More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0076 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0093  Radical SAM domain protein  94.53 
 
 
490 aa  832  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0584264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0076  Radical SAM domain protein  100 
 
 
616 aa  1228  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.37421e-34 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0124  radical SAM domain-containing protein  53.71 
 
 
625 aa  620  1e-176  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0216543  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0101  radical SAM family protein  52.5 
 
 
624 aa  610  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00410532  normal  0.882418 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0741  radical SAM domain-containing protein  55.25 
 
 
623 aa  593  1e-168  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2992  Radical SAM domain protein  50.24 
 
 
622 aa  573  1e-162  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0050661  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0273  radical SAM domain-containing protein  52.5 
 
 
589 aa  552  1e-156  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0302705  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2487  Fe-S oxidoreductase  43.72 
 
 
609 aa  421  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1404  radical SAM domain-containing protein  28.91 
 
 
562 aa  177  3e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00022345  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3387  Radical SAM domain protein  31.3 
 
 
557 aa  176  1e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.384607  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0859  Radical SAM domain protein  30.79 
 
 
557 aa  175  2e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3186  radical SAM family protein  28.08 
 
 
583 aa  172  2e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0614  radical SAM domain-containing protein  28.51 
 
 
570 aa  163  1e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.69222  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1298  radical SAM domain-containing protein  28.77 
 
 
600 aa  161  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1016  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester oxidative cyclase  27.65 
 
 
584 aa  161  4e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0494  Fe-S oxidoreductase  28.57 
 
 
569 aa  159  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0488  Radical SAM domain protein  26.29 
 
 
575 aa  159  2e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1757  Radical SAM domain protein  27.45 
 
 
535 aa  158  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0257963  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0197  radical SAM family protein  30.89 
 
 
656 aa  151  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1897  radical SAM domain-containing protein  25.16 
 
 
559 aa  142  2e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1616  radical SAM domain-containing protein  25.44 
 
 
559 aa  141  3e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.710753  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0840  cobalamin B12-binding domain protein  25.05 
 
 
590 aa  141  4e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3713  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 
669 aa  139  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1735  cobalamin B12-binding domain protein  25.52 
 
 
590 aa  138  3e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3180  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 
646 aa  134  4e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1018  Radical SAM domain protein  27.25 
 
 
504 aa  130  8e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1571  Radical SAM domain protein  28.43 
 
 
505 aa  129  2e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.805269  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0866  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase family protein, putative  28.21 
 
 
504 aa  127  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0143  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.51 
 
 
583 aa  127  5e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0605658  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4724  Radical SAM domain protein  27.09 
 
 
581 aa  124  4e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4163  radical SAM family protein  27.23 
 
 
524 aa  120  5e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0042  radical SAM family protein  24.94 
 
 
502 aa  114  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2941  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 
625 aa  114  6e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.151615 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0387  radical SAM domain-containing protein  25.26 
 
 
552 aa  113  1e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  0.247194 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0094  hypothetical protein  92.59 
 
 
54 aa  103  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000221882  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3608  radical SAM domain-containing protein  28.72 
 
 
459 aa  102  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4256  radical SAM family protein  23.4 
 
 
536 aa  101  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3057  Radical SAM domain protein  25.28 
 
 
518 aa  101  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00748759  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2424  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.42 
 
 
551 aa  100  8e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.141544  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2412  radical SAM domain-containing protein  33.51 
 
 
459 aa  99  2e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2523  Radical SAM domain protein  27.46 
 
 
424 aa  99  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0388324 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1705  cobalamin B12-binding/radical SAM family protein  25.54 
 
 
472 aa  99  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.900478  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0959  radical SAM family protein  25.94 
 
 
530 aa  98.6  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2413  radical SAM domain-containing protein  29.21 
 
 
437 aa  97.1  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3079  radical SAM family protein  25.56 
 
 
530 aa  97.1  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2566  radical SAM domain-containing protein  28.4 
 
 
426 aa  96.7  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.162584  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1699  Radical SAM domain protein  27.35 
 
 
424 aa  93.6  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.06113e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0238  radical SAM domain-containing protein  27.04 
 
 
461 aa  90.1  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.140637  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  25.29 
 
 
502 aa  88.2  4e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2638  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  25.58 
 
 
512 aa  86.3  2e-15  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1302  Radical SAM domain protein  26.1 
 
 
540 aa  85.9  2e-15  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0143596  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0108  radical SAM domain-containing protein  23.82 
 
 
494 aa  84  8e-15  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0279  radical SAM domain-containing protein  23.63 
 
 
494 aa  83.6  9e-15  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0801  hypothetical protein  30.8 
 
