121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0429 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0429  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 
404 aa  833    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0249  restriction modification system DNA specificity subunit  33.49 
 
 
393 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3075  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.35 
 
 
388 aa  179  8e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.40504  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2673  restriction modification system DNA specificity subunit  34.25 
 
 
415 aa  176  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.574489 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0446  restriction modification system DNA specificity subunit  31.84 
 
 
434 aa  168  1e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000807768  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1778  type I restriction-modification system specificity subunit  30.72 
 
 
419 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.926504  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0951  restriction modification system DNA specificity subunit  28.25 
 
 
419 aa  145  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000406123 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4622  Restriction endonuclease S subunits-like protein  37 
 
 
411 aa  143  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.156513 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2194  restriction modification system DNA specificity subunit  30.07 
 
 
427 aa  138  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.122675  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2852  restriction endonuclease S subunits-like protein  29.92 
 
 
412 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0584008 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0864  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.81 
 
 
413 aa  126  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0689213  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0403  restriction modification system DNA specificity subunit  28.47 
 
 
402 aa  123  7e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  23.98 
 
 
435 aa  117  3e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0944  restriction modification system DNA specificity subunit  25.36 
 
 
420 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000962716  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  25.52 
 
 
417 aa  107  3e-22  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4880  putative type I restriction-modification system S subunit  37.42 
 
 
571 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.960431 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  34.7 
 
 
557 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1311  restriction modification system DNA specificity subunit  40.67 
 
 
578 aa  99.8  8e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0368  type I restriction-modification system, S subunit, putative  28.17 
 
 
562 aa  97.4  4e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3673  restriction modification system DNA specificity subunit  25.19 
 
 
410 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2598  type I restriction-modification enzyme, S subunit  25.17 
 
 
417 aa  94.4  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0133376  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1671  restriction modification system DNA specificity subunit  24.03 
 
 
442 aa  93.6  6e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.517259  hitchhiker  0.00037426 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2378  type I restriction-modification system, S subunit  27.31 
 
 
383 aa  90.9  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2009  restriction modification system DNA specificity domain  27.31 
 
 
423 aa  90.5  5e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.999718  normal  0.91224 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0988  type I restriction-modification system, S subunit  26.67 
 
 
401 aa  89.7  9e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271922  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04450  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.28 
 
 
422 aa  88.6  2e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1105  restriction modification system DNA specificity subunit  29.89 
 
 
225 aa  86.7  7e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0382  type I restriction-modification system, S subunit  23.46 
 
 
439 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2423  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 
426 aa  86.3  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.57431  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2272  type I restriction system specificity protein  24.81 
 
 
399 aa  85.1  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1357  restriction modification system DNA specificity domain  23.41 
 
 
425 aa  84  0.000000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0971497  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0607  restriction modification system DNA specificity subunit  24.78 
 
 
438 aa  83.2  0.000000000000009  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4042  restriction modification system DNA specificity subunit  25.06 
 
 
428 aa  82.8  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3951  restriction modification system DNA specificity domain protein  25 
 
 
406 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0132  restriction modification system DNA specificity subunit  29.15 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.47299 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0308  restriction modification system DNA specificity domain  27.45 
 
 
456 aa  79.7  0.00000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0548885  normal  0.428283 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5244  restriction modification system DNA specificity domain  24.23 
 
 
422 aa  77.8  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.64 
 
 
445 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1071  restriction modification system DNA specificity subunit  25.9 
 
 
429 aa  76.3  0.0000000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0102  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.63 
 
 
442 aa  75.5  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5008  Restriction endonuclease S subunits-like protein  25.86 
 
 
465 aa  73.2  0.000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.441656 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2904  restriction modification system DNA specificity subunit  28.83 
 
 
425 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3793  restriction modification system DNA specificity subunit  23.96 
 
 
425 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1091  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.91 
 
 
444 aa  71.6  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.17387  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2257  restriction endonuclease S subunits-like protein  25.46 
 
 
413 aa  70.9  0.00000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2397  restriction modification system DNA specificity domain  25.73 
 
 
417 aa  69.7  0.00000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000238697  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4394  restriction modification system DNA specificity subunit  26.88 
 
 
414 aa  68.2  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.536192  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0605  restriction modification system DNA specificity subunit  24.12 
 
