More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0014 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008609  Ppro_2942  radical SAM domain-containing protein  81.97 
 
 
358 aa  641  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0608132  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0015  radical SAM family protein  88.17 
 
 
356 aa  685  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0300598  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  85.88 
 
 
354 aa  662  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  5.19465e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  100 
 
 
358 aa  750  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3454  radical SAM domain-containing protein  87.89 
 
 
356 aa  682  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.182301  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  99.44 
 
 
358 aa  747  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0014  radical SAM domain-containing protein  92.94 
 
 
357 aa  702  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0107505  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  67.71 
 
 
366 aa  540  1e-152  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.04303e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  48.41 
 
 
349 aa  364  1e-99  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  46.06 
 
 
346 aa  349  4e-95  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  44.8 
 
 
358 aa  338  8e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  44.51 
 
 
377 aa  335  6e-91  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  43.52 
 
 
359 aa  326  5e-88  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  41.29 
 
 
414 aa  323  2e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  42.29 
 
 
405 aa  322  9e-87  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  41.48 
 
 
363 aa  320  2e-86  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  42.53 
 
 
561 aa  321  2e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  40.97 
 
 
397 aa  314  2e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  40.06 
 
 
399 aa  310  2e-83  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  42.41 
 
 
769 aa  300  3e-80  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  36.95 
 
 
413 aa  294  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  38.18 
 
 
349 aa  262  8e-69  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  40.24 
 
 
330 aa  259  5e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  38.76 
 
 
330 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  39.53 
 
 
327 aa  254  1e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  36.16 
 
 
372 aa  251  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  36.69 
 
 
334 aa  249  7e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  38.35 
 
 
330 aa  247  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  36.46 
 
 
375 aa  245  1e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4381  radical SAM domain-containing protein  35.26 
 
 
381 aa  242  6e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0634497  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  38.46 
 
 
325 aa  241  2e-62  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  37.75 
 
 
333 aa  239  7e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  36.57 
 
 
381 aa  239  8e-62  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  37.76 
 
 
332 aa  238  1e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  36.49 
 
 
372 aa  236  5e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  34.43 
 
 
377 aa  235  9e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2079  Radical SAM domain protein  35.99 
 
 
333 aa  234  2e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  1.00022e-09 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  35.5 
 
 
335 aa  232  9e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
377 aa  231  1e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
378 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  33.88 
 
 
377 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1728  Radical SAM domain protein  35.31 
 
 
380 aa  229  8e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  34.53 
 
 
356 aa  227  3e-58  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  34.58 
 
 
353 aa  221  2e-56  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0047  Radical SAM domain protein  32.97 
 
 
386 aa  216  4e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.834961  normal  0.32606 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1679  Radical SAM domain protein  36.52 
 
 
364 aa  216  6e-55  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.830639 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  33.14 
 
 
347 aa  215  1e-54  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  34.1 
 
 
479 aa  210  3e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1215  Radical SAM domain protein  36.13 
 
 
367 aa  208  1e-52  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.154309  hitchhiker  7.59697e-06 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  32.78 
 
 
399 aa  207  2e-52  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0999  Radical SAM domain protein  29.6 
 
 
399 aa  207  2e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0688  metallo cofactor biosynthesis protein  34.78 
 
 
390 aa  206  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
394 aa  205  1e-51  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1900  radical SAM domain-containing protein  32.44 
 
 
382 aa  205  1e-51  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.816144  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4255  radical SAM domain-containing protein  30.89 
 
 
444 aa  204  3e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.13913 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  31.27 
 
 
496 aa  203  4e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0955  radical SAM domain-containing protein  34.47 
 
 
391 aa  203  4e-51  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2637  Radical SAM domain protein  33.43 
 
 
350 aa  203  5e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.295239  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2907  radical SAM domain-containing protein  32.36 
 
 
389 aa  202  7e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.386551  normal  0.342339 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1430  radical SAM domain-containing protein  30.79 
 
 
389 aa  199  6e-50  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.733862  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2391  Radical SAM domain protein  32.39 
 
 
397 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1716  radical SAM domain-containing protein  30.08 
 
 
378 aa  192  5e-48  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.174012 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2255  radical SAM domain-containing protein  30.75 
 
 
369 aa  192  8e-48  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.209492  normal  0.0610472 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2076  Radical SAM domain protein  31.91 
 
 
382 aa  192  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2575  Elongator protein 3/MiaB/NifB  31.43 
 
 
394 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2903  Radical SAM domain protein  31.43 
 
 
393 aa  189  5e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0608543 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0941  radical SAM domain-containing protein  30.17 
 
 
367 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.31277  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3125  Radical SAM domain protein  30.37 
 
 
376 aa  187  2e-46  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1953  Radical SAM domain protein  31.53 
 
 
394 aa  186  4e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.66123 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0289  Radical SAM domain protein  31.62 
 
 
394 aa  186  4e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.815066  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  31.91 
 
 
342 aa  186  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1126  Radical SAM domain protein  32.86 
 
 
393 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.597913 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1583  radical SAM domain-containing protein  29.89 
 
 
364 aa  186  5e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2740  radical SAM domain-containing protein  29.97 
 
 
392 aa  185  9e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.28006 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  31.91 
 
 
393 aa  185  1e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  30.14 
 
 
418 aa  184  3e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3352  Radical SAM domain protein  31.2 
 
 
391 aa  183  4e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1901  radical SAM domain-containing protein  29.92 
 
 
368 aa  182  8e-45  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal  0.13165 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2161  radical SAM domain-containing protein  31.9 
 
 
390 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000156576  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  31.07 
 
 
399 aa  181  1e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  30.73 
 
 
398 aa  181  2e-44  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3056  radical SAM domain-containing protein  31.62 
 
 
393 aa  180  3e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.228039 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  31.18 
 
 
397 aa  180  3e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  30.34 
 
 
399 aa  179  5e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1123  radical SAM domain-containing protein  31.14 
 
 
342 aa  179  8e-44  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  31.16 
 
 
379 aa  178  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1345  radical SAM domain-containing protein  29.09 
 
 
394 aa  175  9e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.736537  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  30.4 
 
 
480 aa  175  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  31.7 
 
 
359 aa  174  2e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1253  Radical SAM domain protein  31.44 
 
 
396 aa  173  4e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.942502  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  29.91 
 
 
501 aa  173  5e-42  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1247  radical SAM family protein  30.26 
 
 
355 aa  172  6e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.421544 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1726  Radical SAM domain protein  31.61 
 
 
405 aa  172  7e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0113  radical SAM domain-containing protein  27.98 
 
 
370 aa  169  5e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.389414  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  29.11 
 
 
399 aa  169  7e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  28.49 
 
 
395 aa  169  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.46 
 
 
422 aa  166  4e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 
407 aa  161  1e-38  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.519712 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  30.2 
 
 
378 aa  162  1e-38  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.12 
 
 
380 aa  160  4e-38  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>