82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0065 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0065  thiamine biosynthesis protein  100 
 
 
334 aa  682  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.96842e-23 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0082  thiamine biosynthesis protein  97.9 
 
 
334 aa  667  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0434  hypothetical protein  76.35 
 
 
334 aa  545  1e-154  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4272  thiamine biosynthesis protein  76.65 
 
 
334 aa  541  1e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3402  thiamine biosynthesis protein  75.45 
 
 
334 aa  535  1e-151  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1071  thiamine biosynthesis protein  55.99 
 
 
335 aa  391  1e-108  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.324094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3219  thiamine biosynthesis protein  51.5 
 
 
333 aa  352  5e-96  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0384  thiamine biosynthesis protein  49.14 
 
 
351 aa  293  4e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.624695  hitchhiker  0.00868448 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4045  thiamine biosynthesis protein  48.29 
 
 
351 aa  286  4e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4188  thiamine biosynthesis protein  47.43 
 
 
351 aa  283  3e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.329777  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4161  thiamine biosynthesis protein  47.43 
 
 
351 aa  283  3e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1496  protein of unknown function DUF814  47.14 
 
 
327 aa  271  9e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1725  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  40.84 
 
 
337 aa  271  1e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0282763 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1299  thiamine biosynthesis protein  52.65 
 
 
355 aa  270  2e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.122436  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1170  Thiamine biosynthesis protein-like protein  45.61 
 
 
329 aa  255  6e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1163  hypothetical protein  42.09 
 
 
328 aa  255  8e-67  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1219  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  42.67 
 
 
354 aa  250  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2654  hypothetical protein  41.92 
 
 
347 aa  249  5e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00416391  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1992  hypothetical protein  45.31 
 
 
349 aa  244  2e-63  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1805  hypothetical protein  45.42 
 
 
327 aa  241  2e-62  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3145  hypothetical protein  39.57 
 
 
346 aa  240  3e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.221645  normal  0.21046 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1624  hypothetical protein  45.1 
 
 
327 aa  239  6e-62  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.425475  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1061  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase / fibronectin/fibrinogen-binding protein  42.22 
 
 
329 aa  237  2e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.391536  normal  0.569731 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2797  putative tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate) -methyltransferase  42.67 
 
 
331 aa  234  2e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  5.76654e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2184  argininosuccinate synthase  38.68 
 
 
326 aa  230  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0026  thiamine biosynthesis protein:ExsB  41.97 
 
 
326 aa  230  3e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2474  thiamin biosynthesis protein ThiI  38.68 
 
 
326 aa  229  5e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0405  thiamine biosynthesis protein  41.1 
 
 
345 aa  226  4e-58  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1498  hypothetical protein  41.2 
 
 
327 aa  223  4e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2769  hypothetical protein  42.42 
 
 
325 aa  223  5e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.78027e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1979  thiamine biosynthesis protein:ExsB  41.72 
 
 
327 aa  220  2e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2075  thiamine biosynthesis protein:ExsB  46.85 
 
 
329 aa  219  4e-56  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1904  thiamine biosynthesis protein  44.85 
 
 
368 aa  219  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.661194 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0875  thiamine biosynthesis protein  43.37 
 
 
368 aa  214  2e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.408938 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1609  thiamine biosynthesis protein:ExsB  41.86 
 
 
327 aa  211  1e-53  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0292  thiamine biosynthesis protein  44.44 
 
 
376 aa  209  4e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000151674  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2372  hypothetical protein  40.6 
 
 
357 aa  208  8e-53  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000114865  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2450  thiamine biosynthesis protein  44.62 
 
 
352 aa  204  2e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0801  ATP-binding protein  39.74 
 
 
324 aa  203  3e-51  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1746  thiamine biosynthesis protein:ExsB  38.28 
 
 
329 aa  197  3e-49  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0309  hypothetical protein  42.4 
 
 
349 aa  195  1e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3179  thiamine biosynthesis protein  38.55 
 
 
357 aa  166  5e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2564  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  31.16 
 
 
362 aa  51.6  2e-05  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.15702  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0953  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.43 
 
 
358 aa  49.7  8e-05  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228486 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1858  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.08 
 
 
352 aa  48.5  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  7.93578e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1762  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.43 
 
 
392 aa  48.5  0.0001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.31241  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1938  hypothetical protein  28.67 
 
 
212 aa  48.9  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.186563  normal  0.681719 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1987  hypothetical protein  30.89 
 
 
213 aa  47.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2905  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.07 
 
 
357 aa  47.8  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  3.28107e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1140  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.46 
 
 
385 aa  47.8  0.0003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  9.1055e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0990  thiamine biosynthesis protein ThiI  30.67 
 
 
398 aa  47.8  0.0003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0024577  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1772  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.68 
 
 
348 aa  47  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0277772  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2569  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  32.03 
 
 
353 aa  46.6  0.0006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.729066  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2399  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.95 
 
 
370 aa  46.6  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00300816  normal  0.0915996 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2272  tRNA(5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)- methyl transferase  28.68 
 
 
362 aa  46.6  0.0007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  7.06888e-06 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0766  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.55 
 
 
367 aa  46.2  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0406399  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3418  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.25 
 
 
374 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1718  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  33.09 
 
 
367 aa  45.4  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.530012  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4014  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.25 
 
 
374 aa  45.4  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.152317  normal  0.181813 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0851  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  30.3 
 
 
371 aa  45.4  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.273783  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3358  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  28.06 
 
 
376 aa  45.4  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.125199  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3190  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.06 
 
 
376 aa  45.8  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.127789  normal  0.150501 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3596  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.76 
 
 
374 aa  45.4  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0792  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.57 
 
 
381 aa  45.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.548786  normal  0.639266 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3619  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.25 
 
 
374 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.313741  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2461  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.57 
 
 
361 aa  44.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1819  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  29.25 
 
 
374 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30150  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.99 
 
 
375 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13040  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  31.5 
 
 
367 aa  44.3  0.003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.4029e-26  decreased coverage  0.000450672 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3542  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  24.61 
 
 
349 aa  44.3  0.003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0796  thiamine biosynthesis/tRNA modification protein ThiI  28.85 
 
 
406 aa  44.3  0.003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.235177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28360  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.99 
 
 
372 aa  44.3  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2379  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.74 
 
 
396 aa  43.9  0.004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.246032  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02368  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  25.15 
 
 
369 aa  43.5  0.004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.00392033  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2024  thiamine biosynthesis protein ThiI  29.05 
 
 
380 aa  43.9  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1492  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  27.41 
 
 
375 aa  43.5  0.005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.132482  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0963  tRNA (5-methylaminomethyl-2-thiouridylate)-methyltransferase  27.97 
 
 
367 aa  43.5  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.410035  normal  0.0653928 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0873  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.15 
 
 
368 aa  43.1  0.006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003729 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13381  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  34 
 
 
406 aa  43.1  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.657308  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2581  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  28.26 
 
 
375 aa  43.1  0.007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.615519  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19621  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  33.67 
 
 
431 aa  43.1  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.138538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6065  tRNA-specific 2-thiouridylase MnmA  26.15 
 
 
382 aa  42.7  0.01  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0345037  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>