225 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0088 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  100 
 
 
184 aa  365  1e-100  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.85137e-13 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  86.96 
 
 
184 aa  318  2e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  50.83 
 
 
182 aa  192  2e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  3.53357e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  50.56 
 
 
179 aa  177  9e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  49.43 
 
 
184 aa  166  2e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  44.94 
 
 
186 aa  148  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  9.15911e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  44.05 
 
 
184 aa  139  2e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5313  2',5' RNA ligase  45.29 
 
 
193 aa  133  1e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421801  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  42.78 
 
 
195 aa  133  1e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  40.56 
 
 
195 aa  133  1e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  38.46 
 
 
199 aa  133  1e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1576  2'-5' RNA ligase  45.51 
 
 
179 aa  134  1e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  40.22 
 
 
197 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  42.86 
 
 
199 aa  129  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  40.22 
 
 
197 aa  129  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  38.76 
 
 
178 aa  128  4e-29  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  38.2 
 
 
178 aa  127  8e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  39.33 
 
 
178 aa  127  9e-29  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  38.76 
 
 
178 aa  127  9e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  38.42 
 
 
179 aa  125  2e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  42.35 
 
 
179 aa  126  2e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  40.12 
 
 
188 aa  123  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  39.75 
 
 
182 aa  122  3e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  36.57 
 
 
177 aa  118  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2026  2'-5' RNA ligase  37.29 
 
 
189 aa  117  1e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0972486  normal  0.0903404 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  35.33 
 
 
183 aa  115  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  36.53 
 
 
177 aa  115  4e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  36.46 
 
 
179 aa  114  6e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  38.07 
 
 
187 aa  114  9e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  1.95897e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2163  2'-5' RNA ligase  34.32 
 
 
178 aa  114  1e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.705282  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  37.5 
 
 
187 aa  113  2e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0096  2'-5' RNA ligase  38.86 
 
 
196 aa  111  5e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1775  2'-5' RNA ligase  40.12 
 
 
179 aa  111  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0081  2'-5' RNA ligase  39.43 
 
 
196 aa  110  9e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0850  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 
177 aa  110  1e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.275669 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  42.75 
 
 
188 aa  110  1e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5914  2,5 RNA ligase  39.46 
 
 
188 aa  110  1e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.720477 
 
 
-
 
NC_004310  BR0084  hypothetical protein  39.43 
 
 
196 aa  110  1e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.514694  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1729  2'-5' RNA ligase  35.48 
 
 
188 aa  109  2e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2809  2',5' RNA ligase  36.36 
 
 
183 aa  109  2e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.222732 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  37.87 
 
 
191 aa  108  3e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  37.21 
 
 
178 aa  109  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  42.03 
 
 
188 aa  108  4e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1055  2'-5' RNA ligase  40 
 
 
184 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.2761  normal  0.204579 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2391  2'-5' RNA ligase  40.56 
 
 
184 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2139  2',5' RNA ligase  36.65 
 
 
190 aa  106  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.207746  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0973  2'-5' RNA ligase  37.16 
 
 
194 aa  106  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.15722  hitchhiker  2.62624e-05 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1117  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 
181 aa  106  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 
179 aa  105  4e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1881  2'-5' RNA ligase  39.55 
 
 
183 aa  105  5e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1655  2'-5' RNA ligase  34.95 
 
 
194 aa  105  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0012  2'-5' RNA ligase  36.99 
 
 
179 aa  103  1e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0833472 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0814  2',5' RNA ligase  37.72 
 
 
204 aa  103  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0429947  hitchhiker  0.00104301 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0408  2'-5' RNA ligase  40 
 
 
176 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.328982  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0674  2'-5' RNA ligase  36.67 
 
 
177 aa  103  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  36.16 
 
 
190 aa  102  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2404  2'-5' RNA ligase  37.93 
 
 
192 aa  102  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  33.52 
 
 
189 aa  101  8e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0322  2'-5' RNA ligase  39.77 
 
 
179 aa  99  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1234  2 -5 RNA ligase  34.62 
 
 
193 aa  98.6  4e-20  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.00152481  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5472  2'-5' RNA ligase  37.65 
 
 
180 aa  98.6  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0586972 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2011  2'-5' RNA ligase  31.61 
 
 
194 aa  96.7  2e-19  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1456  2'-5' RNA ligase family protein  33.7 
 
 
193 aa  95.5  3e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  7.58334e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  29.24 
 
 
180 aa  95.9  3e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  28.96 
 
 
189 aa  95.5  4e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  35.96 
 
 
185 aa  95.1  5e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0261  2'-5' RNA ligase  35.76 
 
 
179 aa  94.7  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00684061  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  35.38 
 
 
182 aa  94.4  9e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1290  2'-5' RNA ligase  33.15 
 
 
190 aa  94.4  9e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.189928  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0369  2'-5' RNA ligase  32.22 
 
 
187 aa  93.6  1e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.863227  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  36.11 
 
 
195 aa  92.8  2e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 
187 aa  92.4  3e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1327  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 
171 aa  92.4  3e-18  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.243857  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2055  2'-5' RNA ligase  32.42 
 
 
184 aa  92.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.180735  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  31.72 
 
 
186 aa  92  4e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2754  2'-5' RNA ligase  36.47 
 
 
184 aa  92  4e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1257  2'-5' RNA ligase  31.87 
 
 
193 aa  91.7  5e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  3.4969e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1388  2',5' RNA ligase  31.03 
 
 
183 aa  91.3  6e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.482192  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3617  2'-5' RNA ligase  35.59 
 
 
189 aa  90.9  9e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000624511  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3366  2'-5' RNA ligase  35.88 
 
 
184 aa  90.5  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1741  2'-5' RNA ligase  31.28 
 
 
187 aa  89.7  2e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  decreased coverage  0.000285675 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1002  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 
176 aa  89.4  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  5.23375e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  35.07 
 
 
187 aa  89.4  3e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  31.03 
 
 
186 aa  88.6  5e-17  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1002  2'-5' RNA ligase  32.42 
 
 
185 aa  88.6  5e-17  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  35.82 
 
 
185 aa  88.6  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1580  2'-5' RNA ligase  30.46 
 
 
181 aa  88.6  5e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1157  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 
189 aa  87.4  9e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 
193 aa  87.4  1e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1962  2'-5' RNA ligase  32 
 
 
186 aa  85.9  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  2.87299e-07  normal  0.896193 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0503  2'-5' RNA ligase  36.36 
 
 
183 aa  85.1  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  6.82832e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1256  putative integral membrane transport protein  31.21 
 
 
190 aa  84.7  6e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00112331  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1939  2'-5' RNA ligase  35.66 
 
 
181 aa  84.3  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.33767  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0987  2'-5' RNA ligase  27.06 
 
 
171 aa  84.3  8e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1785  2'-5' RNA ligase  32.76 
 
 
180 aa  83.6  1e-15  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0994  2'-5' RNA ligase  27.37 
 
 
174 aa  84  1e-15  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.657287  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2724  2'-5' RNA ligase  31.46 
 
 
190 aa  84  1e-15  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0172  2'-5' RNA ligase  28.18 
 
 
182 aa  83.6  2e-15  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1634  2'-5' RNA ligase  27.91 
 
 
174 aa  83.6  2e-15  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.108546  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1484  2'-5' RNA ligase  27.81 
 
 
173 aa  82.8  2e-15  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>