More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0080 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
341 aa  692  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  94.13 
 
 
341 aa  629  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  69.11 
 
 
333 aa  431  1e-120  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  65.14 
 
 
331 aa  433  1e-120  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  62.8 
 
 
342 aa  431  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  52.94 
 
 
303 aa  288  8e-77  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  51.58 
 
 
219 aa  203  4e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  38.14 
 
 
378 aa  167  4e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.2 
 
 
347 aa  151  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.65 
 
 
352 aa  146  5e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.11 
 
 
347 aa  140  4e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  30.6 
 
 
362 aa  139  8e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.96 
 
 
333 aa  138  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.46 
 
 
332 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.81 
 
 
354 aa  138  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  34.06 
 
 
384 aa  138  2e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 
346 aa  137  3e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  30.97 
 
 
338 aa  136  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.08 
 
 
327 aa  135  7e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  4.09979e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.02 
 
 
348 aa  135  1e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  32.32 
 
 
333 aa  134  3e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.57 
 
 
320 aa  132  7e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  31.66 
 
 
320 aa  132  8e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  1.66e-07 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  31.03 
 
 
305 aa  132  8e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  27.85 
 
 
335 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  6.72077e-08 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.73 
 
 
356 aa  132  1e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.21 
 
 
330 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  31.15 
 
 
349 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.62 
 
 
347 aa  130  4e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  31.93 
 
 
333 aa  129  7e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  28.46 
 
 
330 aa  129  9e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  30.65 
 
 
326 aa  128  1e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  31.34 
 
 
332 aa  128  2e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  33.48 
 
 
319 aa  128  2e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.08 
 
 
356 aa  127  3e-28  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.02 
 
 
330 aa  127  3e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1645  dihydrouridine synthase DuS  33.73 
 
 
352 aa  127  3e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.173532 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  32.32 
 
 
331 aa  126  4e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  2.4991e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.85 
 
 
335 aa  127  4e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  32.91 
 
 
314 aa  127  4e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.85 
 
 
335 aa  126  5e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  28.85 
 
 
335 aa  126  6e-28  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.12 
 
 
343 aa  126  6e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.74 
 
 
337 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.33 
 
 
322 aa  125  1e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  27.69 
 
 
335 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.83 
 
 
320 aa  125  1e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.58 
 
 
323 aa  124  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.51136e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.34 
 
 
325 aa  123  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.42 
 
 
351 aa  124  3e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.65 
 
 
342 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  32.94 
 
 
312 aa  123  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  1.47464e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  123  5e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  1.78028e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
322 aa  123  5e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.08898e-05  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  30.29 
 
 
320 aa  123  5e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  2.30608e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.84 
 
 
306 aa  123  5e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  29.28 
 
 
343 aa  123  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.26 
 
 
328 aa  122  7e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  30.83 
 
 
322 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  33.97 
 
 
319 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  32.47 
 
 
356 aa  121  1e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.49 
 
 
315 aa  121  1e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.1 
 
 
327 aa  122  1e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  33.58 
 
 
341 aa  122  1e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.6 
 
 
333 aa  122  1e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.44 
 
 
347 aa  121  1e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  30.83 
 
 
322 aa  121  2e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  1.01066e-05  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.43 
 
 
309 aa  121  2e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  4.04902e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.77 
 
 
370 aa  120  2e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.2 
 
 
327 aa  120  2e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.72 
 
 
326 aa  121  2e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.1 
 
 
320 aa  121  2e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.08 
 
 
362 aa  121  2e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.7 
 
 
321 aa  120  3e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.3 
 
 
305 aa  120  3e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.56 
 
 
348 aa  120  3e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  34.76 
 
 
323 aa  120  3e-26  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.7 
 
 
321 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  30.6 
 
 
310 aa  120  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  28.32 
 
 
324 aa  120  4e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  29.3 
 
 
322 aa  120  4e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  5.90766e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  33.21 
 
 
319 aa  120  4e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34.19 
 
 
332 aa  120  4e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  31.7 
 
 
327 aa  119  5e-26  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.95 
 
 
322 aa  120  5e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  1.52787e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  30.29 
 
 
322 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  9.68701e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.8 
 
 
321 aa  119  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  6.18743e-09  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  30.29 
 
 
322 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.39113e-06  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.29 
 
 
322 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  2.16775e-07  hitchhiker  1.34738e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  30.29 
 
 
322 aa  119  6e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  4.94088e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  33.76 
 
 
332 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.42 
 
 
357 aa  119  7e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.6 
 
 
355 aa  119  8e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  5.4155e-11  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.6 
 
 
321 aa  119  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.6 
 
 
321 aa  119  9e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  8.79086e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  31.64 
 
 
335 aa  119  9e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  32.17 
 
 
318 aa  118  1e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  9.638e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.95 
 
 
324 aa  118  1e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.55 
 
 
321 aa  118  1e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>