204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_5667 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0852  hypothetical protein  71.02 
 
 
451 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.344076  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5667  putative Leu/Ile/Val/Thr-binding protein precursor; putative signal peptide  100 
 
 
447 aa  915    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8852  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  51.16 
 
 
448 aa  455  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.132899  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3347  amino acid/amide ABC transporter substrate- binding protein, HAAT family  51.08 
 
 
466 aa  437  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.716666  normal  0.862215 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  30.55 
 
 
407 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  29.49 
 
 
404 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  29.25 
 
 
410 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
410 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
401 aa  99  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  30.84 
 
 
395 aa  97.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  27.45 
 
 
411 aa  96.7  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  27.58 
 
 
406 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4394  extracellular ligand-binding receptor  28.53 
 
 
406 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.45 
 
 
407 aa  94  5e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
409 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  28.33 
 
 
410 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
410 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5294  putative ABC-type branched-chain amino acid transporter, periplasmic binding protein  27.58 
 
 
406 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  27.38 
 
 
410 aa  88.2  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  27.27 
 
 
409 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  27.6 
 
 
406 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 
405 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.46 
 
 
399 aa  83.6  0.000000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.25 
 
 
415 aa  83.2  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  27.02 
 
 
409 aa  83.2  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3675  hypothetical protein  23.87 
 
 
408 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.389336  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
411 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  26.96 
 
 
411 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
406 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.78 
 
 
409 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  25.78 
 
 
409 aa  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 
406 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  27.19 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  25.72 
 
 
406 aa  75.9  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2954  hypothetical protein  28.46 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189818  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  27.53 
 
 
406 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 
406 aa  73.9  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  28.22 
 
 
410 aa  73.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2791  Extracellular ligand-binding receptor  27.76 
 
 
436 aa  70.1  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.55279  normal  0.125183 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4269  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  24.76 
 
 
438 aa  69.7  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000244738  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1005  extracellular ligand-binding receptor  26.8 
 
 
407 aa  69.3  0.0000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  26.17 
 
 
405 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  27.46 
 
 
411 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3169  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  22.74 
 
 
402 aa  68.6  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 
435 aa  68.9  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  26.74 
 
 
418 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
403 aa  67.8  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3216  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  22.93 
 
 
403 aa  67.8  0.0000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.844613  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3442  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like  24.37 
 
 
425 aa  67  0.0000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  37.39 
 
 
400 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3230  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  22.11 
 
 
403 aa  64.7  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8308  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.23 
 
 
561 aa  64.3  0.000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.643873 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4031  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
381 aa  63.5  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3271  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  21.67 
 
 
402 aa  63.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4590  Extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 
441 aa  63.5  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.7 
 
 
413 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1952  hypothetical protein  25.23 
 
 
442 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.780394  normal  0.542159 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  39.36 
 
 
382 aa  62  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  37.17 
 
 
402 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  24.39 
 
 
425 aa  62  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  38.18 
 
 
437 aa  62.4  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5560  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.73 
 
 
408 aa  62.4  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6824  hypothetical protein  23.91 
 
 
401 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.759789 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0997  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.67 
 
 
392 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.489385  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  40.54 
 
 
377 aa  60.8  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0436  Extracellular ligand-binding receptor  37.07 
 
 
379 aa  61.2  0.00000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  39.45 
 
 
378 aa  60.8  0.00000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0049  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  41.67 
 
 
419 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 
381 aa  60.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
411 aa  60.5  0.00000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  29.32 
 
 
403 aa  60.5  0.00000007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  24.47 
 
 
394 aa  60.1  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
394 aa  59.7  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3029  Extracellular ligand-binding receptor  22.84 
 
 
370 aa  59.3  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.518701  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03096  putative Leu/Ile/Val-binding lipoprotein transmembrane  25.69 
 
 
386 aa  58.9  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0735365  normal  0.368181 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0432  Extracellular ligand-binding receptor  27.07 
 
 
412 aa  58.9  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.290998  normal  0.0381447 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  25.14 
 
 
407 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
411 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  35.2 
 
 
382 aa  58.2  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0519  hypothetical protein  21.75 
 
 
418 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  22.91 
 
 
370 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0612  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  23.44 
 
 
400 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.915059 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2046  hypothetical protein  25.7 
 
 
428 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.621675 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7028  hypothetical protein  28.57 
 
 
419 aa  57.8  0.0000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.557944  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 
415 aa  57.8  0.0000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3748  extracellular ligand-binding receptor  22.56 
 
 
370 aa  57.8  0.0000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.178822  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  26.21 
 
 
374 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
373 aa  57  0.0000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2765  extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
408 aa  56.6  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.094864  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  36.54 
 
 
402 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3676  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.75 
 
 
443 aa  56.6  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.36982  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  41.11 
 
 
386 aa  56.6  0.0000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5580  hypothetical protein  26.92 
 
 
454 aa  56.6  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647703  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  24.39 
 
 
413 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2700  hypothetical protein  23.86 
 
 
398 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.75707  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.5 
 
 
407 aa  55.8  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3923  hypothetical protein  26.26 
 
 
370 aa  55.5  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00983972  normal  0.0399777 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0462  hypothetical protein  22.96 
 
 
405 aa  55.1  0.000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  31.21 
 
 
438 aa  55.1  0.000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0479  extracellular ligand-binding receptor  35.35 
 
 
390 aa  54.7  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>