More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0944 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  100 
 
 
488 aa  986    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000117321 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  92.42 
 
 
487 aa  892    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  33.48 
 
 
459 aa  241  1e-62  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0643  Radical SAM domain protein  35.83 
 
 
489 aa  241  2e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2873  radical SAM domain-containing protein  37.6 
 
 
520 aa  230  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000297506  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  34.52 
 
 
472 aa  226  6e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3058  radical SAM domain-containing protein  34.63 
 
 
529 aa  219  1e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.111955  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  32.4 
 
 
473 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000424629  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  32.68 
 
 
470 aa  214  2.9999999999999995e-54  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0454  radical SAM domain-containing protein  28.86 
 
 
576 aa  213  5.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.849524 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  36.9 
 
 
512 aa  213  7.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4225  radical SAM domain-containing protein  28.26 
 
 
576 aa  210  5e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.332961 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  32.24 
 
 
472 aa  205  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2479  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.03 
 
 
484 aa  204  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.515921  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.24 
 
 
485 aa  204  4e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0820  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 
583 aa  202  1.9999999999999998e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  33.6 
 
 
459 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  31.87 
 
 
472 aa  196  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  36.04 
 
 
556 aa  192  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000805279  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  34.26 
 
 
564 aa  192  9e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000336813  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1487  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32 
 
 
567 aa  190  5e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6404  Mg-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase 66kD subunit  32.82 
 
 
534 aa  189  9e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  28.67 
 
 
471 aa  187  4e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  34.41 
 
 
563 aa  184  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000834486  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  33.85 
 
 
548 aa  181  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3574  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 
461 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3863  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.75 
 
 
580 aa  182  2e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0582854  normal  0.393497 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2281  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.69 
 
 
520 aa  181  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1864  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.5 
 
 
565 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.599667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  31.79 
 
 
484 aa  180  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 
518 aa  179  1e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4090  radical SAM domain-containing protein  32.22 
 
 
462 aa  179  1e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3812  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.19 
 
 
569 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2336  radical SAM family Fe-S protein  32.99 
 
 
553 aa  178  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0837539 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3390  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  29.18 
 
 
485 aa  177  3e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2637  putative anaerobic magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester [oxidative] cyclase  31.31 
 
 
547 aa  177  3e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.166489 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3364  Radical SAM domain protein  32.85 
 
 
564 aa  177  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.669906 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  36.91 
 
 
554 aa  177  5e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1625  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  31.04 
 
 
558 aa  176  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1014  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
600 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.770044  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1602  radical SAM family Fe-S protein  28.04 
 
 
487 aa  173  5e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0281  magnesium-protoporphyrin IX monomethylester oxidative cyclase, 66 kDa subunit(bchE)  29.09 
 
 
612 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.416035  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1924  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.09 
 
 
612 aa  173  5.999999999999999e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145036  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0797  Radical SAM domain protein  31.76 
 
 
489 aa  172  1e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  32.05 
 
 
548 aa  171  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0670454 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3614  radical SAM domain-containing protein  32.99 
 
 
451 aa  169  7e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  29.93 
 
 
494 aa  169  1e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  30.48 
 
 
441 aa  169  1e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  29.93 
 
 
494 aa  169  2e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  29.81 
 
 
520 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3548  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  30.46 
 
 
535 aa  166  5.9999999999999996e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1590  Radical SAM domain protein  28.17 
 
 
488 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  30.27 
 
 
494 aa  164  4.0000000000000004e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  29.83 
 
 
441 aa  164  5.0000000000000005e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3504  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  34.74 
 
 
677 aa  163  6e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  30.52 
 
 
494 aa  163  7e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0233  Radical SAM domain protein  30.12 
 
 
723 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.677011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2477  TPR domain/radical SAM/B12 binding domain-containing protein  31.09 
 
 
864 aa  161  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2585  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.12 
 
 
546 aa  162  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.908643  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
524 aa  161  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000772503  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  29.27 
 
 
502 aa  160  4e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1584  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.93 
 
 
527 aa  160  6e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2158  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  26.79 
 
 
546 aa  159  1e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.1157  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0251  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.28 
 
 
546 aa  158  2e-37  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.42517  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0942  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.29 
 
 
528 aa  158  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00162998  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  33.42 
 
 
444 aa  158  2e-37  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  31.59 
 
 
618 aa  158  2e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2315  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.59 
 
 
546 aa  158  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.03087  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2929  radical SAM domain-containing protein  32.81 
 
 
497 aa  158  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.43282  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
533 aa  158  2e-37  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2209  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  28.03 
 
 
546 aa  158  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.561885  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3090  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  30.75 
 
 
476 aa  157  4e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000038537  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3569  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  29.53 
 
 
478 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.663184 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0138  Radical SAM domain protein  32.22 
 
 
608 aa  157  5.0000000000000005e-37  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000809293  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2825  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 
476 aa  156  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000393045  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2283  Radical SAM domain protein  31.47 
 
 
473 aa  156  9e-37  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.257116  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2963  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 
476 aa  156  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000286011  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  27.12 
 
 
566 aa  155  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0201  radical SAM domain-containing protein  30.07 
 
 
484 aa  155  1e-36  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2416  radical SAM family protein  30.73 
 
 
475 aa  155  2e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000137144  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2894  radical SAM family protein  34.09 
 
 
613 aa  155  2e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.80419 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2577  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  32.89 
 
 
674 aa  155  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.451691  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1648  Radical SAM domain protein  29.4 
 
 
450 aa  155  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1150  oxidative cyclase-related protein  30.14 
 
 
475 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0229  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.53 
 
 
547 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0316  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  29.19 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0513  Radical SAM domain protein  31.93 
 
 
609 aa  154  4e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1976  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester anaerobic oxidative cyclase  27.34 
 
 
546 aa  153  8e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.175578  normal  0.725626 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2416  radical SAM domain-containing protein  30.28 
 
 
469 aa  152  1e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0876  radical SAM family Fe-S protein  28.88 
 
 
461 aa  151  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.430138  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3363  Radical SAM domain protein  29.04 
 
 
1288 aa  150  4e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3195  Radical SAM domain protein  28.87 
 
 
552 aa  149  7e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554212 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0909  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  33.62 
 
 
681 aa  149  8e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2592  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  31.18 
 
 
608 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000154642  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4778  response regulator receiver protein  28.69 
 
 
675 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0104454 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  31.15 
 
 
460 aa  148  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4087  radical SAM domain-containing protein  32.63 
 
 
458 aa  149  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0901376 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1009  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.25 
 
 
479 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1038  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  31.25 
 
 
479 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  30.37 
 
 
501 aa  147  5e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>