More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5871 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_5871  DNA polymerase III, beta subunit  100 
 
 		 404 aa  780    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.24159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0738  DNA polymerase III beta subunit family protein  59.48 
 
 		 433 aa  436  1e-121  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.911699 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0003  DNA polymerase III, beta subunit  49.65 
 
 		 402 aa  348  1e-94  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0000138278  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0003  DNA polymerase III, beta subunit  51.11 
 
 		 386 aa  332  5e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.301808 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0002  DNA polymerase III subunit beta  45.32 
 
 		 380 aa  292  8e-78  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.000000143991  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0002  DNA polymerase III subunit beta  41.2 
 
 		 396 aa  290  4e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0135269  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.35 
 
 		 375 aa  277  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000684448  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0002  DNA-directed DNA polymerase  42.89 
 
 		 379 aa  276  5e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000640008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.14 
 
 		 387 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.56 
 
 		 379 aa  272  8.000000000000001e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000269969  hitchhiker  0.00612818 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.4 
 
 		 376 aa  267  2e-70  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000849521  normal  0.168185 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0002  DNA polymerase III, beta subunit  44.58 
 
 		 386 aa  266  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0002  DNA polymerase III subunit beta  40.59 
 
 		 408 aa  265  8e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.89 
 
 		 376 aa  265  2e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0002  DNA polymerase III, beta subunit  42.26 
 
 		 378 aa  263  3e-69  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00020  DNA polymerase III, beta subunit  42.61 
 
 		 376 aa  264  3e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.52 
 
 		 377 aa  261  1e-68  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00020  DNA polymerase III, beta subunit  39.9 
 
 		 374 aa  261  2e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.218776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.61 
 
 		 378 aa  260  3e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0259305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00020  DNA polymerase III, beta subunit  40.24 
 
 		 374 aa  257  3e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0086  DNA polymerase III subunit beta  39.46 
 
 		 379 aa  252  9.000000000000001e-66  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.18 
 
 		 374 aa  252  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0826  DNA polymerase III subunit beta  39.62 
 
 		 398 aa  250  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  37.68 
 
 		 374 aa  250  3e-65  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000000025514 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0002  DNA polymerase III subunit beta  39.38 
 
 		 398 aa  249  4e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.298765  normal  0.252015 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0002  DNA polymerase III subunit beta  42.26 
 
 		 378 aa  248  1e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.065739  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0002  DNA polymerase III, beta subunit  43.2 
 
 		 383 aa  245  9.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435185 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5295  DNA polymerase III, beta subunit  41.79 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0002  DNA polymerase III, beta subunit  41.64 
 
 		 388 aa  243  5e-63  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10002  DNA polymerase III subunit beta  39.29 
 
 		 402 aa  241  2e-62  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9328  DNA-directed DNA polymerase  39.45 
 
 		 365 aa  241  2e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.608924  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0003  DNA polymerase III, beta subunit  42.17 
 
 		 396 aa  240  2.9999999999999997e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.94 
 
 		 398 aa  240  4e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.042032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.94 
 
 		 398 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0010  DNA polymerase III subunit beta  38.94 
 
 		 398 aa  239  5.999999999999999e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.716793  normal  0.123554 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00020  DNA polymerase III, beta subunit  38.39 
 
 		 378 aa  239  8e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  38.1 
 
 		 408 aa  227  3e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3544  DNA polymerase III subunit beta  38.65 
 
 		 364 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.908435  normal  0.835762 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0003  DNA polymerase III, beta subunit  40.29 
 
 		 377 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000000000316606  hitchhiker  0.00386911 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00020  DNA polymerase III subunit beta  40.39 
 
 		 379 aa  221  1.9999999999999999e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000000251098  normal  0.535088 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0002  DNA polymerase III subunit beta  38.35 
 
 		 380 aa  220  3.9999999999999997e-56  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.000348637  normal  0.134322 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0002  DNA polymerase III, beta subunit  40.29 
 
 		 377 aa  219  8.999999999999998e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  hitchhiker  0.00244113  unclonable  0.0000000186271 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0044  DNA polymerase III, beta subunit  30.35 
 
 		 374 aa  195  1e-48  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1435  DNA polymerase III subunit beta  32.42 
 
