More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0002 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0002  DNA polymerase III, beta subunit  99.19 
 
 
372 aa  746  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0618208  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0002  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 
372 aa  752  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0002  DNA polymerase III, beta subunit  73.12 
 
 
372 aa  578  1e-164  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0001  DNA polymerase III, beta subunit  68.55 
 
 
372 aa  543  1e-153  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0872728  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  68.9 
 
 
373 aa  538  1e-152  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  62.47 
 
 
373 aa  479  1e-134  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00126039  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  60.22 
 
 
372 aa  466  1e-130  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.38199e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  54.84 
 
 
372 aa  452  1e-126  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.59068e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.5 
 
 
376 aa  345  6e-94  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.09 
 
 
375 aa  337  1e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.09 
 
 
375 aa  338  1e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.83 
 
 
375 aa  335  8e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.21 
 
 
376 aa  303  3e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0002  DNA polymerase III, beta subunit  39.14 
 
 
365 aa  296  4e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03765e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  8.48773e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  6.37071e-08  unclonable  3.26658e-12 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
366 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  6.34429e-07  hitchhiker  0.000143129 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.43 
 
 
366 aa  261  2e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  4.90932e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
366 aa  260  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  4.72427e-06  hitchhiker  0.00139326 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
366 aa  260  3e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  5.77304e-08  unclonable  2.3362e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0010  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
366 aa  260  3e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  6.42144e-08  hitchhiker  1.34313e-09 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  36.9 
 
 
366 aa  259  8e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  7.33559e-07  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0009  DNA polymerase III, beta subunit  36.9 
 
 
366 aa  258  1e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.56 
 
 
366 aa  252  9e-66  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.366013 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0004  DNA polymerase III subunit beta  33.42 
 
 
372 aa  248  2e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000114385  unclonable  5.12755e-25 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 
366 aa  247  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  5.44098e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 
366 aa  248  2e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.00886e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.76 
 
 
366 aa  246  3e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  1.58001e-07  unclonable  3.41195e-06 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0007  DNA-directed DNA polymerase  35.29 
 
 
366 aa  246  3e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.18658e-07  unclonable  1.21971e-10 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.96 
 
 
367 aa  246  3e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.186277  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 
366 aa  246  7e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.36085e-07  unclonable  9.17615e-09 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.73 
 
 
365 aa  246  7e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  5.90568e-08  unclonable  5.12174e-12 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.03 
 
 
366 aa  243  5e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.67756e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0002  DNA polymerase III, beta subunit  36.83 
 
 
366 aa  241  1e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348811  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03482  DNA polymerase III subunit beta  34.68 
 
 
366 aa  240  2e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
372 aa  240  3e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1437  DNA polymerase III subunit beta  33.95 
 
 
374 aa  240  4e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.96 
 
 
372 aa  240  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142435  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.29 
 
 
366 aa  239  5e-62  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0811992  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2795  DNA polymerase III subunit beta  33.69 
 
 
370 aa  238  1e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.924667  normal  0.594035 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0002  DNA polymerase III subunit beta  36.02 
 
 
366 aa  238  1e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0011847  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00003  DNA polymerase III, beta subunit  35.29 
 
 
366 aa  237  3e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  1.12219e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  33.33 
 
 
366 aa  235  7e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 
372 aa  235  7e-61  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  2.75643e-08  normal  0.722211 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4329  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
372 aa  235  9e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.96 
 
 
366 aa  235  1e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  4.66477e-06  normal  0.315264 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3705  DNA polymerase III subunit beta  33.16 
 
 
372 aa  234  1e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0432616 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3047  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
371 aa  235  1e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.579013  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.66 
 
 
367 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  35.66 
 
 
367 aa  233  4e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  2.839e-05 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4592  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 
372 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0352599 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.22 
 
 
367 aa  232  9e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  4.85336e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  35.39 
 
 
367 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3543  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
372 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 
367 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  3.48538e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0351  DNA polymerase III subunit beta  33.33 
 
 
412 aa  230  2e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3032  DNA polymerase III, beta subunit  32.17 
 
 
366 aa  231  2e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0002  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
397 aa  230  3e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.41342  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0708  DNA polymerase III subunit beta  32.35 
 
 
371 aa  229  5e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.147601  normal  0.843721 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.82 
 
 
372 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 
367 aa  229  6e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0004  DNA polymerase III subunit beta  32.8 
 
 
385 aa  229  7e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.638398  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.53 
 
 
372 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  35.12 
 
 
367 aa  229  8e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.73 
 
 
373 aa  228  9e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0861969  hitchhiker  9.29484e-07 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.83 
 
 
372 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.120269  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00020  DNA polymerase III subunit beta  35.92 
 
 
367 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0002  DNA polymerase III, beta subunit  32.52 
 
 
369 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.98 
 
 
367 aa  228  1e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  9.05958e-08  normal  0.127223 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  34.85 
 
 
367 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.6 
 
 
373 aa  228  2e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0823829  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0162  DNA polymerase III subunit beta  33.87 
 
 
372 aa  228  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281652  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.53 
 
 
397 aa  228  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00789927  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.01 
 
 
368 aa  227  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0185617  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
366 aa  227  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00825161  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3374  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 
372 aa  226  4e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.32 
 
 
367 aa  226  5e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.07 
 
 
368 aa  226  6e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  1.01704e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.07 
 
 
373 aa  226  6e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.86 
 
 
373 aa  225  1e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.969312  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0003  DNA polymerase III subunit beta  33.86 
 
 
373 aa  225  1e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal  0.512948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2239  DNA polymerase III subunit beta  32.18 
 
 
373 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0102545  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00443  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 
366 aa  223  5e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.55 
 
 
372 aa  223  5e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.205747 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.58 
 
 
367 aa  223  5e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  3.96971e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00020  DNA polymerase III subunit beta  34.58 
 
 
367 aa  222  7e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0002  DNA polymerase III subunit beta  32.71 
 
 
366 aa  221  1e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.161415  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4118  DNA polymerase III, beta subunit  33.69 
 
 
368 aa  221  1e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.000107371  normal  0.0690123 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0002  DNA polymerase III subunit beta  34.58 
 
 
367 aa  221  1e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1429  DNA polymerase III subunit beta  34.04 
 
 
375 aa  221  1e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.314703  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4176  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
366 aa  221  2e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000208549  normal  0.014688 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0002  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
366 aa  221  2e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.020055  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0003  DNA polymerase III subunit beta  32.89 
 
 
373 aa  221  2e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.174848  normal  0.920378 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0002  DNA polymerase III subunit beta  31.48 
 
 
374 aa  221  2e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4152  DNA polymerase III subunit beta  33.51 
 
 
366 aa  221  2e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.17824e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1343  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 
372 aa  220  3e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  33.42 
 
 
368 aa  220  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  33.42 
 
 
368 aa  219  4e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0003  DNA polymerase III subunit beta  32 
 
 
372 aa  219  4e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.295963  hitchhiker  3.50231e-06 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>