73 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0027 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0027  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  100 
 
 
314 aa  650  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  94.9 
 
 
314 aa  626  1e-178  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  71.85 
 
 
315 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3585  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  71.85 
 
 
315 aa  474  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0088  heterodisulfide reductase subunit  66.12 
 
 
309 aa  441  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80358  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3428  heterodisulfide reductase subunit  63.06 
 
 
305 aa  426  1e-118  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0866  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  59.22 
 
 
308 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1304  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  37.72 
 
 
276 aa  205  7e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1111  hydrogenase, iron-sulfur binding protein, putative  37.37 
 
 
276 aa  200  2e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.346236 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1258  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  36.58 
 
 
276 aa  199  4e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1031  hydrogenase, iron-sulfur binding protein, putative  35.47 
 
 
278 aa  197  2e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1279  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  33.64 
 
 
317 aa  195  1e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.290847 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1355  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.4 
 
 
320 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.420984  normal  0.358131 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0146  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.11 
 
 
314 aa  190  3e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0139  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.11 
 
 
314 aa  190  3e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0400  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  35.83 
 
 
300 aa  187  3e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1198  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.68 
 
 
277 aa  187  3e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.94097  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0814  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.99 
 
 
303 aa  182  9e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000592821 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1972  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  33.75 
 
 
316 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1211  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  31.99 
 
 
323 aa  178  9e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17790  4Fe-4S protein  32.21 
 
 
284 aa  175  1e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3528  hydrogenase, iron-sulfur cluster-binding subunit, putative  32.78 
 
 
320 aa  169  7e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0852  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  32.9 
 
 
318 aa  167  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2660  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.09 
 
 
339 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.403976  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0567  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.03 
 
 
328 aa  158  1e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1331  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.72 
 
 
318 aa  155  7e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2101  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  32.42 
 
 
482 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.212274  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2313  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.66 
 
 
318 aa  152  8e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0194  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.66 
 
 
318 aa  152  8e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0829  methyl-viologen-reducing hydrogenase, delta subunit  29.19 
 
 
494 aa  149  9e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.330153  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0325  methyl-viologen-reducing hydrogenase delta subunit  29.24 
 
 
501 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.393409 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.34 
 
 
261 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1797  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.09 
 
 
268 aa  106  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.812757  normal  0.948328 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1330  formate dehydrogenase  26.88 
 
 
370 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.342648  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2346  Formate dehydrogenase  23.66 
 
 
380 aa  102  7e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0419  Formate dehydrogenase  26.42 
 
 
382 aa  98.6  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.272376 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0822  formate dehydrogenase  24.93 
 
 
379 aa  88.2  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.411512 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0577  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.31 
 
 
374 aa  87  3e-16  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0195  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  24.21 
 
 
417 aa  85.9  8e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0550447  decreased coverage  0.000288361 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1138  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.08 
 
 
375 aa  85.1  1e-15  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1144  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.94 
 
 
375 aa  84  3e-15  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.592396  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0980  Formate dehydrogenase  21.14 
 
 
355 aa  83.6  4e-15  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  8.94314e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0813  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  21.37 
 
 
375 aa  83.6  4e-15  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1537  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  21.08 
 
 
375 aa  82.8  7e-15  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0761099  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0607  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  34.65 
 
 
387 aa  78.6  1e-13  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1832  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  26.14 
 
 
425 aa  75.1  1e-12  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000318663  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1377  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  29.9 
 
 
387 aa  73.2  5e-12  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  decreased coverage  0.00118672  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0296  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  30.93 
 
 
387 aa  71.6  2e-11  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.510341  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0542  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  29.63 
 
 
387 aa  71.6  2e-11  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.428653  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2020  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.16 
 
 
414 aa  70.5  3e-11  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641041  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1044  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  33.33 
 
 
412 aa  70.5  4e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0606051  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1623  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  31.37 
 
 
421 aa  70.1  5e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1378  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  33.33 
 
 
412 aa  69.3  8e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1562  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  23.08 
 
 
401 aa  68.9  1e-10  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1058  hypothetical protein  32.67 
 
 
412 aa  68.6  1e-10  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.550841  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0577  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit domain protein  33.7 
 
 
413 aa  68.9  1e-10  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.32789 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0462  formate dehydrogenase, beta subunit (F420)  29.13 
 
 
414 aa  67.4  3e-10  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.522633  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0924  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  32.26 
 
 
417 aa  67.4  3e-10  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  7.25534e-09 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1814  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  30.39 
 
 
414 aa  67  4e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1380  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit  30.63 
 
 
383 aa  62.8  8e-09  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2022  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  25.93 
 
 
383 aa  61.6  2e-08  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.307444  normal  0.958202 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3237  coenzyme F420 hydrogenase/dehydrogenase beta subunit-like  28.16 
 
 
392 aa  58.2  2e-07  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0217745  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0176  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  29.01 
 
 
534 aa  46.2  0.0007  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0339  hypothetical protein  29.01 
 
 
534 aa  46.2  0.0008  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.495442  normal  0.0503197 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1032  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  29.41 
 
 
337 aa  43.9  0.004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.203704  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1303  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  28.43 
 
 
337 aa  43.9  0.004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1257  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  26.24 
 
 
337 aa  43.5  0.004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1131  FAD linked oxidase domain protein  29.13 
 
 
1197 aa  43.5  0.005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0306  FAD linked oxidase domain-containing protein  30.1 
 
 
1187 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2353  FAD linked oxidase domain protein  30.1 
 
 
1204 aa  43.1  0.006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251166 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.04 
 
 
334 aa  42.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0140  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  24.04 
 
 
334 aa  42.7  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1112  hydrogenase/sulfur reductase, beta subunit  27.45 
 
 
337 aa  42.4  0.01  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.338031 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>