 		 374 aa  190  4e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.674698  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0003  DNA polymerase III, beta subunit  34.1 
 
 		 366 aa  178  2e-43  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00000553224  hitchhiker  0.000000389013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0002  DNA polymerase III, beta subunit  35.73 
 
 		 369 aa  176  9e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00020  DNA polymerase III, beta subunit  30.75 
 
 		 365 aa  166  1.0000000000000001e-39  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.443906  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00020  DNA polymerase III, beta subunit  29.23 
 
 		 365 aa  160  4e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000592113  decreased coverage  0.0000599685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  31.5 
 
 		 375 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  unclonable  0.000000418991  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0002  DNA polymerase III, beta subunit  30.55 
 
 		 365 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.610199  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00001  DNA polymerase III subunit beta  27.07 
 
 		 385 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.354313  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.12 
 
 		 367 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150547  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.58 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.279408  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.58 
 
 		 366 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.316057  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0001  DNA polymerase III subunit beta  25.93 
 
 		 385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0003  DNA polymerase III, beta subunit  26.01 
 
 		 366 aa  129  8.000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0816  DNA polymerase III, beta subunit  26.93 
 
 		 366 aa  129  1.0000000000000001e-28  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.731986  normal  0.187979 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.79 
 
 		 385 aa  126  6e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00001  DNA polymerase III subunit beta  24.5 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.280893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.21 
 
 		 366 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.039801  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2552  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 377 aa  124  4e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0587336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00020  DNA polymerase III, beta subunit  26.69 
 
 		 367 aa  123  5e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0953  DNA polymerase III, beta subunit  25.86 
 
 		 374 aa  122  9e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0199  DNA polymerase III subunit beta  29.62 
 
 		 374 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000579402  normal  0.0770055 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 377 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0177596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.78 
 
 		 377 aa  121  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00213885  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.21 
 
 		 367 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.226085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0616  DNA polymerase III, beta subunit  28.62 
 
 		 372 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1551  DNA polymerase III, beta subunit  29.23 
 
 		 367 aa  119  7.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.422589  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.84 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2372  DNA polymerase III subunit beta  24.02 
 
 		 366 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.53 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.8 
 
 		 367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.121469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.3 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.105928  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.78 
 
 		 372 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000259068  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.71 
 
 		 367 aa  112  9e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00000485336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0011  DNA polymerase III subunit beta  25.51 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.12322  hitchhiker  0.00002839 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0002  DNA polymerase III, beta subunit  29.23 
 
 		 375 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0002  DNA polymerase III subunit beta  25.51 
 
 		 367 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.123405  normal  0.0743731 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.94 
 
 		 375 aa  112  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0815  DNA polymerase III, beta subunit  22.5 
 
 		 375 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  unclonable  0.000000015774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0686  DNA polymerase III, beta subunit  26.49 
 
 		 366 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0347365  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.06 
 
 		 378 aa  112  2.0000000000000002e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000189832  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0251  DNA polymerase III, beta subunit  33.14 
 
 		 365 aa  112  2.0000000000000002e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0002  DNA polymerase III, beta subunit  26.42 
 
 		 367 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0340  DNA polymerase III subunit beta  26.92 
 
 		 394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0137  DNA polymerase III subunit beta  27.32 
 
 		 366 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000108126  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.3 
 
 		 372 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000138199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0014  DNA-directed DNA polymerase  26.29 
 
 		 366 aa  110  5e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000733559  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0004  DNA polymerase III subunit beta  25.51 
 
 		 367 aa  110  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4145  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 		 368 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.258487 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0002  DNA polymerase III, beta subunit  28.94 
 
 		 375 aa  109  8.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.65 
 
 		 368 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1328  DNA polymerase III subunit beta  25.36 
 
 		 386 aa  109  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0002  DNA polymerase III subunit beta  26.22 
 
 		 367 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0002  DNA polymerase III, beta subunit  25.15 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.00017376  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0002  DNA polymerase III, beta subunit  27.14 
 
 		 373 aa  109  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.394263  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2720  DNA polymerase III, beta subunit  26.57 
 
 		 372 aa  108  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.737243  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0002  DNA polymerase III, beta subunit  24.5 
 
 		 367 aa  108  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000744787  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0002  DNA polymerase III subunit beta  27.17 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000905958  normal  0.127223 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>