157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_6282 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 366 aa  742    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  33.44 
 
 		 359 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  34.09 
 
 		 342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  30.86 
 
 		 352 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  29.34 
 
 		 399 aa  127  3e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.95 
 
 		 372 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  30.55 
 
 		 367 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  30.55 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  32.21 
 
 		 347 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  30.55 
 
 		 367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  32.59 
 
 		 349 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  31.8 
 
 		 355 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  31.12 
 
 		 360 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3955  hypothetical protein  28.88 
 
 		 400 aa  113  6e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  29.88 
 
 		 355 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  29.68 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  28.57 
 
 		 376 aa  108  1e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  28.66 
 
 		 347 aa  108  1e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  29.24 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  30.23 
 
 		 383 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  30.84 
 
 		 372 aa  97.4  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  30.22 
 
 		 401 aa  96.7  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  29.85 
 
 		 404 aa  96.3  7e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  29.34 
 
 		 370 aa  94.4  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  28.49 
 
 		 352 aa  90.9  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 356 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  31.71 
 
 		 359 aa  90.9  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  29.97 
 
 		 356 aa  90.5  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  29.08 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0511  hypothetical protein  28.86 
 
 		 414 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5417  hypothetical protein  28.86 
 
 		 414 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.198683 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5397  hypothetical protein  28.86 
 
 		 414 aa  89.7  7e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.69326 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  28.27 
 
 		 354 aa  89.4  9e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1425  hypothetical protein  28.45 
 
 		 416 aa  89  1e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  27.35 
 
 		 366 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  23.84 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  23.84 
 
 		 391 aa  88.2  2e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  25.35 
 
 		 365 aa  87  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  28.88 
 
 		 355 aa  85.5  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  27.73 
 
 		 394 aa  80.5  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2168  protein of unknown function DUF955  25.89 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  26.24 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2984  helix-turn-helix domain protein  22.32 
 
 		 348 aa  74.3  0.000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0858456  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  27.63 
 
 		 350 aa  74.7  0.000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  30.49 
 
 		 393 aa  73.9  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6257  helix-turn-helix domain protein  33.1 
 
 		 351 aa  73.6  0.000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02310  hypothetical protein  30.24 
 
 		 349 aa  65.1  0.000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  29.34 
 
 		 372 aa  64.3  0.000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1806  hypothetical protein  27.3 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.057388 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0389  hypothetical protein  40.19 
 
 		 393 aa  64.3  0.000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0725053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  25.64 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0300  helix-turn-helix domain-containing protein  31.75 
 
 		 370 aa  61.2  0.00000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.193502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3868  protein of unknown function DUF955  40.62 
 
 		 173 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00178055  normal  0.0152146 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3235  protein of unknown function DUF955  34.26 
 
 		 270 aa  60.5  0.00000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.554214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  24.26 
 
 		 347 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 410 aa  57  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2541  protein of unknown function DUF955  25 
 
 		 295 aa  56.6  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.24198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4770  protein of unknown function DUF955  24.33 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.166779  hitchhiker  0.00150402 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  28.33 
 
 		 383 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1588  hypothetical protein  41.18 
 
 		 390 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266201  normal  0.0715353 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  30.74 
 
 		 283 aa  53.9  0.000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1489  protein of unknown function DUF955  23.38 
 
 		 388 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0678  hypothetical protein  35.92 
 
 		 156 aa  53.5  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0204911  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05910  predicted transcriptional regulator  50.75 
 
 		 190 aa  52.4  0.00001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.848221  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 97 aa  51.6  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0128  hypothetical protein  37.61 
 
 		 175 aa  51.6  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 187 aa  51.6  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2792  protein of unknown function DUF955  26.96 
 
 		 382 aa  50.8  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0265  XRE family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 400 aa  50.4  0.00004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0882  hypothetical protein  37.82 
 
 		 182 aa  50.4  0.00005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.956838 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3869  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 288 aa  49.7  0.00009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00219461  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1805  XRE family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 396 aa  49.3  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.506514 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5033  transcription activator  34.26 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.191322  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5049  transcriptional activator  34.26 
 
 		 285 aa  48.1  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  43.1 
 
 		 146 aa  48.5  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4294  XRE family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 374 aa  48.5  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 198 aa  47.4  0.0004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 218 aa  47.4  0.0004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5199  transcriptional regulator, PlcR  34.26 
 
 		 213 aa  47  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5443  putative transcriptional regulator PlcR  34.26 
 
 		 285 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5473  putative transcriptional regulator PlcR  43.55 
 
 		 285 aa  47  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00043011  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 104 aa  46.6  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5481  transcriptional regulator PlcR, putative  41.94 
 
 		 285 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 489 aa  46.6  0.0007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2518  protein of unknown function DUF955  23.96 
 
 		 378 aa  46.6  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.010681 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5479  putative transcriptional regulator PlcR  41.79 
 
 		 285 aa  46.6  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000111873  hitchhiker  1.75075e-16 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 256 aa  46.2  0.0008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4638  protein of unknown function DUF955  33.33 
 
 		 224 aa  46.2  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5529  putative transcriptional regulator PlcR  33.64 
 
 		 285 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  23.17 
 
 		 363 aa  46.2  0.0009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0096  hypothetical protein  34.78 
 
 		 289 aa  46.2  0.0009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 97 aa  45.8  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4206  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 170 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000156355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 137 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0095  protein of unknown function DUF955  25.42 
 
 		 273 aa  45.8  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  47.37 
 
 		 259 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 142 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1543  hypothetical protein  32.35 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6372  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 123 aa  45.8  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>