 
453 aa  66.6  0.0000000007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0967  restriction modification system DNA specificity domain  25.48 
 
 
426 aa  66.6  0.0000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.800586  normal  0.821104 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  23.73 
 
 
447 aa  66.2  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  24.38 
 
 
368 aa  65.5  0.000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.45 
 
 
456 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2689  restriction modification system DNA specificity subunit  25.38 
 
 
290 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.841682  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0745  restriction modification system DNA specificity domain  25.58 
 
 
411 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.189202  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2214  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.11 
 
 
457 aa  65.1  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  25.07 
 
 
427 aa  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3537  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.12 
 
 
419 aa  63.9  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  25.39 
 
 
423 aa  63.5  0.000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  20.37 
 
 
432 aa  63.5  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0160  restriction modification system DNA specificity subunit  38.64 
 
 
399 aa  63.5  0.000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  27.18 
 
 
432 aa  63.2  0.000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0334  restriction modification system DNA specificity domain  26.5 
 
 
430 aa  62.8  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.284396 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3109  restriction modification system DNA specificity subunit  22.87 
 
 
426 aa  62.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2277  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.44 
 
 
433 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  hitchhiker  0.00000677276 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3550  restriction modification system DNA specificity subunit  25.66 
 
 
417 aa  61.6  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257959  normal  0.256697 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0658  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.68 
 
 
473 aa  60.8  0.00000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  20.5 
 
 
433 aa  60.8  0.00000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0507  restriction modification system DNA specificity subunit  25.95 
 
 
429 aa  60.1  0.00000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  25.91 
 
 
457 aa  59.7  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0750  restriction endonuclease S subunit  21.56 
 
 
387 aa  59.7  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1890  type I restriction-modification system, S subunit  22.07 
 
 
416 aa  57.4  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2391  restriction modification system DNA specificity subunit  26.41 
 
 
374 aa  57.4  0.0000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164769  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  21.73 
 
 
392 aa  57.8  0.0000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1216  restriction modification system DNA specificity subunit  23.93 
 
 
427 aa  56.6  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  24.48 
 
 
479 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0448  restriction modification system DNA specificity domain  25.33 
 
 
435 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000159098 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2722  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.14 
 
 
385 aa  53.9  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0829  type I restriction-modification system, S subunit  25.26 
 
 
409 aa  53.9  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.232689  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4260  hypothetical protein  31.25 
 
 
287 aa  53.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3132  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.82 
 
 
424 aa  52.4  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.474681 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4083  restriction modification system DNA specificity subunit  21.26 
 
 
409 aa  52.4  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  21.65 
 
 
577 aa  52.4  0.00001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0041  restriction modification system DNA specificity subunit  21.88 
 
 
397 aa  52.8  0.00001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0006  type I restriction-modification system, S subunit, EcoA family  21.81 
 
 
435 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  25.71 
 
 
528 aa  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1805  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.57 
 
 
423 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.745604  normal  0.535567 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1842  restriction modification system DNA specificity subunit  22.88 
 
 
391 aa  51.2  0.00003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1914  restriction modification system DNA specificity domain  21.92 
 
 
386 aa  51.2  0.00003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381757 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1536  hypothetical protein  26.14 
 
 
380 aa  51.2  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00344436  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3471  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.02 
 
 
419 aa  50.8  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3549  restriction modification system DNA specificity subunit  25.98 
 
 
296 aa  49.3  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.348533  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1220  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.63 
 
 
620 aa  49.3  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2910  putative type I restriction-modification system, S subunit  21.3 
 
 
373 aa  48.9  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  21.91 
 
 
391 aa  47.4  0.0005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01116  hypothetical protein  20.88 
 
 
400 aa  47.4  0.0005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1160  restriction modification system DNA specificity subunit  24.32 
 
 
407 aa  47  0.0006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  29.65 
 
 
419 aa  46.6  0.0007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1037  restriction modification system DNA specificity domain  27.33 
 
 
364 aa  47  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0890662  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1153  restriction modification system DNA specificity subunit  24.88 
 
 
429 aa  46.6  0.0009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.487263  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0016  restriction modification system DNA specificity subunit  25.14 
 
 
432 aa  46.6  0.0009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0597513  hitchhiker  0.0012471 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>