285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0003 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  97.53 
 
 
364 aa  727  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
364 aa  743  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  61.98 
 
 
364 aa  473  1e-132  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  51.1 
 
 
365 aa  387  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  51.66 
 
 
365 aa  384  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  42.82 
 
 
370 aa  317  2e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  43.25 
 
 
368 aa  306  3e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.05 
 
 
372 aa  259  5e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.51 
 
 
372 aa  256  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.94 
 
 
382 aa  254  1e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.29 
 
 
369 aa  248  9e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.95 
 
 
372 aa  239  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  35.48 
 
 
371 aa  235  1e-60  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  35.48 
 
 
374 aa  234  1e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  39.73 
 
 
363 aa  234  2e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  36.76 
 
 
372 aa  232  9e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.4 
 
 
386 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  34.14 
 
 
371 aa  226  3e-58  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  35.92 
 
 
374 aa  226  4e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  34.41 
 
 
370 aa  226  5e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  35.23 
 
 
375 aa  226  5e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  34.41 
 
 
370 aa  226  5e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  34.6 
 
 
373 aa  223  4e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  1.04808e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  223  5e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  33.88 
 
 
374 aa  223  5e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  4.14234e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.76 
 
 
373 aa  223  6e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  34.42 
 
 
375 aa  222  8e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  222  8e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  222  8e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.69 
 
 
375 aa  222  8e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  34.42 
 
 
375 aa  221  1e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 
360 aa  212  9e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  36.07 
 
 
366 aa  208  1e-52  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.38 
 
 
372 aa  208  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  34.69 
 
 
374 aa  208  1e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  35.84 
 
 
390 aa  207  3e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  36.96 
 
 
363 aa  204  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.53 
 
 
362 aa  204  2e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.15018e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  34.96 
 
 
369 aa  201  2e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  35.64 
 
 
376 aa  198  1e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  35.04 
 
 
375 aa  198  1e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.14 
 
 
365 aa  197  2e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  34.32 
 
 
362 aa  197  3e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.88 
 
 
360 aa  194  2e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.15 
 
 
361 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.15 
 
 
361 aa  192  8e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  32.43 
 
 
369 aa  192  8e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  35.08 
 
 
380 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  35.08 
 
 
380 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  34.36 
 
 
392 aa  190  3e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.95 
 
 
371 aa  189  9e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.24 
 
 
370 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  3.69508e-07  hitchhiker  1.45417e-07 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  32.73 
 
 
384 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  32.83 
 
 
359 aa  185  1e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  34.99 
 
 
377 aa  185  1e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  29.14 
 
 
376 aa  183  4e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  33.5 
 
 
398 aa  180  3e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.2 
 
 
359 aa  179  5e-44  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  31.73 
 
 
369 aa  177  2e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  33.53 
 
 
371 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.7 
 
 
358 aa  175  1e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  34.22 
 
 
387 aa  175  1e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  34.18 
 
 
376 aa  174  3e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  1.32668e-05 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.2 
 
 
377 aa  173  4e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
401 aa  172  7e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  34.6 
 
 
366 aa  172  7e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.13 
 
 
363 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  32.98 
 
 
371 aa  171  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.05 
 
 
386 aa  170  4e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  32.26 
 
 
359 aa  170  4e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  31.9 
 
 
390 aa  169  6e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  31.61 
 
 
365 aa  169  8e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.3 
 
 
381 aa  169  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  30.14 
 
 
359 aa  168  1e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  29.55 
 
 
358 aa  168  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 
373 aa  167  4e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  32.64 
 
 
387 aa  166  5e-40  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.43 
 
 
420 aa  166  5e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  1.1529e-05  hitchhiker  4.44236e-07 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  29.03 
 
 
377 aa  165  1e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  33.16 
 
 
385 aa  164  2e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  32.94 
 
 
364 aa  164  2e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  34.75 
 
 
377 aa  164  2e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  29.39 
 
 
367 aa  164  2e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  2.41058e-09 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  31.83 
 
 
390 aa  164  2e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  3.32989e-05  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  27.35 
 
 
365 aa  164  3e-39  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.78 
 
 
370 aa  163  4e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  30.43 
 
 
370 aa  162  7e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0138  recombination protein F  30.46 
 
 
358 aa  162  8e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.78 
 
 
365 aa  162  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.59 
 
 
380 aa  161  1e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  29.84 
 
 
364 aa  162  1e-38  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  33.86 
 
 
404 aa  161  1e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1434  recombinational DNA repair ATPase  29.61 
 
 
395 aa  161  2e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  32.69 
 
 
401 aa  161  2e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00030  recF protein  30.46 
 
 
378 aa  160  3e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.172429  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  30.92 
 
 
360 aa  160  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  31.75 
 
 
399 aa  159  6e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>