 
366 aa  82.4  2e-14  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  hitchhiker  5.30348e-05 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1994  radical SAM domain-containing protein  26.38 
 
 
462 aa  82  3e-14  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.725365  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0671  Radical SAM domain protein  24.52 
 
 
468 aa  82  3e-14  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1369  radical SAM domain-containing protein  25.77 
 
 
556 aa  80.5  7e-14  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.05279e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1338  radical SAM/B12 binding domain protein  24.16 
 
 
494 aa  80.5  9e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_101  radical SAM/B12 binding domain protein  24.16 
 
 
494 aa  80.5  9e-14  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2185  Radical SAM domain protein  24.47 
 
 
473 aa  80.1  1e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  4.24629e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0871  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  25.78 
 
 
554 aa  79.7  1e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0353  magnesium-protoporphyrin IX monomethyl ester (oxidative) cyclase  26.16 
 
 
485 aa  79  2e-13  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.90319 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0874  radical SAM family Fe-S protein  27.13 
 
 
501 aa  78.6  4e-13  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3593  radical SAM domain-containing protein  24.22 
 
 
472 aa  78.2  4e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000974767  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2227  radical SAM domain-containing protein  32.26 
 
 
342 aa  77.8  5e-13  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.775407  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0504  radical SAM domain-containing protein  22.22 
 
 
471 aa  77.8  6e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  25.69 
 
 
460 aa  77.4  7e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2435  radical SAM domain-containing protein  25.72 
 
 
524 aa  77.4  8e-13  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  7.72503e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4199  cobalamin B12-binding:radical SAM family protein  25 
 
 
548 aa  77  8e-13  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.122489 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3165  Fe-S oxidoreductase  23.7 
 
 
459 aa  76.6  1e-12  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00148517 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3370  cobalamin B12-binding  27.99 
 
 
618 aa  76.3  2e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.818313  normal  0.0333946 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3415  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  23.65 
 
 
472 aa  76.3  2e-12  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1863  radical SAM family protein  23.96 
 
 
486 aa  75.9  2e-12  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.300057  normal  0.908691 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0897  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 
564 aa  75.9  2e-12  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  3.36813e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  24.58 
 
 
520 aa  75.1  3e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0154  Elongator protein 3/MiaB/NifB  27.36 
 
 
479 aa  74.7  4e-12  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000374319  normal  0.695654 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1200  cobalamin B12-binding domain-containing protein  26.99 
 
 
441 aa  74.3  6e-12  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0523  radical SAM domain-containing protein  26.5 
 
 
371 aa  74.3  6e-12  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1626  Radical SAM domain protein  26.63 
 
 
444 aa  73.6  1e-11  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.105485 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1134  putative Fe-S oxidoreductase  22.33 
 
 
425 aa  73.2  1e-11  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0720  Fe-S oxidoreductase  24.32 
 
 
377 aa  73.2  1e-11  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0944  Radical SAM domain protein  30 
 
 
488 aa  73.2  1e-11  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.17321e-07 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1255  radical SAM domain-containing protein  26.99 
 
 
441 aa  73.2  1e-11  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  27.01 
 
 
474 aa  72.8  2e-11  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0689  Radical SAM domain protein  25.47 
 
 
459 aa  72.4  2e-11  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1243  radical SAM domain-containing protein  27.01 
 
 
533 aa  72  3e-11  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.445572  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1171  radical SAM family protein  24.84 
 
 
563 aa  72.4  3e-11  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.34486e-05  normal  0.0316133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3304  Radical SAM domain protein  28.85 
 
 
487 aa  72  3e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.542811  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1168  radical SAM family protein  21.88 
 
 
566 aa  70.1  1e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2074  radical SAM binding protein  29.59 
 
 
598 aa  69.7  1e-10  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0385557  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1061  Radical SAM domain protein  31.22 
 
 
343 aa  69.7  1e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83157e-19 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0762  Fe-S oxidoreductase  22.12 
 
 
484 aa  69.3  2e-10  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0750  Radical SAM domain protein  25.5 
 
 
405 aa  69.3  2e-10  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0738  radical SAM domain/B12 binding domain-containing protein  27.31 
 
 
515 aa  68.9  2e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.532709  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2387  cobalamin B12-binding domain protein  24.36 
 
 
545 aa  69.7  2e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1100  radical SAM domain-containing protein  22.49 
 
 
470 aa  68.2  4e-10  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2351  Radical SAM domain protein  22.83 
 
 
426 aa  68.2  5e-10  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
481 aa  67.8  6e-10  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  24.77 
 
 
473 aa  67.8  6e-10  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2319  radical SAM family Fe-S protein  28.05 
 
 
501 aa  67.8  6e-10  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.518236  normal  0.0137531 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>