203 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0019 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_R0044  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.424597 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0770759  normal  0.199475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0024  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.229893  normal  0.201113 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0019  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0022  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.572486  hitchhiker  0.00000059439 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0023  tRNA-Glu  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.294422  unclonable  0.0000000304821 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0023  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0018  tRNA-Glu  97.26 
 
 		 76 bp  129  9.000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0065  tRNA-Glu  98.48 
 
 		 76 bp  123  6e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0050  tRNA-Glu  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.499869  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0064  tRNA-Glu  97.1 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0015  tRNA-Glu  95.59 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.879975  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0016  tRNA-Glu  95.59 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.671374  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0046  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0067  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0045  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0066  tRNA-Glu  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.659746  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0048  tRNA-Glu  94.12 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.185598  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0021  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.349986  normal  0.498552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14035  tRNA-Glu  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00157329  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0008  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0040  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000066395 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0007  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0060  tRNA-Glu  92.65 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.222014  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0046  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.960937  normal  0.776399 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0045  tRNA-Glu  92.42 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.942532  normal  0.960719 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0024  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.700845 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0025  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.684862 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10740  tRNA-Glu  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0961043  normal  0.333944 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0019  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0055  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0014  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.206321  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0050  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141779  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0013  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0047  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.877641  normal  0.62194 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0017  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0013  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.363597 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0046  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.282187 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0047  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.792355  normal  0.693567 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0036  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.661246  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0035  tRNA-Glu  93.33 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.461495  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0060  tRNA-Glu  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.790027  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0062  tRNA-Glu  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.216976  normal  0.206697 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18590  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.2903  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18600  tRNA-Glu  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.204503  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0014  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0013  tRNA-Glu  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0034  tRNA-Glu  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.187046  normal  0.0177267 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0002  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.509318 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0052  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0059  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.327246  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0010  tRNA-Glu  91.67 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0041  tRNA-Glu  90 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000102386  normal  0.397694 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0056  tRNA-Glu  91.23 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116328  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0046  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0045  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.427459  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0058  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.069455  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0047  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0077  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0056  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09040  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.431816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0015  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34010  tRNA-Glu  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.284833  normal  0.536737 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0046  tRNA-Glu  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.404692  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08680  tRNA-Glu  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0033  tRNA-Glu  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0516198  hitchhiker  0.000000402532 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14011  tRNA-Glu  90.16 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  2.08359e-33  hitchhiker  0.00000339353 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0053  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.526279 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0061  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.180901  normal  0.112494 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0051  tRNA-Glu  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.63793  hitchhiker  0.00823145 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0052  tRNA-Glu  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.822673  hitchhiker  0.00818343 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0052  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0059  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.872199  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0015  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.652261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0054  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.208215 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0043  tRNA-Glu  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0981603  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0072  tRNA-Glu  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.514054 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11080  tRNA-Glu  93.18 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0048  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.849322 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37130  tRNA-Glu  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.179999  normal  0.0419324 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0048  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.580665  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08670  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0046  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000308892 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0014  tRNA-Glu  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.372263 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0014  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.807422  normal  0.0868676 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0012  tRNA-Glu  92.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0023  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000272439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0012  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0047  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00511598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08980  tRNA-Glu  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000013154 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1357  tRNA-Glu  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Glu-1  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.068843  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0043  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0033  tRNA-Glu  88.14 
 
 		 77 bp  54  0.000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000114551  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1796  tRNA-Glu  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Glu-2  tRNA-Glu  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0052  tRNA-Glu  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.699751  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0057  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0731133  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0020  tRNA-Glu  94.59 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00671129  hitchhiker  0.00000169389 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0007  tRNA-Glu  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>