More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0005 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011729  PCC7424_4667  DNA gyrase subunit A  48.16 
 
 
853 aa  798  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0137  DNA gyrase, A subunit  55.27 
 
 
826 aa  942  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2869  DNA gyrase subunit A  49.94 
 
 
913 aa  845  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.135991  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0125  DNA gyrase, A subunit  54.82 
 
 
828 aa  941  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  5.07659e-05  decreased coverage  0.00116524 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0828  hypothetical protein  53.2 
 
 
816 aa  890  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.725746 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0027  DNA gyrase, A subunit  73.45 
 
 
848 aa  1256  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000124476  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0103  DNA gyrase, A subunit  54.73 
 
 
828 aa  946  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  9.29696e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5084  DNA gyrase, A subunit  48.4 
 
 
908 aa  808  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.615317  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0008  DNA gyrase subunit A  59.9 
 
 
807 aa  984  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.425562  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00734  DNA gyrase subunit A  52.55 
 
 
898 aa  899  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.942934  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0771  DNA gyrase subunit A  54.41 
 
 
889 aa  956  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.380841  hitchhiker  0.00768544 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3009  DNA gyrase subunit A  53.49 
 
 
878 aa  920  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.354996  normal  0.0330044 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2606  DNA gyrase subunit A  56.31 
 
 
875 aa  943  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0006  DNA gyrase, A subunit  53.9 
 
 
840 aa  899  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  9.48225e-06 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0738  DNA gyrase subunit A  52.66 
 
 
859 aa  935  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.958835  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2067  DNA gyrase, A subunit  48.87 
 
 
929 aa  793  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0388557  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2042  DNA gyrase subunit A  51.82 
 
 
893 aa  902  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.430376  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0096  DNA gyrase, A subunit  55.42 
 
 
827 aa  924  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180112  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2578  DNA gyrase subunit A  52.69 
 
 
904 aa  907  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.551431 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2457  DNA gyrase subunit A  57.13 
 
 
878 aa  971  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0910619  normal  0.208896 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0006  DNA gyrase subunit A  58.52 
 
 
823 aa  961  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.182786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2058  DNA gyrase, A subunit  57.03 
 
 
916 aa  979  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000369381  unclonable  6.93229e-12 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3041  DNA gyrase subunit A  56.24 
 
 
883 aa  976  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.894078  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1263  DNA gyrase, A subunit  50.63 
 
 
808 aa  813  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0006  DNA gyrase subunit A  58.08 
 
 
823 aa  959  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00261664  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0088  DNA gyrase subunit A  50.56 
 
 
844 aa  797  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1744  DNA gyrase subunit A  47.17 
 
 
941 aa  792  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.494976  normal  0.4202 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3365  DNA gyrase subunit A  56.43 
 
 
875 aa  945  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.329132  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1767  DNA gyrase subunit A  57.23 
 
 
885 aa  958  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1016  DNA gyrase, A subunit  59.01 
 
 
845 aa  1025  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  9.44183e-11 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2616  DNA gyrase subunit A  57.13 
 
 
878 aa  971  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.341614 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2408  DNA gyrase subunit A  57.13 
 
 
878 aa  971  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000367831  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0005  DNA gyrase, A subunit  98.8 
 
 
836 aa  1677  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4482  DNA gyrase, A subunit  58.54 
 
 
906 aa  984  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2498  DNA gyrase subunit A  57.01 
 
 
878 aa  967  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2512  DNA gyrase subunit A  57.13 
 
 
878 aa  971  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0982635 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0920  DNA gyrase subunit A  53.94 
 
 
867 aa  933  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0820357 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1315  DNA gyrase subunit A  53.6 
 
 
902 aa  938  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  decreased coverage  8.57491e-07  decreased coverage  3.46296e-25 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0959  DNA gyrase subunit A  54.13 
 
 
885 aa  946  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2404  DNA gyrase, A subunit  56.91 
 
 
916 aa  978  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00637691  unclonable  1.91603e-05 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4627  DNA gyrase, A subunit  50.98 
 
 
827 aa  817  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.116338  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0008  DNA gyrase subunit A  49.75 
 
 
839 aa  787  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  1.16309e-06 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0673  DNA gyrase, A subunit  64.54 
 
 
830 aa  1088  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  1.24756e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0007  DNA gyrase subunit A  50.12 
 
 
837 aa  800  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.822047 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2067  DNA gyrase, A subunit  56.69 
 
 
903 aa  982  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0392339  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3269  DNA gyrase subunit A  56.68 
 
 
882 aa  977  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00267185  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2303  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  56.67 
 
 
904 aa  980  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  1.55743e-05 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0843  DNA gyrase subunit A  53.27 
 
 
873 aa  836  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.462106  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2526  DNA gyrase subunit A  56.31 
 
