More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_4043 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_4043  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 228 aa  460  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.168546 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4734  TetR family transcriptional regulator  53.03 
 
 		 242 aa  196  2.0000000000000003e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  54.12 
 
 		 242 aa  183  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2703  TetR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 228 aa  144  1e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4111  regulatory protein, TetR  42.21 
 
 		 211 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.856223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1152  transcriptional regulator, TetR family  42 
 
 		 203 aa  125  4.0000000000000003e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3775  transcriptional regulator, TetR family  39.22 
 
 		 224 aa  125  6e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1028  transcriptional regulator, TetR family  37.19 
 
 		 200 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0479484  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2904  transcriptional regulator, TetR family  36.89 
 
 		 213 aa  108  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.349703 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1516  TetR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 218 aa  102  4e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.875223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3447  regulatory protein TetR  34.25 
 
 		 199 aa  88.6  8e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2883  TetR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 211 aa  79  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0954  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 213 aa  78.2  0.00000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0316  putative transcriptional regulator, TetR family  30.2 
 
 		 211 aa  74.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0412  TetR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 212 aa  70.1  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.417244  normal  0.216002 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2525  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 203 aa  70.1  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.905424  hitchhiker  0.00170542 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2489  TetR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 203 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.371609  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0314  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 195 aa  68.6  0.00000000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6580  transcriptional regulator, TetR family  25.79 
 
 		 242 aa  68.2  0.0000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.603144 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3405  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 207 aa  67.8  0.0000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0751749 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2762  transcriptional regulator, TetR family  25.98 
 
 		 203 aa  67.4  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000444516 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4215  TetR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 269 aa  67.4  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.261755 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2524  TetR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 203 aa  66.2  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000581245  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3212  TetR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 223 aa  66.2  0.0000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.59703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0027  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 209 aa  66.2  0.0000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.790094 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1987  TetR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 211 aa  65.5  0.0000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.15936  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6801  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 217 aa  64.7  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.142519  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2568  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.21232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2754  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 203 aa  63.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.864254  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0130  TetR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 212 aa  63.2  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0313  TetR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 202 aa  63.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.121906  hitchhiker  0.00929139 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2788  TetR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000644753  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2809  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.167328  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2055  putative transcriptional regulator, TetR family  31.25 
 
 		 229 aa  62.8  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0410393  normal  0.8778 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0928  TetR family transcriptional regulator  52.46 
 
 		 461 aa  62  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000384359  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2560  TetR family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 203 aa  61.6  0.000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.282393  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2767  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 203 aa  61.6  0.00000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.430405  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0132  TetR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 204 aa  60.8  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.410533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0848  transcriptional regulator, TetR family  26.11 
 
 		 204 aa  61.6  0.00000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000568716  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3146  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 203 aa  60.5  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.303801  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2723  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 224 aa  60.8  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0252111  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05020  transcriptional regulator, TetR family  27.89 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1601  transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 202 aa  60.8  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3170  transcriptional regulator, TetR family  36.71 
 
 		 216 aa  60.1  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1264  TetR family transcriptional regulator  42.53 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.599329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1401  TetR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 222 aa  60.1  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.513329  normal  0.505278 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2291  transcriptional regulator, TetR family  36.11 
 
 		 205 aa  59.3  0.00000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.857741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1963  transcriptional regulator, TetR family  47.37 
 
 		 201 aa  59.3  0.00000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000168283 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2602  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 214 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.157273  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  31.84 
 
 		 226 aa  58.9  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0646  TetR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.545029 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1788  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000202922  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1927  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00399738  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1969  TetR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 205 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0320964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2115  TetR family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 213 aa  58.5  0.00000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00202765  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3376  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 197 aa  58.5  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.423093  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1745  TetR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 195 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0399082  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3071  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 210 aa  58.5  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1081  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.19 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1231  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.19 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.696174  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11567  transcriptional regulator  29.7 
 
 		 225 aa  57.8  0.0000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1186  HTH-type transcriptional regulator RutR  36.19 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.151745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1458  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 209 aa  58.2  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121951 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4931  TetR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 497 aa  58.2  0.0000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.475051  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1196  HTH-type transcriptional regulator RutR  37.14 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  24.71 
 
 		 218 aa  57.4  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3459  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 324 aa  57  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000855252 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1216  HTH-type transcriptional regulator RutR  35.24 
 
 		 212 aa  57.4  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.591915 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2108  TetR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1955  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 202 aa  56.6  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.22623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2327  transcriptional regulator, TetR family  33.13 
 
 		 192 aa  56.2  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.215572  normal  0.48242 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10241  TetR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000764085  normal  0.925652 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1253  TetR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 200 aa  56.2  0.0000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000989157 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6912  TetR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 236 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.830717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0441  TetR family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1471  TetR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 219 aa  56.2  0.0000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0651  TetR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 218 aa  56.2  0.0000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0025795  normal  0.249536 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4666  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 214 aa  56.2  0.0000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.441468  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3979  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 222 aa  56.2  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.318215  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1398  transcriptional regulator, TetR family  25.22 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4073  TetR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 223 aa  55.8  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1381  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 184 aa  55.8  0.0000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.419771  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0402  transcriptional regulator, TetR family  43.42 
 
 		 219 aa  55.8  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.67084  normal  0.0771341 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35210  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 196 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.831854 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0125  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 204 aa  55.5  0.0000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.247519  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6181  transcriptional regulator, TetR family  27.09 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.685616  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1086  transcriptional regulator, TetR family  48.15 
 
 		 239 aa  55.5  0.0000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.566372  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2765  regulatory protein, TetR  38.36 
 
 		 210 aa  55.5  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.267077  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2970  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0889426  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2460  TetR family transcriptional regulator  45.76 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.315446  normal  0.37249 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4128  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 241 aa  55.1  0.0000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.860792 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2507  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 211 aa  55.1  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00142913 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0483  transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 226 aa  55.1  0.0000009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3833  transcriptional regulator, TetR family  28.21 
 
 		 204 aa  55.1  0.0000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3533  TetR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 237 aa  54.7  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0909277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  45 
 
 		 195 aa  54.7  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1866  transcriptional regulator, TetR family  32.23 
 
 		 207 aa  54.3  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1372  TetR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 212 aa  54.7  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027491 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>