More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0015 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  100 
 
 
339 aa  694  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  99.41 
 
 
339 aa  691  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.267289  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0015  uroporphyrinogen decarboxylase  84.66 
 
 
339 aa  615  1e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00367491  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0016  uroporphyrinogen decarboxylase  83.24 
 
 
340 aa  598  1e-170  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.87416  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3453  uroporphyrinogen decarboxylase  82.65 
 
 
340 aa  597  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0575742  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3245  uroporphyrinogen decarboxylase  80.88 
 
 
340 aa  588  1e-167  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0619  uroporphyrinogen decarboxylase  77.94 
 
 
340 aa  539  1e-152  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.624284  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0769  uroporphyrinogen decarboxylase  67.26 
 
 
343 aa  483  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.49218e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2590  uroporphyrinogen decarboxylase  46.92 
 
 
360 aa  346  3e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5118  uroporphyrinogen decarboxylase  50.58 
 
 
354 aa  345  5e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3008  uroporphyrinogen decarboxylase HemE  51.16 
 
 
357 aa  345  8e-94  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0728  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
354 aa  342  5e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0876  uroporphyrinogen decarboxylase  50.73 
 
 
354 aa  342  5e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1934  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
365 aa  342  6e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0414  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0272  uroporphyrinogen decarboxylase  48.99 
 
 
352 aa  340  2e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.109144 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5124  uroporphyrinogen decarboxylase  51.16 
 
 
354 aa  339  3e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3349  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3022  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1580  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  339  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3963  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  339  5e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5074  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 
354 aa  338  5e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4036  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  338  6e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.617261  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3020  uroporphyrinogen decarboxylase  49.13 
 
 
351 aa  338  6e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.404032  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4947  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 
354 aa  338  7e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.136579  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3304  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
364 aa  338  7e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0112  uroporphyrinogen decarboxylase  49.86 
 
 
392 aa  337  1e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.226113  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2962  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
405 aa  337  1e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0170  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
405 aa  337  2e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0392  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 
354 aa  337  2e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2734  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
359 aa  336  3e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.961609  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0123  uroporphyrinogen decarboxylase  49.13 
 
 
354 aa  336  4e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0180562  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3174  uroporphyrinogen decarboxylase  51.14 
 
 
367 aa  336  4e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336159  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0415  uroporphyrinogen decarboxylase  50.72 
 
 
355 aa  336  4e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3023  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
378 aa  335  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3498  uroporphyrinogen decarboxylase  50.85 
 
 
367 aa  335  8e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0245  uroporphyrinogen decarboxylase  48.84 
 
 
355 aa  335  9e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4028  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00901601 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00219  uroporphyrinogen decarboxylase  50.43 
 
 
355 aa  334  1e-90  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4231  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4540  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4488  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.830156  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4445  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000531857 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0223  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
354 aa  334  1e-90  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3997  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03874  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5466  uroporphyrinogen decarboxylase  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03827  hypothetical protein  50.29 
 
 
354 aa  335  1e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3867  uroporphyrinogen decarboxylase  50.87 
 
 
357 aa  332  4e-90  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3849  uroporphyrinogen decarboxylase  51.01 
 
 
355 aa  332  5e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0219  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
354 aa  332  6e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0044  uroporphyrinogen decarboxylase  49.29 
 
 
366 aa  332  7e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.629756  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0459  uroporphyrinogen decarboxylase  51.01 
 
 
355 aa  331  9e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  9.60348e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0351  uroporphyrinogen decarboxylase  51.01 
 
 
355 aa  331  9e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.777116  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3890  uroporphyrinogen decarboxylase  49.29 
 
 
366 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2765  uroporphyrinogen decarboxylase  52.03 
 
 
365 aa  331  1e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3292  uroporphyrinogen decarboxylase  49 
 
 
392 aa  331  1e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.136246  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0101  uroporphyrinogen decarboxylase  48.86 
 
 
392 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66550  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
355 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0110  uroporphyrinogen decarboxylase  48.86 
 
 
375 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.760433  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0111  uroporphyrinogen decarboxylase  49 
 
 
392 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0979299  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2989  uroporphyrinogen decarboxylase  45.07 
 
 
356 aa  330  2e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2944  uroporphyrinogen decarboxylase  49 
 
 
392 aa  330  2e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0032555  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00641  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
380 aa  330  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4574  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  330  2e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.300698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5771  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
355 aa  330  3e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2681  uroporphyrinogen decarboxylase  50 
 
 
354 aa  329  3e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.418282 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0210  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
354 aa  329  5e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0124917 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4500  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
354 aa  329  5e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00407137 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4378  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
354 aa  328  6e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.91714 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1058  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
364 aa  328  7e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2851  uroporphyrinogen decarboxylase  49.28 
 
 
355 aa  328  8e-89  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.180798  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0552  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
355 aa  328  1e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00147846 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3444  uroporphyrinogen decarboxylase  46.9 
 
 
340 aa  327  1e-88  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002177  uroporphyrinogen III decarboxylase  49.28 
 
 
355 aa  328  1e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0448  uroporphyrinogen decarboxylase  47.98 
 
 
355 aa  327  2e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3342  uroporphyrinogen decarboxylase  50.14 
 
 
363 aa  327  2e-88  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4498  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  327  2e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0575835 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4411  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
354 aa  327  2e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.356712  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45190  uroporphyrinogen decarboxylase  49.57 
 
 
355 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0836  uroporphyrinogen decarboxylase  49.71 
 
 
354 aa  326  4e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.41854  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3713  uroporphyrinogen decarboxylase  49.42 
 
 
360 aa  326  4e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4080  uroporphyrinogen decarboxylase  47.25 
 
 
356 aa  326  4e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5896  uroporphyrinogen decarboxylase  52.19 
 
 
354 aa  325  5e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0126  uroporphyrinogen decarboxylase  48.43 
 
 
375 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3491  uroporphyrinogen decarboxylase  50.71 
 
 
367 aa  325  6e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000153179  normal  0.770244 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3546  uroporphyrinogen decarboxylase  48.22 
 
 
340 aa  325  7e-88  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1748  uroporphyrinogen decarboxylase  46.96 
 
 
348 aa  323  2e-87  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.489043  normal  0.975855 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3303  uroporphyrinogen decarboxylase  49.72 
 
 
364 aa  323  2e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0163615  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0134  uroporphyrinogen decarboxylase  49.58 
 
 
372 aa  322  4e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.106114  normal  0.310056 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0116  uroporphyrinogen decarboxylase  48.26 
 
 
353 aa  323  4e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.754255  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0287  uroporphyrinogen decarboxylase  49.13 
 
 
354 aa  322  4e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.844287  normal  0.0137069 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1403  uroporphyrinogen decarboxylase  43.75 
 
 
352 aa  321  1e-86  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.227332 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6721  Uroporphyrinogen decarboxylase  48.09 
 
 
345 aa  321  1e-86  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.232366  normal  0.50707 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0705  uroporphyrinogen decarboxylase  48.55 
 
 
365 aa  320  3e-86  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3929  uroporphyrinogen decarboxylase  47.18 
 
 
345 aa  319  4e-86  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6783  uroporphyrinogen decarboxylase  45.16 
 
 
401 aa  318  6e-86  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.916687  normal  0.894439 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1292  uroporphyrinogen decarboxylase  48.09 
 
 
356 aa  317  2e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1540  uroporphyrinogen decarboxylase  47.38 
 
 
354 aa  317  2e-85  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0588582  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0251  uroporphyrinogen decarboxylase  47.69 
 
 
351 aa  315  6e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.821676  normal  0.456057 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>