 
875 aa  943  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2371  DNA gyrase subunit A  56.43 
 
 
875 aa  946  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02730  DNA gyrase subunit A  57.57 
 
 
878 aa  961  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0328  DNA gyrase, A subunit  52.4 
 
 
823 aa  836  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1539  DNA gyrase subunit A  53.95 
 
 
850 aa  920  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.202951  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4317  DNA gyrase, A subunit  49.61 
 
 
914 aa  848  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1459  DNA gyrase subunit A  53.77 
 
 
873 aa  852  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.371947  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0006  DNA gyrase, A subunit  52.68 
 
 
899 aa  877  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4719  DNA gyrase subunit A  53.04 
 
 
888 aa  928  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.902316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2264  DNA gyrase subunit A  53.34 
 
 
867 aa  942  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.999623  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2123  DNA gyrase subunit A  51.82 
 
 
893 aa  902  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.155054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4447  DNA gyrase, A subunit  48.69 
 
 
914 aa  805  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.950017 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0999  DNA gyrase subunit A  54.73 
 
 
851 aa  930  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2306  DNA gyrase, A subunit  56.55 
 
 
905 aa  984  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0379216  hitchhiker  1.00846e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2151  DNA gyrase, A subunit  48.71 
 
 
910 aa  824  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.587258  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1374  DNA gyrase subunit A  53.01 
 
 
923 aa  929  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2379  DNA gyrase subunit A  56.19 
 
 
875 aa  941  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.076856  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1420  DNA gyrase subunit A  56.19 
 
 
875 aa  941  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  4.67679e-06 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2846  DNA gyrase subunit A  57.14 
 
 
897 aa  972  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215176  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0008  DNA gyrase, A subunit  55.23 
 
 
812 aa  924  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  8.00696e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1358  DNA gyrase subunit A  53.07 
 
 
921 aa  927  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.832857  normal  0.422434 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0010  DNA gyrase, A subunit  56.72 
 
 
807 aa  946  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0200618  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0006  DNA gyrase subunit A  58.15 
 
 
823 aa  957  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0500902  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4567  DNA gyrase, A subunit  48.57 
 
 
911 aa  810  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.205833 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1310  DNA gyrase subunit A  57.14 
 
 
885 aa  971  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0388177  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0638  DNA gyrase, A subunit  54.07 
 
 
848 aa  921  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00668409  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1244  DNA gyrase subunit A  52.61 
 
 
875 aa  860  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11138  DNA gyrase A subunit  52.16 
 
 
848 aa  882  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.185535  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2192  DNA gyrase, A subunit  53.91 
 
 
853 aa  912  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003111  DNA gyrase subunit A  54.63 
 
 
906 aa  944  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00046231  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4476  DNA gyrase, A subunit  52.74 
 
 
891 aa  867  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1339  DNA gyrase, A subunit  54.4 
 
 
864 aa  951  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0126105  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3211  DNA gyrase subunit A  57.21 
 
 
879 aa  975  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0006  DNA gyrase subunit A  56.97 
 
 
818 aa  938  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0006  DNA gyrase, A subunit  53.62 
 
 
802 aa  891  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.540811  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0008  DNA gyrase subunit A  51.05 
 
 
831 aa  788  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2473  DNA gyrase, A subunit  53.79 
 
 
809 aa  901  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000335285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0007  DNA gyrase, A subunit  56.63 
 
 
811 aa  936  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0006  DNA gyrase, A subunit  56.39 
 
 
820 aa  940  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0007  DNA gyrase, A subunit  54.34 
 
 
932 aa  892  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0706522  hitchhiker  0.000130108 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0007  DNA gyrase, A subunit  53.89 
 
 
901 aa  903  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.607285  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2730  DNA gyrase, A subunit  51.61 
 
 
819 aa  827  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3094  DNA gyrase, A subunit  52.51 
 
 
848 aa  873  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.654737  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0006  DNA gyrase, A subunit  52.33 
 
 
814 aa  880  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0624353  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0007  DNA gyrase, A subunit  50.12 
 
 
839 aa  785  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0323  DNA gyrase, A subunit  55.45 
 
 
846 aa  869  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.175043  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1259  DNA gyrase, A subunit  50.18 
 
 
870 aa  816  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2474  DNA gyrase, A subunit  50.69 
 
 
805 aa  814  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  1.72995e-05  decreased coverage  0.00702489 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0007  DNA gyrase subunit A  49.88 
 
 
834 aa  795  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.612132  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2151  DNA gyrase, A subunit  49.69 
 
 
834 aa  786  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  1.86517e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0007  DNA gyrase A subunit  50.37 
 
 
831 aa  803  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.386887 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0436  DNA gyrase A subunit  51.4 
 
 
806 aa  820  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  3.08081e-06  normal  0.060965 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>