465 aa  148  2.0000000000000003e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  32.09 
 
 		 370 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  35.35 
 
 		 348 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  31.84 
 
 		 370 aa  147  5e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  32.47 
 
 		 372 aa  146  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  29 
 
 		 410 aa  146  7.0000000000000006e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  31.75 
 
 		 409 aa  145  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000285815  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  28.87 
 
 		 394 aa  145  1e-33  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  29.67 
 
 		 509 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.95 
 
 		 505 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  32.5 
 
 		 414 aa  144  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  33.01 
 
 		 569 aa  144  4e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  31.23 
 
 		 390 aa  142  9e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  31.45 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.78 
 
 		 453 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  29.64 
 
 		 416 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000224755  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  31.89 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.89 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  31.89 
 
 		 371 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  31.89 
 
 		 371 aa  140  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  31.89 
 
 		 371 aa  140  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  31.89 
 
 		 371 aa  140  6e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  29.45 
 
 		 394 aa  140  6e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  31.89 
 
 		 371 aa  140  6e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  31.89 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  31.99 
 
 		 371 aa  139  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0963  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.02 
 
 		 451 aa  138  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0174638  normal  0.124893 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  27.97 
 
 		 417 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  31.56 
 
 		 371 aa  137  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  29.32 
 
 		 353 aa  137  4e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  26.68 
 
 		 377 aa  137  4e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>